ワシントンDC周辺に奇怪な気象現象が発生！ホワイトハウスを竜巻が襲い、半壊の被害を受ける。警察官のデヴィッドと弟ジェイコブは、父親であり有能な科学者の博士グランジが、過去の遺恨を晴らすために、気象をコントロールしているのではないかと疑っていた。博士の下で働くサマンサも同じ疑いを抱き、ジェイコブにその危険性を伝えていた。その後、博士が気象兵器を操っていることが明るみになり、放送局をハッキングして気象テロを起こすと宣言する。その後、博士が操る超ド級のメガ竜巻がゆっくりとワシントンDCに接近していく。
アメリカ・オザーク高原にバカンスに来たリック一家。湖の周りでは、花火大会を楽しもうと、大勢の人で賑わっていた。家族だけのバカンスに消極的だった娘のモリーも、恋人で兄ハリソンの友人でもあるカーティスのサプライズ参加に喜びを隠せないでいた。家族がそれぞれ自然を楽しもうとした矢先、川に入った祖母が突然現れたサメに襲われてしまう。急いでハリソンとカーティスに助けを求めるモリーだったが、戻った現場には、祖母の帽子が水辺に残されていただけだった。前代未聞の事態にパニックになりながらも両親の安否を気遣う3人だったが、湖でカヌーを楽しむ父リックと母ダイアンにも不穏な影が近づいていた。
とある夜、ホルター石油会社が採掘を行う第3現場で、青い炎が浮き上がる謎の遺物が発見される。先住民の物だと考えられ、作業員の1人が責任者のスタークに連絡するも、一刻も早く採掘を成し遂げたい彼によって爆破するよう命じられる。しかし大量の爆薬をもってしても、遺物を破壊することは不可能だった。するとその時、遺物を包む青い炎が消え、謎の獣が出現し、作業員たちを次々と襲い、瞬く間に惨殺してしまった。一方その頃、土地買収を強引に進めていたスタークの弁護士マリアが町に到着する。彼女はこの町の保安官の娘で、仕事のため3年ぶりに故郷へ戻ってきたのだが…。
小規模な地震が相次ぐルイジアナ州。家族で経営する観光ガイドの仕事すら満足にこなせず、酒と女に溺れるダメ男のポールは、父の命令でバスツアーの運転手兼ガイドとして、数名の乗客を迎い入れバスを走らせていた。そんな道中、道路にできた大きな地割れを発見。様子を見るためバスを降りる一行だったが、バイオガスの臭いが充満するなか、手のひらサイズの目のない白いクモが複数いることを確認。生物の教師だという乗客によれば、地底生活で目が退化した新種のクモとのことだった。その直後、無数の巨大グモが至るところから出現し、街を混乱の渦に巻き込んでいく。
ネット管理の仕事をしているジェシカは、高校の同窓会に参加。新聞記者となったシンシアや、プロムキングだったポールと結婚したカレン、当時ジェシカに片想いしていたと思しきジョシュらと再会し、再び交流を深めるようになっていく。1年後、カレンのブログがポールとのツーショットから自撮りオンリーに、さらには高所恐怖症の彼女がハワイ行きの飛行機に乗って投稿しているのを不審に思ったジェシカは、カレンの家へと赴く。すると、夫ポールから彼女は今オアフにいると告げられる。1学年下のダイアナも、自分がハワイ行きの飛行機を手配したという。しかし、ポールが同級生のレベッカを家に招いている現場を目撃したジェシカの疑念は募るばかりで…。
