アメリカのとあるビーチで人間の死体が発見される。当初はサメに襲われたと思われていたが、検死の結果、死因は焼死である事が判明する。実は被害者は宇宙人に殺害されていたのだ。本格的な地球侵略を開始した宇宙人はマインドコントロールでサメを操り、町の人々は次々と犠牲になっていく。前門の宇宙人、後門のサメ！史上最大の危機を人類は乗り越えられるのか―。
キャットアイランドの沖合では石油資源の採掘作業が進んでいた。周囲は一見静かだったが、時折サメの姿が目撃されるようになっていた。無謀とも言える採掘の結果、ドリルが海底の氷床を突き破り、太古の巨大ザメを眠りから覚まさせてしまったのだ。やがてサメは人間を襲い始め、遂にはリグ施設までも破壊。作業員たちは間一髪逃げてキャットアイランドに辿り着くのだがー。前作ブレット・ケリー監督による『ジュラシック・シャーク』の設定を踏襲し、新たにマーク・ポロニア監督を迎い入れ、独特な手法で後日談の世界を描いたシリーズ第二弾。
“サメの噛み付き”から広がったウイルス「SHVID-1」により世界は荒廃した。選抜された科学者たちは老朽化した海底研究施設で、治療法を見つけ出すために日夜奮闘していた。遂に感染したサメから血清を作りだすことに成功し、万事解決に向かうと思われていたが、血清をめぐって科学者同士による権力争いが勃発。そんな中、研究施設の崩落が始まり、封じ込められていたサメも逃げ出してしまいー。
動物園を経営するノーマンとマカリスターは、カリブ海にハネムーンで訪れた。ボートで海へ出たが沖へ流され、台風で船は沈没してしまい二人はある島へ打ち上げられた。そこでガチョウの卵のようなモノを見つけた。運よく救助された二人は卵を持ち帰るが、その卵から見たことのない“怪物”が生まれた。手に負えなくなった夫婦は経営する動物園に「パンダザウルス」として展示することに。しかし檻を破っていなくなってしまう。パンダザウルスの存在は次第に知れ渡り、大騒ぎに！精神科医は“怪物”の存在を否定しているが…果たして「パンダザウルス」とはいったい何なのか！？
街は人食いザメの噂に慄いており、その姿を悪魔と表現する者もいた。そんなさなか、お宝の絵画を積んだ窃盗団の船がサメに襲われたとニュースになっていた。海辺の船では何も知らないモデルのブリーがカメラマンと撮影中に、数人の強盗が現れボートを乗っ取られた。強盗たちは海にバラまかれた絵画が目的だったのだ。しかし彼らの仲間割れが原因で海上で立ち往生に。彼らの前に立ちはだかったのは全長約15mの巨大古代鮫メガドロンだった！この絶望的な状況の中、どこかで見覚えのある博士が現れた…
噂の人食いザメを仕留めたカービーの父は、その歯を流行りの鮫のぬいぐるみに埋め込み、離れて暮らすカービーへ送った。母と暮らすカービーは大喜び。しかしすぐに嫌いなベビーシッター、ライラとの生活が始まってしまう。そこで、カービーにいじわるをするライラに、悪魔のサメぐるみは牙を剥きはじめる。その矛先は隣人やライラの友人へ。サメによる殺人事件に、警官も捜査を開始。カービーの父も息子の危機を察知、急いでカービーのもとへ向かう。暴走がとまらないサメぐるみの行く末はいかに…
麻薬捜査官ブラドック刑事の次なる任務は「HT25」と呼ばれるドラッグを売りさばこうと画策する組織への潜入だった。謎の新薬HT25はサメを原料にして作られた強力な麻薬で、副作用としてDNAを改変してしまう力を秘めていた。新薬実験の過程で様々なクリーチャーが生み出されるが、研究所で爆発事故が発生し、世にも恐ろしい怪物たちが解き放たれてしまう。その中にはサメとカニの合体生物―KANIZAME―がいた・・・・・・！謎が謎を呼ぶ潜入ポリスアクションシャークムービー！
数百年の昔、海へと追いやられたドラキュラ伯爵は自身の呪われし力をホホジロザメに譲り渡し、サメへの忠誠を誓った。そして時は現代。観光業で栄えるとある海辺の田舎町に出稼ぎにやってきたアーサーとジョンだったが、夜な夜な町の人々は奇妙な儀式を繰り返し、観光客の行方不明者が続出していた。それもそのはず、ここは吸血鮫＜シャーキュラ＞と吸血鬼のカルト集団に支配された地獄のような場所だったのだ。果たしてアーサーとジョンは無事この町を脱出することができるのか？マーク・ポロニア監督が手掛ける古典モンスター×サメ第2弾、堂々の日本上陸！
