ジャーナリストの母セリーヌと、小さな町に越してきた少年エリオット。カメラが趣味の彼は、レンズ越しに魔女らしき女の姿を捉えたことで、この町はどこか奇妙さが漂うと察知。そんな最中に魔女だと自称する同世代の少女ウィローと出会い、彼女の写真を撮ると、背景に幽霊のような白いもやが映っていた。翌日ウィローから、「邪悪な魔術師がこの町を破壊しに来る」と聞かされたエリオット。その日の真夜中、彼女に導かれるまま既に閉鎖されているウィッケンズバーグ駅へ。すると到着した蒸気機関車から、怪しい男が降りてくるのを目撃する。一方、母セリーヌは、新たな職場の新聞社に出社。町に物流施設ができるとの情報を入手し取材したいと上司に申し出るが、取り上げるなと一喝されてしまう。しかしジャーナリスト魂に火がついたセリーヌは、核廃棄物投棄の資料を見つけ、町に隠された謎を明かそうとするのだが…。
19歳の時に工兵として赴いたアフガニスタンで爆撃に遭い、視力を失ったロイス。2年前に妻をガンで亡くし、現在は姉スーザンの助けを得ながら息子マックスと娘エリンと暮している。ある日、姉の愛犬チヌークとともにボートに乗せられ、入り江に向かっていたロイスだったが、船長が運転中に心臓発作で倒れたことから遭難。携帯電話の電波は繋がらず、陸との連絡が取れぬまま夜を迎えてしまう。事態を察知した陸側は、捜索救助隊を要請。しかし悪天候に見舞われ、捜索は明朝からの開始となる。ロイスはチヌークを連れ、なんとか自力で岸辺へ到着。船長の窮状を伝えるべく家に向かおうとするが、森の中に迷い込んでしまう。やがて一向に進展がない捜索に居ても立っても居られなくなったマックスは、父を救出しようとエリンを連れ、大人たちに無断で森の中へ入り込む。
アニーは閉ざされた村アーミッシュで、夫ジェイコブと息子ケイレブと幸せに暮らしていた。しかしジェイコブは、アニーを愛しながらもここでの暮らしに辟易し、密かに外の世界に出たいと願っていた。そんなある日、ジェイコブは友人サミュエルが外の世界の男から酒を高い金額で売り付けられたことを知り、仲裁に入る。だが、男のナメた態度に激昂したジェイコブは男を殴打。その拍子に運悪く石に頭をぶつけ、男は死んでしまう。焦りを隠せないジェイコブは、アニーにこの世界から脱け出そうと言い出すが、敬虔なアーミッシュであるアニーはそれを拒否。すると翌朝、ジェイコブはケイレブを連れ外の世界に逃げ出していた。そして数日後、裁判所からケイレブの親権をめぐる訴状がアニーのもとへ届く。
