ケシーは4人の医学生とともに、“人間が瞬きをする瞬間に、見逃している世界を可視化する”実験を行っていた。だが、中心人物のケシーの恋人フランクは、今や被験者に。しかも検査中に異常が発生、奇妙な絵を描き始めたうえ、突然、植物状態に陥ってしまう。一方、他の被験者たちも異常を見せ始め、瞬きの瞬間に「怪物を見た」と言い変死を遂げる。また、患者と関わった看護師たちにも異変が発生。さらに「瞬きの間に患者が何を見ているのかを発見した」と喜んだ学生が命を落とし、その後、次々と犠牲者が出始める。その頃、フランクの異常を調べていたケシーは、研究所の上司コンラッドの策略によってフランクが実験台にされたことをつかむ。
北オーストラリアの穏やかな美しい沿岸部。水上飛行機でとある小さな島に上陸したチャーリーたち5人の男女は、この島で無残な姿の男性の死体を発見する。再び島を飛び立ち飛行する中、今度は海上で転覆したボートを見つけたため海面に付けて生存者がいないか捜しに行く。ボートには人影ははおらず、海の中まで調べたところ恐ろしい光景も目にしてしまう。あわてて、水上飛行機を飛び立たせようとする中、突然何者かの大きな力で機体が破壊され飛行が不能になり、命からがら救命ボートをに避難する。しかし、岸から160キロも離れた救命ボートの上では救助の連絡をする術もなくただ海を漂い助けを待つのみになってしまう―。そんな中、再び現れる恐るべき巨大な物体が現れて――。
