巨大津波が海岸線の街を襲った。津波による破壊はただの序章で、本当の恐怖はこれからだった。津波の水が街に押し寄せ深海の飢えた鮫の群れが津波と共に上がってきたのだ。水没したビルに取り残され、救助の手立てを失ったサバイバーたちは海面に潜む恐怖と対峙しなければいけなくなった。通信手段も途絶え、パニックに陥りながらも見ず知らずの者たちが生き残りをかけて力を合わせ、人間よりも頭脳が高い鮫の群れに立ち向かっていく。しかし水に囲まれた環境は鮫たちにとって好都合であり、人間にとっては絶望的であった。
冒頭、船内で何かを追跡する二人が突然何かに襲われる。得体の知れない相手なのは確かだが詳細は不明。その後、このチームの捜索と救助をすべく、ララという女性とブライスという男性が招集される。ララとブライスはお互いに好意を持っている様子。二人は船の位置を特定する助っ人として呼ばれ、今回のチームにはリーダーらしきユアンに加え、トラヴィスとナタリアがいた。指示を受けて万全の態勢で臨むべく、ブライスはエイヴァという女性を呼ぼうとララに提案。ララはエイヴァのほか、潜水要員としてウィローとドレイクを呼び集める。実際に水中に潜るのはウィローだが、状況のおかしさを察知してララたちは止める。しかしトラヴィスがポッドに乗り込み、ウィローはケージに入るという条件で潜水は決行される。ララたちとユアンたちの間には緊張感が漂う。救助任務と思って参加したララたちだが、実はこの任務の目的は謎の生き物の追跡だった。人間をはるかに超える大きさの恐竜と見間違うほどの怪物は水中に潜み、船の存在に気づき、攻撃を始める。次々に仲間が襲われ、ウィローは水中で命を落とし、ドレイクも怪物に食べられる。さらに、怪物から粘液のようなものをかけられたユアンが嘔吐などに苦しみ命を落とすが、その直後、遺体からクモのような謎の生き物が飛び出てくる。ユアンの手当てをしていたエイヴァは逃げてブライスに警告。その頃、ララはちょうどその小さな生き物と遭遇し、襲われそうになる。必死に逃げる中、ブライスたちと合流し対策を練る三人。ララが目撃した小さな生き物はすさまじい勢いで成長しており、恐らくユアンの体内に寄生し繁殖したものと思われた。ララはトラヴィスと通信できていたことから、トラヴィスから魚雷の存在を聞いていた。魚雷を使うには船の近くでは船も打撃を受けるため、怪物を遠ざけなければならなかったが怪物は中々離れようとはしない。そんな中、電気の復旧や通信など手分けして対策を練っている中、エイヴァは小さな生物に襲われて命を落としてしまう。その後トラヴィスは目的を明かさずに巻き込んだお詫びとして自らもろとも魚雷攻撃をするとララに伝える。大きな衝撃音に、ブライスとララは怪物の死を確信して安堵したものの、直後に怪物が目の前に現れるのだった。
季節外れの巨大竜巻がバミューダ・トライアングルで発生し、都市に向かって接近。元研究者マットはこの異常事態に警鐘を鳴らすが、事態はより深刻だった。深海に潜んでいた先史時代のモンスターたちが巨大竜巻によって地上に放たれたのだ。メガロドン、首長竜、巨大タコ、クロコダイルに未確認巨大生物まで...人類は未曽有の脅威から生き残ることはできるのか？
