江戸の町で萬屋を営む篝火とお喬。彼女たちは風魔忍者の一族の末裔として、一族の再興を願い、日々町人たちの依頼を請け負い“ド派手に”解決して日々の生活を食いつないでいた。 ある日、友人で“町一番の娘”お蘭が、謎の集団に突然襲われる。彼らは将軍家直属の剣術指南役を務める柳生家であると名乗り、「将軍の命」によってお蘭を連れ去ってしまう。抵抗するも、柳生家の剣術に手も足も出ない篝火とお喬。さらに柳生家は風魔一族を滅亡に追い込んだ張本人だったということが判明し、復讐とお蘭奪還に燃える二人だったが・・・。
民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）。そこで律花は、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。 律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった！！その背後には幕府に復讐を誓うある人物の哀しい過去があって・・・。BLACKFOXの世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる。狐の集団 VS 風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！
悪の道に堕ちた不良格闘家たちで組織された極悪集団ストライクが各地で強引な地上げを行い、平和な街が恐怖と戦慄に包まれていた。ストライクの横暴に正義の武術家たちが立ち上がり、激しい抗争が始まるが、ストライクは悪逆非道な策略を駆使して蛮行をエスカレートさせる。やがて、5年前に過失致死事件を起こして服役していた伝説の鞭拳空手の継承者、浅香光が街に帰って来る。彼女は街の平和と、子供たちの夢と希望を取り戻すため、志を持った武術の達人たちとチームを結成、ストライクの壊滅作戦を開始する…。
刻は江戸時代。人里離れた沖津村の浜に村人の惨殺された死体が上がる。邪教集団・紅魔衆の首領・螭鮫士郎は不老不死の力を得る為に呪術を使い、鮫を操る事によって村で採れる真珠を強制的に村人から巻き上げていたのだ。この状況に業を煮やした村長は、助太刀を頼むべく村外れの寺にいる用心棒の潮崎小太郎に会いに行く。報酬とともにその仕事を一旦引き受ける小太郎だが、その行く手を菊魔と名乗る女忍者が遮ってきた。村人の沙代を生贄として鮫士郎に捧げようとする村長に反発する信助と共に、鮫士郎に戦いを挑む小太郎だが、その前に現れたのは、この世の物とは思えない巨大な鮫...。遂に実現する、忍者対鮫の究極バトル！生き残るのはどっちだ！！
