古の時代から千葉・船橋の地を守ってきた廣瀬一族｡その末裔である兄妹の両親は早くに他界､兄（HAYATE）は妹（小玉百夏）を育て､共に稽古に励んでいた｡そんなある日｢悪の組織・コロナ｣が出現｡バイオテロ計画で船橋の平和が脅かされる｡廣瀬一族の出番だが、兄は負傷中で任務に向かえず､妹はまだ任務に出た事がない｡諦めかけたその時…最愛の妹が立ち上がり､たったひとり｢初｣任務遂行を誓う！
刻は江戸時代。人里離れた沖津村の浜に村人の惨殺された死体が上がる。邪教集団・紅魔衆の首領・螭鮫士郎は不老不死の力を得る為に呪術を使い、鮫を操る事によって村で採れる真珠を強制的に村人から巻き上げていたのだ。この状況に業を煮やした村長は、助太刀を頼むべく村外れの寺にいる用心棒の潮崎小太郎に会いに行く。報酬とともにその仕事を一旦引き受ける小太郎だが、その行く手を菊魔と名乗る女忍者が遮ってきた。村人の沙代を生贄として鮫士郎に捧げようとする村長に反発する信助と共に、鮫士郎に戦いを挑む小太郎だが、その前に現れたのは、この世の物とは思えない巨大な鮫...。遂に実現する、忍者対鮫の究極バトル！生き残るのはどっちだ！！
