20世紀末のヨーロッパ。フィッシャーはかつての恩師オズボーンを訪ねる。彼の著作「犯罪の原理 (エレメント・オブ・クライム)」は、捜査官が犯罪者の視点に立って事件を追体験しながら解決へと導く方法論で、フィッシャーは自身の捜査哲学の中核を為すほどに影響を受けていた。しかしオズボーンは、かつて掲げた自らの理論を危険なでっち上げだと激しく否定する...。ある日、港で殺人事件が持ち上がり、フィッシャーはこの捜査を受け持つことになるが....。
コペンハーゲンの巨大病院(キングダム)。夢遊病者のカレンは、助けを呼ぶ謎の声に導かれキングダムへと辿り着く。数々の不可解な事件を解決するため、カレンは病院の用務係のブルザー、心臓外科医のユディットと手を組むが、悪魔の力に反撃されてしまう。一方、キングダムに赴任してきて間もないスウェーデン人医師のヘルマー・ジュニアは、亡くなった父スティーグ・ヘルマーの秘密を探り始めるが・・・。
退院したドルッセ夫人は直後に事故に遭い再びキングダムに舞い戻る。ユディットから生まれた赤ん坊のリトルブラザーは、新生児とは思えぬ異常な体格を持ち、生まれてすぐに喋りはじめる高い知能を持っていた。一方、ハイチから帰国したヘルマーは、自らが犯した少女モナに対する医療ミスの証拠を掴んだクロウスホイを黙らせるため、ハイチで手に入れた秘薬で毒殺を試みる。そしてついに、リトルブラザーの父親であるクルーガーが現れ、リトルブラザーの秘密を明かす…。
コペンハーゲンの古い洗濯池の跡地に建つ巨大病院、キングダム。デンマーク人嫌いのスウェーデン人医師ヘルマーは、神経外科の主任医師としてキングダムに赴任してくる。医師長の息子モッゲは仕事そっちのけでセクシー看護婦にのぼせあがり、父の医師長メースゴーは“朝の空気運動”に力を入れ、患者のことなどそっちのけである。ドルッセ夫人は仮病を使って入院し降霊術の会を開くことを趣味としていたが、あるとき病院内のエレベーターで少女の泣き声を聞き、その世にも悲しげな声の正体を求め探しはじめる。
1945年、第二次世界大戦後のドイツ。ドイツ系アメリカ人のレオ・ケスラーは、父の祖国であるドイツの戦後復興の一端の担い手になりたいと、単身でドイツにやって来た。叔父の助力でドイツの大鉄道会社ツェントローパに就職し、寝台列車の見習い車掌として汽車に乗り込むことになる。いつものように汽車に乗り込んだレオは、走る列車の中で、同乗していたフランクフルト市長夫妻の暗殺事件に遭遇する。犯人はレオが乗せたふたりの少年で、ナチス残党が組織する地下組織<人狼>の刺客だった…。
映画監督ラースと脚本家のニルスは脚本のデータがワープロから消えてしまい、内容を思い出せない二人は、「実はあの脚本は気に入らなかったんだ。」と開き直り、残り5日間で新たな脚本を仕上げることにする。二人が新たに書き始めたのは『エピデミック(伝染病)』と題した、死の伝染病が蔓延した架空の国で、理想に燃える若い医師メスメルが、病に冒された人々を救うために謎のウィルスに挑む物語だった。そのころ、現実世界のヨーロッパにも死のウィルスの影が忍び寄っていた…。