恋人さゆりを事故で亡くして悲しみに暮れる健悟は、風変わりな女子高生の海花と出会う。彼女の父である祈祷師の哲史によって健悟はさゆりの霊が見えるようになり、再びさゆりとの同棲生活が始まる。さゆりは可愛い。幽霊なのにちっとも怖くない。それどころか料理の作れない健悟に熱心にレシピを伝授し、すっかりさゆりと同じ味を再現できるまでになる。音楽の夢も、恋人の霊も、こんなにはっきり見えるのに、まるで掴み取ることができない。そんな歯痒い日々が、それでも彼は幸せだった。しかしある日、祈祷師の娘 海花が健悟のことを好きだと言う、いわゆる三角関係事案が発生。海花は悪霊だろうが心優しき霊だろうが何でも除霊してしまう悪趣味の持ち主だった。
彗星の衝突により人類の滅亡が数ヶ月後に迫った2020年。小学生だった1999年にノストラダムスの予言を信じ、家出をした長女・絢音と次女・花音と、その後生まれた腹違いの妹・音が、初めて一緒に生活することになる。絢音は、彗星の衝突を前にシェルターの個室の設計を担当しており、暴力によるシェルター強奪の危険と隣り合わせの日々。花音は、帰郷を機に、妻とうまくいっていない妻子持ちの小学校の同級生・良平と再会。音は、未成年ながらひょんなことから飲み会サークルと出会い、飲んだ帰りに花音が良平にキスするのを目撃。互いに踏み込めず、すれ違う三姉妹は、世界の終わりを前に、本当の家族になれるのか。
