キャットアイランドの沖合では石油資源の採掘作業が進んでいた。周囲は一見静かだったが、時折サメの姿が目撃されるようになっていた。無謀とも言える採掘の結果、ドリルが海底の氷床を突き破り、太古の巨大ザメを眠りから覚まさせてしまったのだ。やがてサメは人間を襲い始め、遂にはリグ施設までも破壊。作業員たちは間一髪逃げてキャットアイランドに辿り着くのだがー。前作ブレット・ケリー監督による『ジュラシック・シャーク』の設定を踏襲し、新たにマーク・ポロニア監督を迎い入れ、独特な手法で後日談の世界を描いたシリーズ第二弾。
“サメの噛み付き”から広がったウイルス「SHVID-1」により世界は荒廃した。選抜された科学者たちは老朽化した海底研究施設で、治療法を見つけ出すために日夜奮闘していた。遂に感染したサメから血清を作りだすことに成功し、万事解決に向かうと思われていたが、血清をめぐって科学者同士による権力争いが勃発。そんな中、研究施設の崩落が始まり、封じ込められていたサメも逃げ出してしまいー。
