ひとりチェスを趣味とする心理学者のジミーは、かつての恋人で捜査官のオリビアと再会し、軍による極秘の依頼を受ける。それはバーチ大佐をはじめ数名の学者たちが地下にこもって観察する、9歳の少女エリーの精神分析だった。両手両足をイスに拘束された彼女は、“真実は細部にある”と、面談するジミーのすべてを一目で見通したかのようでもあった。並外れた知性を持ちつつ、それゆえの過剰な優越感に苦しむ彼女は、バーチ大佐が父親で母親は既に死んだという。愛という言葉は“不確実で乱用されすぎ”と嫌うエリー。そしてこの精神分析を終えたら、彼女は軍によって解剖されることを知ったジミーは、思い切って彼女にチェスを申し込むのだが…。
ヒューは10歳の頃、自分の目の前で母が自殺するという惨劇に遭遇。またその際、母は「あなたは絶対に傷つけられる」と言い残していた。28年後、作家になったヒューは執筆に苦しんでいた。スランプから抜け出すために、彼は妻ライラと息子ラーズを連れて避暑地を訪れることにしたが、目的地に向かう途中で幾度か不気味な事態に遭遇する。翌朝、彼はそのことをライラに報告するが、彼女は全く気にも留めていなかった。一方で、彼女が管理人のブラクストンと妙に親しげなのも、ヒューのイラつきの原因だった。そして深夜、ついにヒューはブラクストンを殺害。その後、ヒューはライラが何者かと電話で密談しているのを盗み聞きするのだが…。
母親の再婚相手からの虐待に苦しむリリーは、ボーイフレンドのニールの助けを借りて実家から逃げだす。人里離れた森の中でニールとはぐれるも、偶然見つけた一軒家で助けを求める。その家で一人暮らす男エヴァンは、リリーを自分から逃げた娘キャサリンだと思い込み、家の中に連れ込み監禁する。彼女を待ちうけていたのは、エヴァンの不可解な言動と過酷なトレーニングだった。キャサリンの部屋で日記を見つけたリリーは、キャサリンが綴った父親との日々をヒントに、実の娘を演じながら逃亡を計る。