ある日、史上最大級の雷雨を伴う嵐が発生し、森を散策中の男女が落雷で死亡。それを報じるニュースでは、気象専門家が温暖化の影響で今後も頻発する可能性があると注意を促していた。そんな中、大学生のメグと姉のコリンは、両親不在の週末にホームパーティを計画。両親が車で出かけると、彼氏たちがお酒を買って家にやってくるが、嵐が激化し通信が途絶え始める。ホテルに向かっていた両親の車も落雷により炎上、その避難中に父親が命を落とす。庭のジャグジーで楽しむコリンの彼氏ポーリーも感電死し、急いで屋内に避難するが、家の中も安全な場所ではなくなっていた。さらに母親が緊急避難した家には殺人鬼が暮らし、監禁された女性もいて…。
夜、ライラの誕生日を祝うため彼女の家に集まった若い男女、フィーニックス、レオ、ノーマ、アーサ、カリーナ。６人はパーティゲームの成り行きで隣家のプールに忍び込むことに。この家に住む男ミカは学者で、ちょうど夜間勤務中で留守だった。しかしプール遊びだけでは飽き足らず、屋敷の中に足を踏み入れた若者たち。家の地下には大きな謎の卵が一つ保管されていて、ちょうど孵化する瞬間を彼らは目の当たりにする。生まれたのは狂暴なエイリアンだった。この卵は、ミカとその学者仲間たちが無人探査機を飛ばし、ラセルタ星座の小惑星で発見し採取したもの。しかし、高い文明を誇るエイリアンを武器として悪用しようとする学者仲間たちの計画を危惧し、ミカは卵を奪い自宅に隠して育てていたのだった。ミカが帰宅し、急いで物陰に隠れる彼ら。だが彼らの目の前で、ミカは生まれたばかりのエイリアンに殺されてしまう。厳重なセキュリティシステムにより家が封鎖され、逃げ場を失い追い詰められた若者たち。無防備な彼らに、エイリアンが襲いかかる。
ヴィンセントはある日、職場で突然暴行を受ける。ケガが癒える間もなく、今度は別の同僚にも襲われたが、加害者たちは襲撃時の記憶がないと言う。「事件の原因は被害者の方にあるのでは」と疑われるヴィンセント。しかし彼に対して殺意を抱く者は後を絶たなくなり、見ず知らずの他人ですら命を狙ってくるように。「自分と目線が合った瞬間に、人々は襲いかかってくる」....終わらない襲撃の法則をかろうじて発見したヴィンセントは、生き残りをかけた＜自衛＞を開始する。
未解決事件や超常現象を扱うラジオ番組「カルラの迷宮事件簿」。パーソナリティーのカルラの冠番組だが、ネタ不足で聴取率が下がり続け、打ち切り寸前だった。起死回生のため話題性のある事件を探す中、「ワープウッズの森」で行方不明者が続出しているという情報を手に入れる。カルラは、取材をするべくスタッフを連れてワープウッズへと向かうが、深い森の中で道に迷ってしまう。途方に暮れていたところ、一軒家を見つけ助けを乞おうとするが、そこにメリーという女性が現れる。この家で息子と二人で暮らしているというメリーは、カルラたちを温かく迎え入れるが―。
冒頭、船内で何かを追跡する二人が突然何かに襲われる。得体の知れない相手なのは確かだが詳細は不明。その後、このチームの捜索と救助をすべく、ララという女性とブライスという男性が招集される。ララとブライスはお互いに好意を持っている様子。二人は船の位置を特定する助っ人として呼ばれ、今回のチームにはリーダーらしきユアンに加え、トラヴィスとナタリアがいた。指示を受けて万全の態勢で臨むべく、ブライスはエイヴァという女性を呼ぼうとララに提案。ララはエイヴァのほか、潜水要員としてウィローとドレイクを呼び集める。実際に水中に潜るのはウィローだが、状況のおかしさを察知してララたちは止める。しかしトラヴィスがポッドに乗り込み、ウィローはケージに入るという条件で潜水は決行される。ララたちとユアンたちの間には緊張感が漂う。救助任務と思って参加したララたちだが、実はこの任務の目的は謎の生き物の追跡だった。人間をはるかに超える大きさの恐竜と見間違うほどの怪物は水中に潜み、船の存在に気づき、攻撃を始める。次々に仲間が襲われ、ウィローは水中で命を落とし、ドレイクも怪物に食べられる。さらに、怪物から粘液のようなものをかけられたユアンが嘔吐などに苦しみ命を落とすが、その直後、遺体からクモのような謎の生き物が飛び出てくる。ユアンの手当てをしていたエイヴァは逃げてブライスに警告。その頃、ララはちょうどその小さな生き物と遭遇し、襲われそうになる。必死に逃げる中、ブライスたちと合流し対策を練る三人。ララが目撃した小さな生き物はすさまじい勢いで成長しており、恐らくユアンの体内に寄生し繁殖したものと思われた。ララはトラヴィスと通信できていたことから、トラヴィスから魚雷の存在を聞いていた。魚雷を使うには船の近くでは船も打撃を受けるため、怪物を遠ざけなければならなかったが怪物は中々離れようとはしない。そんな中、電気の復旧や通信など手分けして対策を練っている中、エイヴァは小さな生物に襲われて命を落としてしまう。その後トラヴィスは目的を明かさずに巻き込んだお詫びとして自らもろとも魚雷攻撃をするとララに伝える。大きな衝撃音に、ブライスとララは怪物の死を確信して安堵したものの、直後に怪物が目の前に現れるのだった。
季節外れの巨大竜巻がバミューダ・トライアングルで発生し、都市に向かって接近。元研究者マットはこの異常事態に警鐘を鳴らすが、事態はより深刻だった。深海に潜んでいた先史時代のモンスターたちが巨大竜巻によって地上に放たれたのだ。メガロドン、首長竜、巨大タコ、クロコダイルに未確認巨大生物まで...人類は未曽有の脅威から生き残ることはできるのか？
