アメリカ南北戦争末期、商業と文化の町だったチャールストンは北軍海軍による海上封鎖に苦しんでいた。南軍のボーリガード将軍は潜水艦ハンリーによる海上封鎖船の攻撃に現状を打破する望みを託していたが、ハンリーは演習中に沈没、ディクソン大尉１名を残して乗組員は全員死亡してしまう。それでも軍上層部は沈没したハンリーの艦体を引き揚げて改修、ディクソン大尉を指揮官として北軍の軍艦フーサトニック号への攻撃を命じる。一方、物資不足のチャールストンの街ではハンリーの改修に必要な部品を調達するため、娼館を営むアナベルが密航者と取引を開始していた。さらに娼館に来る客の中から北軍の諜報員を探し出すよう、娼婦たちに命令するのだった。
1945年1月、バルジの戦いで大敗したドイツ軍は、長きに渡る連合軍の砲撃により、兵器の生産能力は壊滅状態だった。しかしチューリンゲン州のコーンシュタインにある施設では、V2ロケットを大量生産しながら、史上初のジェット戦闘機Mｅ262の製造が極秘で行われいた。その製造に必要な部品や軍用品を旅客列車で輸送している情報をつかんだ連合軍側は、米軍B17パイロットのジョー＆コール兄弟に特殊任務を命令。列車の爆撃を果たすため、戦地での再会を果たしたばかりの兄弟が出撃。敵機の攻撃を受けながらも、列車に機ごと体当たりし、兄弟は直前に飛び降りて難を逃れるとともに任務を遂行。続いて今度は、弟コールに再び出撃の命令が下るのだが…。
