1976年。12歳の少年ジェームズは、父とともにネス湖で“それ”が目を覚ます瞬間を目撃する。次の瞬間、父は命を奪われ、ジェームズは顔に深い傷を負った。それから30年後。五大湖のひとつ、スペリオル湖で謎の死体が次々と発見される。未確認生命体を追い求め、動物学者となっていたジェームズは、あの日の怪物を探し続けていた。そして行き着いた場所こそが、この湖だった。父を殺した“ネッシー”は地底トンネルを通じて移動し、今なお生き延びていた。ジェームズは地元ガイドのジョシュと手を組み、ついに怪物と対峙する。湖畔の静寂を破る、恐るべき捕食者との戦いが始まる！
末期ガンに侵された考古学者スタンフォード博士は、自らの命を救うため、フェニキア神話に語られる嵐の神“バアル”の神具である護符の1つを掘り起こしてしまう。その瞬間、北極上空に異常な巨大嵐が発生。封じられていたバアルの力が目を覚まし、超自然の嵐が世界を次々と襲いはじめた。考古学者ヘルムは博士に警告するが、博士は護符の捜索に取り憑かれたように突き進む。やがて第2、第3の護符が発掘されるたび、新たな巨大嵐が世界を飲み込み、大都市は次々と壊滅していく。人類を滅亡から救えるのは、最後の護符を見つけ出すことだけ。ヘルムは第4の護符の行方を追い、時間との戦いに挑む。
