ドルアーガの塔　～ｔｈｅ　Ｓｗｏｒｄ　ｏｆ　ＵＲＵＫ～

ドルアーガ討伐から半年ー。討伐の手柄は、ギルガメス王のものとなり、真実を知るかつての登頂者たちはそれぞれ日々を過ごしていた。ジルは、ニーバとカーヤが「幻の塔」に消えたショックから立ち直れないでいる。そんなジルを、ファティナは時にやさしく時に厳しく見守っていた。ある日、二人は軍隊に追われる少女カイと出会う。カイはジルに告げる。「マルカの子、ジル。わたしを、塔のてっぺんまで連れていって」。

カイを連れて再び登頂の準備を始めるジル。カイであれば「幻の塔」に入ることができるという。そんなジルにファティナは反対するが……。そこにカイをつけねらう黄金騎士団団長ウラーゴンが現れる。メスキア市民を巻き込むことを躊躇せず、カタパルト（投石機）まで使ってカイを捕えようとするウラーゴン。戦いの中、ジルとファティナたちは、カイを連れて脱出。建設途中のディンギルの梯子を使って、一路、鉄の宮を目指す。

金剛の宮まで訪れたジルたちを待っていたのは、スキーリゾートの経営者として成功したメルトだった。しかもリッチになったメルトは、軍とのつきあいを優先して、ジルたちとカイをウラーゴンに引き渡してしまう。一方、リゾートのバックヤードでは、メルトにこき使われていたローパーたちの大脱走計画が静かに進行していた。そして雪崩とともにローパーたちが暴走を開始する。会社を失ったメルトは、黄金騎士団の道案内として雇われ、脱出したジルたちを追うことになる。

カイとともに天空の宮に到着したジルたち。ジルたちを追う黄金騎士団とメルト、クーパも時をおかず天空の宮に入る。そこに待ち受けていたのはまたも邪神ドルアーガだった。ドルアーガとの戦いの最中、ジルは大人の姿となったカイからすべてを知らされる。カーヤがなにを望んでいたのか。どうして自分は裏切られたのか。そしてカイとカーヤの関係とは……。戻ることのできない「幻の塔」登頂へ、ジルたちは決意とともに踏み込んでいく。

幻の塔の頂点にいるのはギルガメス王の影。その存在が現実のギルガメス王にも悪影響を及ぼしているという。ギルガメス王の影を倒すために、幻の塔の最上階を目指すニーバとカーヤ。二人を追うジルたちは、黄色い空のフロアへと足を踏み入れる。そこは影のモンスターが次から次へと襲いかかってくる恐ろしいフロアだった。絶体絶命の危機に陥るジルたち。だが、最後まであきらめなかったジルはついに起死回生の突破口を思いつく。

ブラッド、アイス、マイト、スペキュラ。かつてドルアーガに仕えた四騎士の魂を持つ人工戦士がジルとニーバを襲う。熱帯雨林のフロアで迷うジルを襲うのはマイトとスペキュラ。グレミカ配下の暗殺者に加え、二人の新たな強敵に苦戦するジル。だが辛くも次のフロアへと逃げ込むことに成功する。一方、湖のフロアのニーバを襲うのはブラッドとアイス。ニーバはそれがかつてパズズの運んでいた棺の中身と察知する。苦戦するニーバ。直前にニーバと生き方が違うことを思い知らされたカーヤだったが、決死の魔法でニーバを守る。だがアイスのナイフでカーヤは傷つき湖へ。湖に飛び込んだニーバはカーヤを抱きしめつつ、湖底に扉を発見する。

次のフロアにたどり着き、奇しくもメルトとクーパとも合流を果たしたジルたち。目の前に現れた洋館で彼らを待ち受けていたのは、死んだはずのアーメイ。やがてカリーも姿を見せる。うれしくはあるが、戸惑いを隠せないジル。死者と出会っていたのはジルだけではなかった。ウラーゴンの部下クムは姉、ヘナロは父パズズと思わぬ再会を果たしていた。。死者と出会えたうれしさに先に進む意欲を失っていく仲間たち。そこにスペキュラとブラッド、アイスが攻撃を仕掛けてくる。ジルは仲間に言う。このままではカーヤだけではなく、死んだアーメイやカリーにも追いつけない、と。そしてジルたちはアーメイとカリーに再び別れを告げて、扉をくぐっていく。

湖のフロアの次に、ジルたちが到着したのは、巨大な竜の白骨が散乱する竜の墓場。傷ついたカーヤを抱え、竜の墓場で一時の休息をとっていたニーバ。追撃してきたスペキュラを引きつける囮となったジルは、ついにニーバと再会する。「なぜ追ってきた」というニーバと「なぜ置いていった」と応えるジル。二人は静かににらみ合う。これまでの怒りをぶつけ合おうとするが、そこに迫り来るスペキュラ。さらにグレミカが乱入、ニーバの師匠として立ちふさがる。ジルは苦戦の末スペキュラを倒し、ニーバはグレミカをかわして逃走する。そしてニーバは自分の登頂の真の目的をジルに語る。そのころ、メスキア市ではエタナのクーデター計画が進んでいた……。

仲間のもとにもどった時、ジルが目撃したのは何者かの攻撃に倒れたファティナたちだった。実は、これまで行動をともにしてきたヘナロは、アミナ将軍の命でジルたちを監視していたスパイだった。任務は、四騎士の回収とギルガメス王の安全を守ること。へナロが「これ以上、登頂しないでほしい」と求めたために戦いとなったのだった。重傷を負ったクーパとカイを連れたヘナロは、ギルガメスの影がいる幻の塔最上階を目指す。一方、竜の墓場でジルたち、グレミカたち、そしてウラーゴンと四騎士の一人マイトが接触。ギルガメス王の影の力はいよいよ増し、メスキア市の老ギルガメス王への影響を深めていく。影のギルガメスと対峙するカーヤ。

カイを捕らえて一気に最上階を目指すサキュバスとニーバ。ジルたち一行も最上階へと向かう。最上階で待つのは、力を強めていくギルガメス王の影。ニーバとジルたちは、それぞれ影の居城へと攻め込んでいく。そんな中、アミナ将軍のスパイのヘナロは、四騎士のマイトを引き連れジルたちを攻撃してくる。時をおなじくしてメスキアでもエタナの指揮による内乱が起きる。二人のギルは自らに迫るものにつぶやく。「さあ来てみろ。ここが世界の頂点だ」。

王座の間でニーバとギルガメスの影が激しい戦いを繰り広げる。だが王座の間に入ったジルが見たのは、ニーバがギルガメスの影の刀に倒れる姿だった。ギルガメスの影に迫るジルだが力は及ばない。そのピンチを救ったのは、一旦は裏切ったはずのヘナロと四騎士のマイトだった。そのチャンスにより、ジルとカーヤは協力してギルガメスの影に再び戦いを挑む。そしてついにギルガメス王は倒される。だがそれで全てが終わったわけではなかった。

ついに真の姿を明らかにするドルアーガの塔。そして対峙するジルとニーバ、カーヤとサキュバス。戦いの果てに見えるものは……。