バルドー領に倣い、いくつかの諸候達も人民軍への参加を表明し、一大勢力にのし上がる人民軍。またたく間に銀河の戦局バランスは一転していく。一方、コート・ドールではレイチェルがヴェッティとラルフの抱擁を目撃し、侮蔑の言葉を浴 びせる。レイチェルに対しヴェッティが語る自らの隠された過去とは…?
神聖皇帝軍と人民軍の戦いは苛烈を極めた。戦いが混戦の度合を深める中、ガラスの戦艦は単独でコート・ドールのブリッジへ攻撃する。罠を張り、待ち受けるヴェッティ。二人の剣は再び激しい火花を散らす。激しい戦闘が続く中、カベル領に突如、和平交渉の席が設けられる。この和平交渉に隠された陰謀とは? クレオ、人民軍達の運命とは?
深遠なる宇宙の闇ときらめく星々に目を凝らしながら、物思いにふけるミシェル。クレオたちと共に希望を抱き、絶望を乗り越えながら歩んできたこれまでの軌跡を振り返って…。
監獄施設の医務室で目を覚ますクレオ。クレオ達を乗せた脱出艇はコート・ドールから無事脱出したものの、辿り着いた砂漠で捕えられたのだった。監獄の女医ミュスカは、驚異的な回復を見せるクレオの身体に歪んだ興味を抱く。今や全領土戦艦の7割を掌握している神聖帝国。しかしヴェッティはバルドー領を始め、残りの領土戦艦の獲得を側近らに急がせる。幽閉されたままのミシェルは、人民軍への不当な扱いを訴えるためヴェッティに詰め寄るが…。
囚人達を配下に収め、脱走を画策するクレオ。いよいよ作戦決行の日、身体を調べてくれとミュスカに持ちかけ医務室に移送「された」クレオは、そこである秘密を知る事となる。医務室を制圧し、看守長シークによる罠を切り抜けたクレオは、監獄敷地内の坑道に辿り着く。その最深にある牢獄には一人の老人がいた。
クレオが会ったのは伝説の武人ガウェイン提督であった。王皇軍の壊滅後、処刑されることなく、30年近くこの地に捕えられていたのだった。クレオは、ガウェインから銀河に関する重要な事実を聞かされる。衝撃的な真実を前に新たな思いを決意するクレオ。一方、愛を求めるレイチェルを辛辣に拒絶したヴェッティは、一人稽古場で剣を振るう。そこに突然ミュスカが訪れ、ヴェッティの右目の秘密と共通の秘密を持つ者がもう一人いる事を告げるのだった。
今から20数年前、銀河が若き良王マグヌス・コルベイユの統治下にあった時代。王の傍らには親友で忠臣でもある若き日のエッカルドがいた。ある日彼は武勲を称えられ、王家秘伝のガラスの戦艦を賜るという最高の名誉に浴する。だが、これを苦々しく思う若きゴルナ司教の姿もそこにあった。やがて、マグヌスとエッカルドはある一人の美しい娘と出会う…。クレオに初めて語られる、二人の父と母の物語。クレオの心に芽生える思いとは?
未だ散り散りのガラスの戦艦のクルー達。しかし遂に、主無きコート・ドール内で、シルアがミシェルの救出を、ノヴィ達がガラスの戦艦の争奪を開始した。その頃、ヴェッティ延命の鍵を探るべく、ギルティの下を訪れたラルフは、新しいお告げを受け、“ある物”の発見を心に誓う。一方、クレオ達はガウェインから目指すギルティの城の秘密を教えられる。
再び合い交えるクレオとヴェッティ。ヴェッティが放った巨大砲弾は、ガウェインの巨大戦艦に回避される。応戦する巨大戦艦。船足の遅い巨艦での戦闘に苦戦するクレオ。ガウェインはクレオから指揮を引き継ぎ、巧みな戦術により敵艦を撃破。そのままヴェッティ艦へ強制接舷を果たす。敵艦隊に乗り込んだガウェインは迫る敵兵をクレオに任せ、動力部内に辿り着く。だが、そこで待ち受けていたものは…。
「黒十字に至り、新たな銀河を手にする」という十字星教の教義の為に、バロディカの地下で秘密裏に細工を施す法王ゴルナは、レイチェルに一振りの宝剣を託す。一方、神聖皇帝軍の追撃に晒されていたガラスの戦艦は、突如現れた巨大戦艦により窮地を救われる…。そしてその艦から姿を見せたのは…。
B.Bの居城でクレオは、銀河の未来の為に私情を捨ててヴェッティと手を組む選択肢もある事をミシェルに話す。ヴェッティの名に過剰に反応するミシェル。B.Bは、そんなミシェルの「性」を見抜き、性別ではなく彼女の偶像性の重要さ、そして新たな選択技の有用性を示唆する。その頃、バルドー領地に不穏な人影が降り立った…。
ミシェルと見つめ合うクレオの姿に複雑な想いのアイメル。その胸に蘇るクレオとの出会い。スラムでくすぶっていたアイメルが、ひったくりで狙った相手。それがクレオだった。その頃、彼女が住むスラムの住人達には領主より立ち退きが勧告されていた。この場所を守るのは自分だと吼えるアイメルだったが、住人達との温度差は激しく一人孤立してしまう。彼女はある晩、領主の屋敷に単独で乗り込むが…。
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