個性豊かなアプリたちが暮らすスマホの中の世界・フォンワールドには、ユーザーが快適に過ごせるよう、ウイルスに目を光らせる警察がいた。警察学校を卒業したばかりのジャッキーは、マニュアルを暗記するほどのマジメな新人警官。無事に初めての出動を終わらせようとしていたところ、ウイルスらしきものと遭遇。しかしそれは、警察学校で一緒に学んでいた破天荒なロビンだった。
ユーザーの少年は、ママにねだってレースアプリをスマホにインストールしてもらう。しかしアプリが最新すぎて、古いスマホではスムーズに動かない。そんな状況を知ったレーサーアプリは腹を立て、何とかしろとジャッキーとロビンに言い放つ。2人は様々な方法を試すがうまくいかず、少年のスマホはフリーズしてばかり。しかしその後、容量を軽くすることを思いつき、レーサーの派手な衣装を次々と削除していく。
あるユーザーの家。忙しい父親は子守代わりに、赤ちゃんにスマホを渡し人気キャラクター・フェアリーの歌を聞かせていた。しかし、興奮した赤ちゃんは画面をいじっているうちにアプリを次々と消してしまう。何とか赤ちゃんの気を引くよう仕向けるジャッキーとロビンだったが、いよいよセキュリティアプリも削除の危機に陥り、フォンワールドのみならず、2人も消える可能性が高くなってしまう。
AIアプリのリリーは、引きこもりがちのユーザーから悲しい話ばかりを聞かされ、仕事を放棄中。現場に急行したジャッキーとロビンは、こんな生活が続くならいっそのことアプリをやめたいと泣きつくリリーを救うため、作戦を立てることに。そこでジャッキーがリリーの代わりにユーザーと会話をし、その間にロビンがリリーと鬼ごっこをして元気を回復させようとする。果たして2人の作戦は成功するのか?
ポケットから滑り落ちたユーザーのスマホが、あと0.5秒で道に落下する時、フォンワールドではその衝撃に備えて振動アプリ軍団が振動モードを発動!努力のかいもあり、スクリーンは割れずに着地することができた。しかし今度は、車にひかれそうになる試練が襲ってくる。ジャッキーとロビンは、スパムメール警報の振動でスマホのひき逃げを回避できたものの、石の落下や次の車が向かってくるなど、次々とピンチが訪れてしまう。
フォンワールドの急激な気温上昇に備えて警戒するジャッキー。マニュアルどおり少しの気温上昇も見逃さず、警報を何度も出し、ロビンやアプリたちをうんざりさせていた。そんな時、ユーザーがスマホを車の中に置き去りにしたせいで、本当にスマホの温度が上昇。ジャッキーとロビンは信じないアプリたちを説得し、アップデートを止めるように説得するのだが…。
リサイクルアプリの様子を見に行くよう、署長に命じられたジャッキーとロビン。ウワサでは建物内に入って出て来られた者はいないらしい。さらにリサイクルアプリ本人とは誰も会ったことがないというのだ。すると中からうなり声が聞こえ「出ていけ」と言われる。恐ろしくて倒れそうになりながらも残っていると、リサイクルアプリが現れるが、その優しそうな風貌に拍子抜けする。
警察のプロモーション動画の撮影が始まった。取材に協力していたジャッキーとロビンは、お互いのことについてインタビューされ、これまでの出来事を思い出しながら不満を爆発させる。最後に取材を受けた署長は、警察のPRを成功させるため、2人が最高のチームだと褒め称えるが、取材中の司令センターでケンカを始めたジャッキーとロビンに我慢ならず、怒りをぶちまけてしまう。
アプリ同士のケンカの仲裁にウンザリしていたロビン。「アクションシューティングゲームの現場へ急行せよ」と署長からの指示を受け、アバターアプリの救護へ向かうことに。疲労困憊のアバターアプリを無事に搬送するも、今度はその影響で消えかかってしまったゲームアプリがパニックに陥ってしまう。そんな時、ロビンは名案を思いつく。
ユーザーが誕生日を迎え、フォンワールドに誕生日アプリが現れる。どんな願いでも3つは叶えると豪語する誕生日アプリだったが、徐々にユーザーの願い事のハードルが上がっていき、ついには手に負えなくなってしまう。3つ目の願いで、出張に出かけているパパに会いたいと告げられた誕生日アプリはお手上げ状態になるのだが…。
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