ユーザーの個人情報を盗むハッキング集団に潜入捜査官としておとり捜査を行うロビン。これはジャッキーも知らない秘密の任務だった。そんなジャッキーは、ハッキング集団に情報を流していたスパイがロビンだと思い込み激怒。結局、ロビンとハッキング集団は捕まってしまう。ロビンは署長に直々に頼まれた極秘任務だったと主張するのだが…。
毎朝ユーザーが途中で停止ボタンを押すことで、最後まで歌を歌うことができず怒った目覚ましアプリが行方不明になってしまった!そんな彼の行方を探すジャッキーとロビンは、カラオケアプリで熱唱中の目覚ましアプリを発見。彼に話を聞くと、「ユーザーが自分のことをバカにしている」と主張し、目覚ましアプリとして歌うことを断固拒否。そうこうしているうちに目覚ましのセット時間になってしまい、アプリ内に緊張が走る。
コンサートチケットの争奪戦を担うロケットアプリの管制塔で、補助任務に就くジャッキーとロビン。2人がサポートしていたロケットアプリは、何度も争奪戦に勝利しユーザーのチケット確保に尽力。ヒーローとして崇められていた。ところがロビンが、誤って彼の装備の一部を外してしまったことから、負傷し戦線離脱。もやは絶望的と思われていたのもつかの間、ロビンがロケットアプリとして参戦することになり…。
ウイルスの追跡中だったジャッキーとロビンのもとに、署長からマルウェア感染の連絡が入る。司令センターに戻ると室内はもぬけの殻で、大規模なマルウェア感染により自爆プログラムが起動したとの警報が鳴り響いていた。一刻も早く逃げたいロビンに対して、ジャッキーは警察の仕事を守るため、必要な道具やデータを運び出そうと焦るのだが、時間の猶予がなくなっていくうち、2人は残りの人生に投げやりになってしまう。
ユーザーが複数のアプリを同時に使ったため、データがごちゃ混ぜになる事態に陥り、誤配送のデータを手分けして追跡するジャッキーとロビン。ジャッキーがそのうちの1つを追跡すると、老人アプリだったことが判明。しかし、彼の機転によってすでにごちゃ混ぜになったデータは、それぞれもとのアプリに届けられていたことを知る。安心したジャッキーだったが、もう一方を追跡するロビンが、さらにそのデータを交換してしまい…。
署長のかつての相棒の保安官が司令センターにやってきた。取り逃がしたマルウェアを捕まえるために、アドバイザーとして呼ばれた保安官から、「相棒からアドバイスをもらえ」と言われたことに不服ながら従うロビン。そんな時、事件が発生。機種変更をしたユーザーの写真フォルダがめちゃくちゃになってしまった。新しい写真アプリが削除されてしまう可能性が発生し、ジャッキーとロビンは現場へ急行する。
フィットネスアプリがユーザーの歩数を不正に操作してると判明したため、逮捕に乗り出したジャッキーとロビン。ところが彼曰く、何やら事情があるようで。かつてユーザーを追い込みすぎて、倒れさせてしまったことから、わざとムリをしないよう操作をしているのだと言う。そんな事情を知ったロビンは、お気に入りの技として“ほめまくり作戦”を伝授する。
ユーザーの少年の母親が、スマホの使用時間を制限するため管理アプリを起動。そんなフォンワールドでは、署長を差し置いて管理アプリが、警官たちを仕切り始めていた。反抗的な態度で管理アプリに任務から外されてしまったロビンは、その腹いせに管理アプリをだましてイタズラをし、ユーザーの制限も解除してしまう。
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