ディーゼは別働隊としてウルフランらと共に隠し通路を進み、ついに皇帝の前にたどり着く。そこにレイ・ドーンが現れ、ディーゼの野望を阻止した。その『救国の英雄』の胸に去来するのは十二年前、マーリヤとヴェロニカの故郷スーナを焼いた苦い記憶──
皇帝を救ったレイ・ドーンが領地へ戻ることになった。ドロテアはレイ・ドーンの警護を命じられるが、マーリヤは複雑な胸中を隠せない。ヴェロニカも護送中のレイ・ドーンを尾行して、復讐の機会を窺っていた。その途上、橋が爆破され一行は足止めを喰らい、古城で一泊することになる。レイ・ドーンに近付くウルフラン、そしてヴェロニカ。マーリヤとフリーは彼らと再び対峙する。
ディーゼの反乱の影には常にウルフランの暗躍があった。結局はそれら全てを裏切り、果たして男は何を目的に動いているのか。 事後処理で、ひたすらに反乱者の捜査と摘発の日々が続くドロテアの面々。マーリヤは自責の念にかられながらも職務にあたる。そんな中フリーは、ディーゼに内通したと思われる元王族、クリストフ・ラーンの存在にまでたどり着く。
国内唯一の貿易拠点ベイルンの船島で大量の禁制品と共に、黒の妖精書〝黒の九〟が発見された。確保へ向かうマーリヤたち。一方で妖精学者ダミアンとヴェロニカ、さらにスウィーティーとパトリシアの二人も船島へと集結。三大マフィアの一つ『グイ・カーリン』幹部のイージェイを交え、三つどもえの戦いとなる。
かくて“黒の九”を含む黒の妖精書三部がグイ・カーリンの手に渡り、六部が妖精省の管理下となった。九つ揃った時、そこに何があるのか。ヴェロニカの過去を知るダミアンに、マーリヤは反発するが、彼は更なる危険な勢力の存在を示唆する。
ドロテアの活躍により“黒の三”“黒の六”が妖精省の手に渡る。残るはグイ・カーリンの四大幹部最後のひとり、イージェイの所持する“黒の九”のみ。潜伏先へと向かうフリー、マーリヤらは意気込む。だがイージェイは、独自の研究により“培養型妖精兵”を生み出していた。
ウルフランに“黒の九”が奪われ、ついに黒の妖精書が揃ってしまう。それらを影で手引きしていたのが、マルコ・ベルウッドとその右腕であるグリフ・マーサーと判明し、妖精省を一斉検挙するためドロテアが動く。果たして彼らの目的である『あらまほしき世』とは…。
アインツ教団。“黒の妖精書”が記す“神獣”の復活。捜査の過程でスーナを訪れたマーリヤは“災いの子”と呼ばれ疎まれてきた自分と、“幸いの子”と呼ばれ誰からも寵愛を受けてきたヴェロニカの真実、そして神獣復活のために必要な素材は何なのか、その秘密を知ることになる。
教団が狙う最後の素材──“妖精憑き”。彼らがそれをひとりでも手にすれば、かつて、古代トゥパール王国を滅ぼしたほどの力を持つ“神獣”が甦るという。そして“妖精憑き”であるマーリヤ、レイ・ドーン、ヴェロニカの三人は、教団の陰謀によりロンダキアへと誘導されつつあった。
それぞれの思惑をのせ、暗殺された首相の国葬の車列が走る。葬儀を強行するレイ・ドーン。それを狙い、妖精兵を率い襲撃をかけるウルフラン。警護するドロテア。潜むヴェロニカ。それを探すマーリヤ。そして闘いの匂いに惹かれ──ビーヴィー・リスカーが現れる。
パナム山に大穴を穿ち、神獣が甦る。無差別で徹底的な浄化が人々を襲う。教団やリスカー隊は壊滅しつつあり、個々の闘いは終わりを迎えつつあったが、神獣を止める手立ては見つからない。その時。マーリヤは神獣の咆吼のなかに、破壊衝動以外の意志を感じとる。
浄化の光は、妖精武器であれば防ぐことができた。神獣が妖精成体であるならば“ブラッド・ドーター”の力で“妖精器官”を破壊することもできるはず。マーリヤとヴェロニカは神獣を止めるべく立ち向かうが──。駆けつけたフリーと共に、マーリヤは最後の闘いへと身を投じる。
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