会長はメイド様！

共学になってまだ数年の星華高校は男子高だった名残で生徒の8割が男子だ。そんな星華高校の初女生徒会長・鮎沢美咲。学校の秩序を守るべく校内を厳しく取り締まる、文武両道の美咲のヒミツ――それはメイド喫茶でアルバイトをしていること！ 学校の生徒にメイド姿がバレないようにと願っていたが、ある日、学校一のモテ男、碓氷拓海に見られてしまい…。最大のピンチ！ 生徒会長とメイドの二重生活はどうなる!?

メイド・ラテに入り浸るようになった碓氷や3バカに翻弄されながら、学校では学園祭の準備で大忙しの美咲。女子生徒を増やす絶好のチャンスだと張り切るあまり、学園祭の出し物を提案する男子に「女子に受けが良くないから」とダメ出しを連発する。その様子を見た碓氷は…。

メイド・ラテのイベント、妹デー。“癒しと萌えの塊”とさつきは言うが、戸惑う美咲は、メイド・ラテの癒し系担当であるほのかのお手本を真似ても上手くできない。妹の可愛さがわからない美咲は、学校で幸村やさくら、しず子に話を聞いたり、本を読んだりと熱心に勉強をする。そして、妹デー本番。メイド・ラテに来店した碓氷は、何故か、必死で妹キャラになりきる美咲を怒らせようとばかりする――。

メイド・ラテに突然やってきた美少女ネットアイドルAOI。さつきの親戚で、中学生ながらメイド・ラテで働きたいのだという。美咲はそんなAOIを優しく諭すが、反抗するAOIはメイド服を勝ってに着たり、やりたい放題。メイド・ラテの男性客みんなが、AOIの虜になる中、碓氷だけは無反応。AOIは何とか碓氷を落としたいと思い、行動にでようとするが――。

メイド喫茶の従業員を狙ったストーカー事件が多く、さつきがメイド・ラテに防犯グッズを用意していた。それを聞いた美咲は、遅くまで学校に残っているさくらを心配したり、相変わらず周りを気遣っていた。そんなある日の夜、美咲はメイド・ラテに一人で残ることに。合気道を習得しており心配ないと言う美咲だが、その背後には…。

「我々の師匠になってください！」と、美咲につきまとうのは星華高校1年生の犬山5兄弟。生徒会長である美咲を尊敬し、『鮎沢塾』を作った彼らは、アルバイトをしている美咲の姿も見習いたい！と、後ろをついてくる。美咲は、『生徒会長』としての自分を尊敬する彼らが、『メイド』の姿を見るとガッカリするのではないかと思い、必死で隠そうとする。

お金持ちばかりが集まるセレブ校、雅ヶ丘学園と、星華高校の生徒がケンカをした。厄介な相手だが星華側から手を挙げたと聞いた美咲は、生徒会長として、相手生徒に謝る。だが、事の発端は雅ヶ丘の生徒が星華の生徒に放った一言だったと知り、雅ヶ丘の生徒に謝罪を要求する。その一部始終の報告を受けたのは、雅ヶ丘の生徒会長・五十嵐虎だ。美咲に紳士的な対応をする虎だが、実は…。

美咲に対して紳士的な対応をする虎。星華高校まで出向いてケンカの原因である自分の高校の生徒を退学にさせると言い出したり、お詫びの品を送ったり、さらには雅ヶ丘への転入の誘いまで！ そのことが発端で「美咲が転校する」というウワサは学校中に広がり、生徒会メンバーやさくら、しず子の不安が募る中、美咲が出向いた場所は雅ヶ丘学園だった。

むかしむかしのお話。さくらばあさんと、幸村じいさんが大きな桃を拾った。桃が大好きなさくらばあさんは、早速食べようと桃を割ったところ、中からは…桃太郎（美咲）が出てきた。傍若無人な鬼が許せない桃太郎（美咲）は、さくらばあさんから「サービス」でもらったきび団子を手に、鬼退治の旅に出る。

夢咲高校の生徒で、人気ヴィジュアル系バンド『U×ミシ（ユメミシ）』からお茶会の誘いを受けるさくら。U×ミシのボーカルに恋をしているさくらは、美咲としず子にも好きな人を紹介したいと、お茶会に一緒に行くよう頼む。美咲は、バンドのことはよくわからないが、さくらやしず子と遊ぶことが楽しみであり、何より、さくらを応援したいと思っていた。そして当日、お茶会に参加するさくらたちだが――。

美咲の母と出会い、ひょんなことから美咲の家に行くことになった碓氷。その様子を偶然見たさくらとしず子は、美咲に碓氷との関係を問うが、碓氷の話をしているうちに、その謎めいた私生活が気になったさくらは、「碓氷の家に行こう」と提案し、尾行することに。果たして碓氷の秘密とは？

星華高校の体育祭は「1種目、1褒美」という特別ルールがあり、1位になった選手がいるチームには限定30食特盛カツカレー3ヶ月独占権などの賞品が与えられる。その中のメインイベントである障害物競走は全校生アンケートで決まった賞品、『花園さくらとのキス』が！ そうはさせまいと奮闘する美咲。さくらを守り、さらに全競技で1位になり女子のために賞品を獲得しようと全力で戦うが――。

3バカの中で一番おバカな白川直也。今はすっかり「メイド・ラテ」生活を楽しむ白やんだが、中学時代は“伝説のトップ”と呼ばれ、ケンカが強いことで有名だった。そんな白やんの前に、現在、中学で一番ケンカが強いと言われている後輩・荒嶽が現れる。ケンカの現役を卒業し、平和に過ごす白やんを見た荒獄は、ある人物を人質にとり、白やんと直接会おうとする…。