好奇心旺盛なぷにるんず・あいるんは、小学4年生の女の子・ゆかと一緒にくらしている。今日も、ぷにぷにの『あっぷにぱい』を作ってもらい大満足のあいるん。すると、ゆかのパパの叫び声が聞こえてきた。新しいパンのアイディアが浮かばずに悩んでいるパパ。ゆかの家は、町のパン屋さんなのだ。さっそく友だちのぷにるんずを呼び、みんなでパンのアイディアを考え始めるあいるん。でも、それはおかしなものばかりで……。
ゆかのところに、親友のあおいが血相を変えてやってきた。ぷにるんずの赤ちゃん『べびるん』をひろったのだが、どうしていいかわからず、ゆかに相談に来たらしい。お風呂やごはん、ぷっきんぐなど、あおいにぷにるんずのお世話の仕方を教えるゆかとあいるん。すると、べびるんは、『きいるん』へと成長した。あおいも同じようにお世話をするが、なぜかきいるんはなつかない。ゆかとあいるんのもと、特訓を開始するあおいだが……。
ぽかぽかと日向ぼっこをしているあいるんたち。そこには、大量のべびぷにもいた。どうやら、らぶるんの魅力に引きよせられて、集まってきたらしい。その後も、どんどん増えていくべびぷにを、一生懸命お世話をするあいるんたち。ゆかもぷっきんぐで食べ物を作って手伝うが、べびぷには増える一方で……。みんなが困りはてた時、らぶるんが立ち上がった!らぶるんの大きな愛は、増えつづけるべびぷにから世界を救えるのだろうか!?
あいるんのおうちでお泊まり会をしているぷにるんず。楽しい時間を過ごして、今はぐっすりと夢の中。しばらくして、おなかをすかせたうるるんが目を覚ました。起こそうとしても、だれも起きないぷにるんず。うるるんは勇気を出して、一人でごはんを探す冒険に出る。一方、うるるんがいないことに気づいたあいるんたちは、うるるんを探しにおうちを出る。泣き虫なうるるんは、みんなと合流し、ごはんをゲットできるのであろうか?
今日は、楽しいハロウィンパーティー。ぷにるんずも仮装して、大盛り上がり。さらにパパとママからパンプキングミをもらって、ごきげんなあいるんたち。しかし、楽しそうなぷにるんずを見つめる怪しい影が……。その正体は、とてもめずらしいぷにるんず『ばけるん』だった。うるるんのグミをうばっていくばけるん。あいるんは犯人として、うたがわれてしまう。あいるんは、ばけるんをつかまえようと“ある計画”を立てるのだが……。
クールビューティなくーるんに影響され、オシャレに目ざめたあいるん。あいるんはくーるんと一緒に、ぷにるんずの世界にあるマーケットに買い物に。ちょうネクタイや王冠など、オシャレなアイテムをそろえていく。しかし、もともとクールビューティな性格じゃないあいるん。いまいち、ビシッとキマらない。そこでくーるんは、あいるんにレッスンをしてあげることに。果たしてあいるんは、真のオシャレになれるのであろうか?
ひょんなことから、ぺいるんとしょうるん、2人合わせて『ぺこぷに』になってしまったお笑いコンビのぺこぱ。もとのすがたにもどるヒントを探すため、2人はぷにの世界を旅する。「もとにもどるには、ぷにぷにされなければ!」そう思った2人は、旅の途中で出会ったあいるんたちと交流を深めながら、ぷにぷにし合う。しかし、なぜかぺこぱには戻れない。あきらめかけたその時、2人の前に学校から帰ってきたゆかが現れて……。
もうすぐ運動会。しかし体育が苦手なあおいは、「自分も、えねるんみたいに運動神経がよかったらなぁ」と、気分が晴れない。そんな時、運動会というものに興味を持ったぷにるんずは、いろんな種目で競い合っていた。一生懸命、えねるんを応援するあおい。しかし、おっちょこちょいなところが裏目に出て、失敗ばかりのえねるん。がっかりするあおいだが、負けても楽しそうなえねるんを見て、気持ちに変化があらわれはじめる。
ゆかとあおいの写真を見ているぷにるんず。でも、昔の写真にあいるんの姿がない。そういえば、あいるんとゆかちゃんの出会いって、どんな感じだったの?気になるぷにるんずに、ゆかは語り始める。あれは、よく晴れた日だった。こむぎと公園に行ったゆかは、ひとりでブランコに乗るあいるんと出会う。はじめて頭をぷにぷにとなでてあげた時、2人はその感触に衝撃を受ける。そこから、あいるんとゆかの不思議な交流が始まった。
もうすぐ、あおいちゃんの誕生日。おいしいケーキを作ってあげたいゆかは、ママの秘密のレシピから『隠し味』の情報を盗み出そうと考える。ママに見つからないよう、隠し味が書かれたノートを奪うのだ!動き出すエージェントぷにるんず!しかし数々の障害が、彼らの前に立ちはだかる!ぷにるんずはミッションを成功させることができるのか!?ゆかは最高のケーキを作れるのか!?そして、ママの『隠し味』の正体とは!?
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