怪異対策の方針を巡る業界会議で、重本はマジルミエの新システム「アリスシステム」を提案するが、実績不足を理由に退けられてしまう。だが重本は、新たな案件を自ら受注し、実力を証明する道を選ぶ。大きなチャンスであると同時に、業界の力関係や思惑が絡む危険な案件だった。一方、越谷はある人物から任務に関わる不穏な提案を受ける。それは父の存在を揺るがしかねない内容だった。仕事か、信念か。それぞれの事情を抱えたまま、チームは未知の脅威へと向かう。
新種怪異の調査と退治のため、カナと越谷は魔総研へ赴く。副所長の赤坂の案内で隔離エリアに向かった二人は、従来の常識が通用しない異様な怪異と対峙する。 特殊な性質を持ち、攻撃すら通用しないその存在に、現場は困惑する。 さらに裏では、魔力規制を巡る様々な人間の思惑が絡み状況は緊迫していく。 やがて怪異は想定外の変異を見せ、事態は更に緊迫する。限られた時間の中でマジルミエの実力が試される。
暴走を始めた新種怪異を前に、マジルミエとアストの魔法少女が同時に対峙することに。 思惑が交錯する中、越谷は他社の魔法少女である土刃に共闘を持ちかけるが、互いのスタンスは噛み合わず緊張が走る。 さらに怪異は魔力の影響で急速に変異をする。 オペレーターとして、ある人物が介入し、戦況は新たな局面へ。 複数の魔法少女とシステムが交錯する中、未知の怪異に対する総力戦が幕を開ける。
急速に変異を続ける丙型怪異に対し、マジルミエとアストの連携で総力戦が展開される。独自の戦術とリアルタイム制御によって、防御や攻撃を柔軟に切り替えるマジルミエの戦い方は、周囲の常識を覆していく。さらにカナは、戦況の中で得た情報から怪異の特性を見抜き、チームを導く役割を担い始める。機動力、精密な制御、高度なオペレーションが噛み合い、即席とは思えない連携が生まれ、反撃の糸口を掴んでいく。
アリスシステムの拡大に向け、マジルミエはエンジニア採用を開始。カナは求人インタビューを任され、自社の魅力をどう伝えるかに悩みながらも、言葉を紡いでいく。その結果、思いがけない人材が集まり、チームには新たな風が吹き始める。しかし本格的な戦力強化の裏では、さらなる人材確保が課題に。そんな中、マジルミエ一同は講演と面接を兼ねて京都へ向かうことに。
京都でエンジニア候補・闇森と対面したマジルミエ一同。闇森は高い技術を持つも協調性に欠け、チームとの相性に疑問が浮かぶ。その態度の裏には、幼なじみであるサカヱとの関係や、独自の価値観に基づいた思いが隠されていた。一方、塔ノ森神社では伝統の祭りが始まり、封印された怪異が神事として解放される。その裏では不穏な影が動き始める。
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