「あたし、きっと魔女の国の女王になってみせますから!」(メグ)魔界の女王になるために人間界へと修行にやってきたメグは、家族の一員となる条件で先輩魔女:マミの家庭である神崎家の娘となった。優しいパパ、いたずら好きの弟妹に囲まれ慣れない人間界で暮らし始めるメグだったが、弟ラビの度重なるいたずらが許せずに思わず手を上げてしまう。そのことをパパに怒られたメグはその理由が理解できず反抗して、頬を叩かれてしまった。頬の痛みとショックから、メグは家を飛び出してしまう。
「女王の椅子をあたしに奪われてもいいなら話は別だけど」(ノン)人間の生活を学ぶため、小百合学園へ転入することになったメグ。そこへ同じく学園に入学するライバルの魔女:ノンと母親代わりの魔女キーランが神崎家へ挨拶に来た。マミとキーランもかつて女王の座を競ったらしく、メグはノンに対抗心を燃やす。学園でもすぐクラスメート達と仲良くなるメグに対し、ノンは「人間と深く関わると修行のマイナスになる」と忠告する。メグは自分がどう人間と付き合えばいいか困ってしまうのだが…
「魔女だ!メグ姉ちゃんは魔女だ!!」(ラビ)風呂上りにメグが体重計に乗ったら、いきなりラビが覗き込んできた!どうもパパの「予想した体重よりも軽かったなら、その者は魔女である」という魔女裁判の話が発端らしい。この騒ぎをきっかけに、アポは「自分も魔女の子かもしれない」と思ってしまう。それを試すため、ラビとアポはホウキ一本を持って高いところからダイビングという危険な実験を行う。思わずメグは魔法で助けてしまい、2人の勘違いをかえって強めることに…
「人間ってつまんないことお祝いするのね」(メグ)陸上競技でノンにわずかな差で負けたせいで、悔しさいっぱいで帰るメグ。家ではパパの誕生日を祝う準備で忙しく、メグもマミから家族の一員として手伝うようにいわれる。一方それを知り面白くないチョーサンは、メグとノンの対抗心を利用してそれぞれに偽の挑戦状を届ける。ノンに負けたくないメグはマミの言いつけを守らず約束の場所へと向かう。だがそれに怒ったマミは、神崎家のみんなからメグに関する記憶を消してしまった!
「メグは人間の心に毒されてる、あたしはだまされないわよ」(ノン)テニスの試合でノンに勝ったメグは、コートから飛び出したボールを拾ったミスター天空という奇術師と知り合いになる。天空はパパの会社が興行する大魔術ショーで、炎に包まれたジェットコースターから脱出してみせ、その売り上げで恵まれない子供たちの施設に図書室を作ろうというのだ。メグは天空の考えに感動し、学校でショーの宣伝をする。しかしそれを快く思わないノンは、メグに反発し天空に恥をかかせようと魔法を使う。
「魔法で脅かせば可哀想だし、魔法を解けば元の木阿弥だし…」(メグ)疲れた顔で朝早く家に帰ってきたパパ。実は公演のために招いた世界的なピアニスト、リヒアルト・アイゼンの世話に振り回され、ダウン寸前だったのだ。パパの体調を心配するメグはホテルへ戻る彼を追いかける。そしてホテルのボーイに変身し、機転をきかせてパパのピンチを救うのだが、アイゼンは契約書をたてにわがまま三昧は止まらない。あまりのわがままぶりに怒ったメグは、公演直前のアイゼンに魔法をかけてしまうが…
「メグはばかね、あたしだったら逃げたりしないわ」ノンラビとアポを連れてテニスの練習をしていたメグは、気さくに声をかけてきたダニーというハンサムな男の子と仲良くなり、一緒にテニスをすることになる。すっかりメグを気に入ったダニーはメグに積極的にアプローチし、メグも次第にダニーの優しさに惹かれていく。そして2人でデートすることになったのだが、メグはダニーが突然メグの手を握ってきたのに驚き、思わず「ダニーなんか嫌いだ」といってその場を逃げ出してしまう。
「あたち、きっとあの子にうらまれてるんでちゅ」(アポ)突然外で自分の悪口が聞こえたので、メグたちと表に飛び出すアポ。しかしそれは見知らぬ男の子がいじめている子犬の名前だった。自分と同じ名前の子犬がいじめられるのが耐えられず、アポは止めようとするが男の子はまったく聞いてくれない。怨まれる心当たりもないため、すっかり元気をなくしてしまうアポ。メグは何とかしようと男の子を捜して交渉するのだが、今度は「神崎メグ」という名前の猫がいじめられるという始末で…
「女王になるためには色々な人間の真心を知ること…」(マミ)教会を訪れたメグは、木から落ちる少年タカシを魔法で助けた。母を亡くしたタカシは仕事で帰らない父を思って、遠くを見渡せるよう木に登っていたのだ。タカシの父は有名な空中ブランコ乗りだったが、パートナーだった妻を失いサーカスから離れていた。親子の絆の強さを信じ必ずタカシの父は帰ってくるというメグに対し、そんなことはないと反発するノン。お互い意地になり、魔法を使って彼がどちらを選択するのか見定めるのだが。
「こっちからも、風船をとばしたらどうかな?」(風巻)アルプスの分教場の子供たちが風船につけた手紙と花の種が、メグたちの町に届いた。喜んだメグたちは返事を書こうとするが、ノンから風船で届いた手紙を郵便で出すのかと皮肉られてしまう。だがそこへ運良く小百合学園の先輩である風巻が現れ、彼らの協力を受けて熱気球でアルプスを越え手紙を運ぶことになった。どうしても直接子供たちに手紙を届けたいメグは危険を覚悟でこっそり気球に乗り込んでしまう。そしてノンとボスも…
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