「特別の超能力を持った小娘は、俺の実験材料だ」(マッド)クィーン・コスモス号の軌道を知るために、マッド博士がサタンバーズを使ってキティ博士の研究所に襲撃をかけた。それを知ったオーロラ姫はキティ博士の身を案じ、クーゴに地球へ行ってほしいと頼む。ハッカ、ジョーゴもクーゴの後を追い、オーロラ姫は一人きりで宇宙に取り残されてしまう。マッド博士は守る者のいなくなったコスモス号に目をつけ、姫を誘拐しようと魔の手を伸ばす。超能力を持つ姫を研究材料に、人体実験を行おうというのだ!
「このままほうっておいたら、オーロラ姫は植物人間になってしまいます」(キティ)コスモス号は流れる太陽と呼ばれるソルゾーンに入ってしまった。灼熱地獄から脱出するため、危険を承知でスーパーワープ航法を敢行する一同。だが、そのショックは人間である姫の身体には耐え切れるものではなかった。意識を失った姫を甦らせるためには、ペナン星にあるダイヤを手に入れて4時間以内に額にかざさなくてはならない。もし間に合わなければ、姫は植物人間となってしまう。はたしてクーゴたちは、姫の命を救うことが出来るのか!
「両軍の陣地の間に俺たちが着陸しちまったというわけか」(クーゴ)コスモス号は激しい磁気嵐に巻き込まれて近くの星に不時着した挙げ句、前線基地建設をめぐるブロッガーたちの戦いに巻き込まれてしまう。もともと一つの種族だったブロッガーたちは、大地震のせいで二つに分かれて以来、激しい争いを繰り広げていた。彼らは旧式の武器しか持たないはずなのに、それぞれの陣地にはミサイルが打ち込まれている。誰かが裏で糸を引いているに違いない。そう推測したジョーゴは、真の敵を探し始めるが…。
「姫が捕まったんだぞ!命なんか惜しかねえやい!」(クーゴ)敵のギンギンマンを追ってギンギラ要塞へと乗り込んだクーゴたち。だが卑怯なギンギンマンは隙をついてコスモス号を急襲し、オーロラ姫をまんまと手中に収めてしまう。とらわれの姫を救うため、クーゴたちは降参したふりをしてわざと捕虜になる。クーゴはスパークハウスに閉じ込められる直前に分身と入れ替わって脱出、無事に姫を救い出す。ところがそれを知ったギンギンマンが、巨大モンスター・ガンモスを使って戦いを挑んでくる!
「あのサイボーグ野郎どもめ…今度こそ仕返ししてやる」(ギンギンマン)ギンギラ要塞から脱出したギンギンマンは、レーダーでも捕捉不可能なプリズマーの中に隠れ、クーゴたちの前から姿を消してしまった。クーゴはドッジ助教授の力を借りて、ギンギンマンが植民地であるゴラリ星に潜んでいることを突き止める。度重なる失敗に業をにやしたギンギンマンは、再びオーロラ姫を捕らえる前に、邪魔なクーゴを抹殺しようと企んでいた。二度と出ることができないブラックホールへ誘い込もうというのだ!
「ギャラクシーエネルギーが元に戻るまで、平和を保つにはこれしかないんだ!」(オリオ)コスモス号は突如現れた謎の宇宙船による攻撃でエンジンを損傷し、美しい緑の惑星に不時着した。身動きできないコスモス号に、巨大な花のモンスター・ラフレシアが迫ってくる。ハッカの機転で地中に姿を隠す一同。一人で偵察に出たクーゴは、再び謎の宇宙船と遭遇し、操縦者であるオリオからラフレシアによって人間が奴隷にされていると聞く。クーゴはオリオと共に悪魔の花ラフレシアを退治しようと決意する!
「わたしだって元をただせば、美しいアゲハ蝶になれたのだ!」(バゲバ)オーロラ姫に休息をとってもらおうと、コスモス号は穏やかな海の惑星に降り立った。クーゴたちは久しぶりの海を前にしてはしゃぐが、幼い頃のつらい記憶がよみがえった姫は、すっかりふさぎこんでしまう。姫を傷つけてしまったと反省するハッカは、海水浴の誘いを断わって名誉挽回のためのプレゼントを探しにゆく。それを見計らったかのように、蛾のモンスター・バゲバが現れた。姫の美しさを妬んだバゲバは、ロボットを差し向けて姫を連れ去ってしまう!
「ベスター星に帰ったら、我々はモンスターに殺されます!」(ジラール)クーゴたちは漂流中のロケットに乗っていたジラールとアミラを助けた。二人の故郷であるベスター星では、ベラニアというモンスターの怒りを鎮めるために、若い娘が毎年犠牲として捧げられているらしい。それを知ったオーロラ姫は、残された人々を救うためにベスター星へと向かう。ベラニアは想像以上に強く、クーゴたちの力だけでは倒すことは不可能。それを知ったオーロラ姫は、胸にある決意を秘めて、誰にも告げずにドクロ岩へと向かってゆく…。
「俺は故郷のこの星に残る。仲間を守らなくちゃいけないからな」(ジョーゴ)コスモス号のクーラーが故障してしまい、船内が蒸し風呂のようになってしまった。修理のために降り立った惑星は、他でもないジョーゴの故郷。ところがその星は、氷のモンスター・トドーンによって冷たい不毛の世界と化していた。かつての部下・モンパと再会したジョーゴ。トドーンを前にした彼は日頃の冷静さを失い、クーゴたちが止めるのも聞かず、仲間たちの仇を取るために一人でトドーンに立ち向かってゆく!
「あの子をあのままにして、俺はとても行けねえよ」(クーゴ)植物のモンスターに襲われたコスモス号。クーゴとハッカが船外へ出て戦うものの、強靭なツルに機体を絡め取られた上に星の引力にも引っ張られ、不時着を余儀なくされる。様子を見に出たクーゴは、モンスターと戦っていた少年・マルタを助ける。大切な友達をモンスターに殺されたマルタは、自分の手で仇を討つと誓い、たった一人で戦い続けていたのだ。クーゴは幼い頃の自分に似ているマルタに、何とか仇をとらせてやりたいと願うのだが…。
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