竜神翔悟は、どこにでもいる普通の高校生。 平凡な日常を過ごしていたが、突如眼前に現れた「ダークボーン」に命を狙われる。逃げるだけで精一杯の翔悟は、ついに追い詰められて絶体絶命のピンチに。だが、庭の地中深くから現れた「カード」に触れた途端、異変が起きる!
ドラゴンに変身した翔悟は異空間にワープし、謎の敵・ダークボーンと激闘を繰り広げる。絶体絶命のピンチに追い込まれたその時、ドラゴンの背後に、3体の謎のシルエットが出現。それを見たダークボーンは動きを止め、異空間は消える。翔悟は現実世界へと戻ったが、幼なじみの早穂の家はダークボーンに破壊されていて…。
自分の意志でドラゴンボーンを着装した翔悟は、ボーンに選ばれた戦士であると証明された。ルークたちは翔悟に告げる。ダークボーンの目的は地球のボーンを奪うことであり、奪われれば地球が滅ぶ可能性があるというのだ。いきなりそんな事を言われても、翔悟には受け入れられるはずもなく・・・。
ダークボーンが出現!だが、翔悟はドラゴンになれなかった。ボーンには意志があり、無意識に戦うことを拒んだため、着装できなかったのだ。翔悟はなぜ戦うのか、どうして自分がボーンに選ばれたのか悩む。そんな翔悟にタイロンが声をかける。タイロンにもアントニオにも、戦う覚悟を決めるまでの葛藤があったのだ。
4人目のボーン適合者・ギルバートが日本の空港に降り立つ。なんと彼は13歳の少年だった! 翔悟の資料に目を通したというギルバートは、対面早々、ボーンと適合するのに時間がかかりすぎなうえ、始まりの魔神について知らなさすぎると指摘する。挙げ句には、翔悟には戦う意志と覚悟が足りないと言い放つ。
ギルバートはレオボーンを着装し、ダークボーンに挑む。ダークボーンは魔神を召喚。リーダー格であるダークホースの足技も強力で、レオは全く敵わなかった。初めて魔神を見た翔悟たちは動揺。本当に勝てるのか不安になってしまう。だが、ギルバートの心は折れてはいなかった。ルークも謎の人物と連絡を取り…。
ダークボーンは再び魔神を召喚。対抗すべく、ドラゴンも魔神を召喚する。魔神の力でドラゴンに力がみなぎり、ダークボーンの1体をボーンクラッシュさせた! その時、まるで人間のような素顔が垣間見える。戦いの後、着装を解いた翔悟は、ドラゴンカードの異変に気が付く。ドラゴンボーンが石化しているのだ。
ボーン研究所で、翔悟は東尾から衝撃の事実を知らされる。ダークボーンの正体は地球外生命体であり、ドラゴンボーンを狙って地球にやって来たというのだ。ドラゴンボーンさえなければ敵は自分の所へやって来ないし、周りの人間にも危害は加えられない。そう考えた翔悟は、ボーンファイターを辞めようとする。
ドラゴンボーンを奪いに、タイガーとウルフがボーン研究所に現れた。翔悟を除いたルークたちボーンファイターは着装し、リベレーションコクーンを展開。タイガーとウルフに立ち向かう。着装しないと決めていた翔悟だが、シャークたちの苦戦を知り、再びドラゴンボーンをまとうことを決意する。
研究所から帰った翔悟を見て、早穂は雰囲気が変わったことに気が付く。ルークの親戚の牧場を手伝うと聞いていたが、それが翔悟を変えたのだろうか?一方、ギルバートは淡々と生活する翔悟が許せない。ウルフとタイガーの圧倒的な強さには為す術がなかった。しかも、彼らはネポス・アンゲリスに協力する裏切り者なのだ。
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