東京がサイバーテロ事件で混乱に陥る。八神太一が家族を助けに向かうと、ネットワーク空間に棲息するデジモン、コロモンに遭遇。コロモンはアグモンへ進化する。
太一とアグモンを救ったのは、ガルルモンとともに先にネットワーク空間にいた石田ヤマト。制御不能な米軍のシステムにより、ミサイル直撃の危機が迫っていた。
オメガモンはアルゴモン究極体を倒すが、ミサイルは止まらず。太一とヤマトはデジヴァイスに力を込め、オメガモンの力と合わせミサイルの軌道を変えようとする。
そしてデジタルワールドへ太一はデジモンたちの住む『デジタルワールド』という世界にやってきた。そこへ同級生の空が現れ、太一、アグモンと一緒に“神殿”を目指して旅を始める。
謎の石板がかつてデジタルワールドを覆い尽くした光と闇の戦いを語り始める。闇のデジモン たちは再び動き出し、現実世界のデジタル機器に影響を与え始める。
森の中を進む太一と空はタネモンたちと、女王としてデジタルワールドで暮らす太刀川ミミという女の子に出会う。太一と空はミミの手助けをすることになる。
海岸にたどり着いた太一たちは、同じ小学校の6年生・城戸丈とゴマモンに出会う。丈はゴマモンをパートナーと認めず、太一たちと一緒に行くことも拒んでいた。
丈とゴマモンを仲間に加え、大陸を目指して海を渡る太一たち。彼らの目の前には自然豊かな島には存在しなかった人工的な構造物――要塞がそびえていた。
敵の要塞に乗り込んだ太一たちは聖なるデジモンが囚われの身であると知る。そこでかつてグレイモンとの戦いに敗れたオーガモンが、復讐の鬼となって襲いかかる。
太一たちにとって、聖なるデジモンへの手がかりはオーガモンの遺した「マッスグニ」という言葉のみ。その言葉を巡って太一とヤマトの間に小さな亀裂が生じる。
太一・光子郎・ミミと、ヤマト・空・丈に分かれての冒険が始まる。聖なるデジモンのもとに急ぎたいヤマトと、デジモンたちを見捨てられない空が対立してしまう。
古代遺跡の地下へ落ちたミミとパルモン。何とか地上へ戻ろうとするミミだが、デジモンの残骸と思っていたデジモンの一体が目を覚まし、攻撃を仕掛けられる!
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