ベーム星のグラヴィウム鉱山で事故が多発する。果たして噂どおり海悪魔の仕業なのか?キャプテンフューチャーは破壊王の正体を探るべく破壊王の手下に変装して破壊王の正体をつかもうとアジトに潜入するが、正体を見破られてしまう!
水棲人と精神を交換されてしまったキャプテンフューチャーだが、同じく水棲人と精神を交換された人々と協力し、脱走を試みる。果たしてキャプテンフューチャーは元の体を取り戻し、破壊王の企みを止めることができるのか?そして、破壊王の正体とは?
惑星グラナでは空気が枯渇し、他星への移住を余儀なくされていた。キャプテンフューチャーは、空気の供給のカギを握る“物質生成の場”の秘密を求めて、遠く銀河の中心にあたる射手座まで遥かな冒険の旅にでることを決意する。
コメット号が不時着した暗黒星で、同じように物質生成の場を目指しながら漂流することになった人々と出会い、協力して振動ドライブを行うのに必要な鉱物テルビウムを確保するが、その際、星に生息する鉱物人間と暗黒星の悲しい歴史を知ることになる。
コメット号が不時着し、一同はコル星のラルスタン王のもとに案内される。話によれば、物質生成の場を狙うコル星と守ろうとするスルウン星は対立していた。キャプテンフューチャーは、捕らえられたスルウンの王女とスルウン星に脱出をすることを決意するが…。
コル星の仕掛けてきた攻撃を、仲間たちと迎撃するキャプテンフューチャー。だが、コル星の王が物質生成の場へと向かっているという。後を追ったキャプテンフューチャーたちが見たものは。そして、明かされる物質生成の場の秘密とは?
太陽系の果ての刑務所から、囚人である天才科学者ウォ・クォルンが脱走した。彼の科学力に対抗できるのは、広い宇宙でも、キャプテンフューチャーただ一人。ウル・クォルンは異次元航行のできる“消える”宇宙船を建造して、何かをたくらんでいるらしい。
ウル・クォルンの狙いは、異次元宇宙に存在する秘宝だと判明するが、仲間のケン・スコットがクォルンの手下にさらわれてしまう。どうやらアルメリア星のつぶやきの谷があやしいとにらんだキャプテンフューチャーだが、そこには暗闇族が住んでいるという。
ウル・クォルンの手下に変装して異次元宇宙船ノバに潜入するも、正体を見破られたキャプテンフューチャー。クォルンたちの手から逃れ、ある惑星に逃げ延びるが、クォルンたちは後を追わず星を離れていく。その惑星では全土で洪水がはじまりつつあったのだ。
ウル・クォルンを追ってキャプテンフューチャーたちがたどり着いたのは、人も建物も、動植物も全てが透明な惑星だった。そこで出会った意外な人物とは?そしてクォルンの追い求める秘宝の秘密とは?全てが透明な星の上でウル・クォルンと再び対決の時が!
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