天才少年発明家のレオ。彼は元素から誕生する新生物=エレモンの研究に夢中。レオは妹のエラが見守る中、H2O=水のエレモンを生み出すことに成功する。現れたのは可愛らしい子犬型エレモン。ドキドキのファーストコンタクト!
せっかく生まれたエレモンがなかなかなついてくれず、なやむレオ。恩師のワールド博士に相談しても解決しない……。だが、エレモンに「アクロ」と名づけたことをきっかけにふたりは仲良くなる。そんな中、公園の火災が発生!レオとアクロは巻きこまれた少年を救えるのか?
レオの親友ライアンが遊びに来る。アクロの秘密を守ろうとするレオだが、あっさりバレてしまう。ライアンとアクロのじゃれあいから急に始まったかくれんぼ。レオは新発明のエレメンタムスコープでアクロの居場所を探し始める。さあ、かくれんぼのスタートだ!
ライアンからもらった黄金を材料にレオは新エレモンを生み出すことに。生まれたのはあらゆるものを金に変えるエレモン=ソルティゴールド。お調子者のソルティゴールドは様々なものを金に変え、何とエラまで黄金にしてしまう。困り果てるレオだが……。
パパのジョシュアにそうじをするように言われたレオ。そうじが苦手なレオは困り果て、炭酸ナトリウムのエレモン=バブリオを誕生させる。そうじが得意なバブリオに大満足なレオ。さらに手伝わせようとするレオだが……
クールな自分のエレモンが欲しいエラは、レオにないしょで塩化ナトリウムのエレモン=ソルティアスを生み出す。その姿は予想とはちがいとってもキュートだった。本当は可愛いものが好きだとレオに知られたくないエラの行動で、ソルティアスのきげんをそこねてしまう。あわてたエラはいろいろな方法でソルティアスのきげんをとろうとするが……。
ふん水フルーツポンチを作ろうと、レオは炭酸ガスを出せるエレモン=フィズラーを生み出す。フルーツポンチに喜ぶエラだったが、炭酸ガスが環境破壊の原因である二酸化炭素だと知り、怒り出す。環境の敵!
エコロイズ社の手作りロケット大会が開かれる。手作りロケットの製作がなかなかうまくいかないレオ。レオは硝酸のエレモンでロケットのパワーを持つロックスカルで参加することに。果たして大会の結果はいかに!?
エレモンの秘密を探ろうとするエコロイズ社副社長の娘アリサ。アリサをリーダーとするチーム・ニンジャはエレモンの秘密を探ろうとアクロを捕まえるために動き出す。様々な忍術を使ってレオたちにせまるチーム・ニンジャ。果たして任務の行方は……
誕生日のプレゼントに自分のエレモンを欲しがるライアン。無人島に上陸したレオたちは、ライアンが希望する水晶を求めて謎の洞窟へ。どんなアイテムも合成できるプロプリーンのスキルで様々な困難を乗りこえて行くレオたち。最深部にたどり着くもそこにチーム・ニンジャも登場して……。
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