コピーレゾ=ザナッファーとの激闘から数ヶ月後。アメリアはセイルーンに対する謀反の疑いを質すため、王国の使者としてゾアナ王国にやってきたが、かつての仲間であるゼルガディスによって囚われの身となってしまう。セイルーン征服の野心に燃えるゾアナ王とその娘マルチナは、王女であるアメリアを人質に戦争を仕掛けようと画策していたのだ。だが、王国に居合わせたリナとガウリイのコンビがアメリアを救出、ゼルガディスをあっさり寝返らせた挙げ句、当然のようにゾアナ王に口止め料を要求する。しかし自分で作った魔神ゾアメルグスターの加護を信じるマルチナはこれを拒否、敢然とリナに戦いを挑む……のだが、あえなく必殺の竜破斬(ドラグス・レイブ)によって城もろとも吹っ飛ばされてしまい王国は瓦解、ゾアナの野望もここに潰えるのだった。
ゼルガディスとアメリアのふたりを加え、リナたちは伝説の魔道書・異界黙示録(クレアバイブル)探しの旅に出る。そんな一行の前に、ゼロスと名乗る謎の神官が現れ、盗賊に奪われた異界黙示録の写本を取り返してほしいと依頼してくる。仕事は引き受けたものの、リナはこの依頼の裏になにか釈然としないものを感じていた。ともあれ、ゼロスの案内で盗賊団のアジトへ忍びこむのだが、案の定正体がばれてしまい、いつものように敵味方入り乱れての大乱闘に。騒ぎの最中、ゼルガディスが写本を手に入れるものの、何を思ったのかゼロスは写本を焼却してしまう。いったいなぜ!? ゼロスは謎だけを残し、風のように消え去るのだった。
ささいな事で喧嘩をしたリナたちは、魔道士協会の会長職を争うタリムとデイミアの用心棒として、それぞれ雇われることになった。リナやアメリアたちは、それぞれ果てることのないイヤガラセを始めるのだが、やがて直接の決闘で決着をつけようということに。4人は決闘の場ではじめて相手がリナとガウリイ、アメリアとゼルガディスだと気がつき、どうしたものかと困惑してしまう。そんなとき、どこからともなく現れた魔物が町中を占拠。リナたちはとりあえず力を合わせて魔物退治を開始する。力を合わせたリナたちの前にさしもの魔物も敵ではなく、あっという間に撃退されるのだが、事件の首謀者として、依頼主であるタリムとデイミアが捕らえられてしまうのだった。
タリムとデイミアの疑いを晴らさなくては、未払いの報酬を手に入れることができない。大好きなお金のため、ふたりの疑惑を晴らすため、リナたちは事件の鍵を握っていると思われる前魔道士協会会長の屋敷に乗り込んでいく。そこには不死の研究を続ける前会長のハルシフォムと、魔族セイグラムが待ち受けていた。ハルシフォムの狙いは、かつて自分を追放したタリムたちへの復讐と、不死の研究を成功させるために、リナたちの豊富な生体エネルギーを得ることだった。べては仕組まれた計画だったのだ。リナたちはハルシフォムを撃退しようとするが、セイグラムと結んだ魔族の契約により、彼は不死身の体を得ていた。撃ち破るには、契約に使われた石を破壊するしかない…!
契約の石を探すリナに、セイグラムは魔族の仲間になれば、命を助けてやると取引を持ちかける。だが、そんなことをリナが受けるはずはなかった。 屋敷を逃げ回るうちに、リナたちはハルシフォムの恋人ルビアを納めた棺を見つける。ハルシフォムはルビアを蘇らせるために、不死の研究をしていたのだ。ゼルガディスとアメリアを捕らえたハルシフォムは、ルビア復活の儀式を始めようとする。その儀式を食い止めるべく戦う最中、リナは契約の石がセイグラムの石仮面であることに気付き、全ての企みもろとも撃ち砕くのだった。
アトラス・シティでの一件も片付き、再び旅に出たリナたち一行。だが祖国を壊滅させられたゾアナ王国の王女マルチナが、彼女たちを仇として狙っていた。怪しげな呪いをかけるために、マルチナはリナのトレードマークのバンダナを手に入れる。なにも知らないリナは、いつものように暴れまわるのだが、呪いのせいで他人に与えたダメージが自分にも戻ってきてしまうようになっていた。ところが人を呪わば穴二つ、マルチナは自分にも間違って呪いをかけてしまう。互いに返ってくる痛みをこらえつつ、リナとマルチナは延々と肉弾戦を繰り広げる。しかし当然のことながら、ふたりの苛烈なバトルは壮絶な相討ちで終わりを告げるのだった。
セイルーンをめざして旅を続けるリナたち一行は、ドラゴン料理の看板を見つけ目を輝かせ早速注文。だが、出された料理はとんでもなく、それこそ犯罪的なまでに不味かった。聞けば新鮮な材料が手に入らないので、どうしても料理が不味くなってしまうのだという。リナたちは新鮮なドラゴンを手に入れ美味しいドラゴン料理を食べるため、ドラゴン料理人アシュフォードと共に船をこぎ出す。だが、得意の攻撃呪文を使ってはせっかくの新鮮な材料がダメになってしまう。そこで生き餌にガウリイ、重りにゼルガディスを使うことに決定。紆余曲折の後、なんとかドラゴンを釣り上げることに成功する。しかし喜んだのもつかの間、ドラゴン料理には下ごしらえに数ヶ月もかかると知り、リナはガックリと肩を落とすのだった。
セイルーンにたどり着いたリナたちを待っていたのは、アメリアの父であるセイルーンの第一王位継承者フィルの訃報であった。フィルの死が暗殺によるものだと知ったアメリアは真相究明に乗り出す。だが、フィル暗殺の現場に乗り込んだリナたちは、そこで待ち受けていた魔族の攻撃で、窮地に追い込まれてしまう。その危機を救ったのは、死んだと思われていたフィル本人だった。フィルは謎の怪人に変装して身を隠しながらアメリアを陰から見守り、事件の真相を探っていたのだ。
セイルーンは魔族に狙われていた。しかもこの一件には、フィルの弟であるクリストファが関係しているらしい。身内が陰謀に関わっていることに、正義親子のフィルとアメリアは心を大いに痛める。そんな時、リナたちにクリストファの息子アルフレッドが父が黒幕であると告げ、説得するから時間がほしいと言ってくる。だがアルフレッドの動きを知った魔族はリナたちを急襲する。かつてない強力な魔族の攻撃を、リナたちはセイルーンの聖なる結界を増幅することでなんとか撃退に成功する。だがその代償に、リナは魔力を封じられてしまうのだった。
失った魔力を取り戻すために、リナは山奥に住む魔法医を訪ねることにした。ところがどういうわけか、その道中、ゼロスとマルチナも同行することになってしまう。リナの魔力が失われていることを知ったマルチナは、あの手この手でイヤガラセを仕掛けてくる。なんとか魔法医のもとに辿り着くものの、期待に反して魔力を復活させることは出来なかった。そこへ落胆するリナの命を狙って魔族が出現、危機に陥ってしまう。しかしそこにゼロスが登場、魔力を増幅するタリスマンを使って一撃で撃退してしまう。そのタリスマンに目を付けたリナは、魔力を補うために、半ば無理矢理ゼロスから手に入れるのだった。
リナが魔力を取り戻すことに必死になっているころ、セイルーンの王宮は魔族カンヅェルの襲撃を受けていた。ガウリイたちも必死に抵抗を試みるのだが、カンヅェルの魔力で異空間に引き込まれ、大苦戦を強いられてしまう。魔族を倒しやっとの思いでリナがセイルーンへ帰り着くものの、異空間にいるガウリイいたちには手出しが出来ない。そこでタリスマンで魔力を一瞬だけ増幅し、今まで使えなかった呪文神滅斬(ラグナ・ブレード)で異空間を切り裂いてガウリイたちを救い出すことに成功する。しかし一瞬の隙をつかれ、フィルをカンヅェルの手に奪われてしまう。
リナたちはフィルをさらわれ意気消沈する。そんな時、事件の首謀者だと思われていたクリストファが王位継承権を放棄すると宣言した。では、事件の首謀者は誰なのか? 真相を突き止めるために、リナたちはアルフレッドの屋敷へと向かう。待ちかまえていたアルフレッドは、自分が王位につくために事件を引き起こしたことを告白する。だが、それも所詮は魔族がセイルーンを支配する為の計画の一部に過ぎなかった。裏切られたアルフレッドは魔族に命を奪われ、リナたちは悲しむ暇もなく、最後の戦いに突入していくのだった。
一瞬の機転でマゼンダを倒したリナたちは、最後の敵カンヅェルに挑む。が、魔力を封じられて空中浮遊術(レビテーション)を使えないリナは、空中庭園から放り出されてしまう。だが、マゼンダを倒したことで魔力を復活させていたリナは、不意をついてカンヅェルを討ち倒すのだった。しかし、カンヅェルは最後に罠を仕掛けていた。カンヅェルを倒したことで空中庭園を支えていた魔力がとぎれ、このままではセイルーンの街に落下してしまう。ゼロスのアドバイスを受けたリナは、タリスマンで増幅した竜破斬(ドラグ・スレイブ)で、空中庭園を吹き飛ばし、なんとか危機を回避するのだった。
魔族の動きの裏に魔竜王ガーヴがいることを知ったリナたちは、対抗する手段を求め異界黙示録(クレアバイブル)を探す旅に出る。異界黙示録の在処を示すという地図を手に入れたリナたちは、魔族の守る遺跡へと向かうことに。激闘の末に、呪文書と思わしきモノを手に入れるリナたちだったが、それは踊りと歌、そして衣装までもセットになったモノだった。実は『乙女の祈り』と呼ばれる、神に捧げる踊りの手引書で、呪文のたぐいではなかったのだ。騙されたことを知ったリナは、怒りを魔族へと向け、竜破斬(ドラグ・スレイブ)で辺り一帯もろとも遺跡を吹き飛ばすのだった。
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