あの大破壊から数年後、傷ついた体を癒す為身を隠していた慎一の心に、ひとりの少女の叫びが響く。彼女は一体何者なのか?慎一との運命的な出会い、それが神と魔獣たちの壮絶な戦いの新たな幕開けとなることを誰も知る由もなかった・・・・・・。
慎一と亜矢可の間に何かあると感じた富三郎は、彼女の秘密を暴くためジェームズ博士の病院に乗り込んだ。そこで富三郎は、亜矢可が慎一を誘き寄せるために彼の万能細胞を植え付けられていたことを知る!
恐竜人間たちに囚われてしまった亜矢可。彼女を救うべく、慎一と恐竜人間たちとの壮絶な闘いが始まった!!
亜矢可の安全のため、富三郎の故郷に身を隠す慎一たち。そこでその村に伝わる黄金像を目にする。その黄金像の姿は・・・・・・!!
敵の罠にはまり囚われていた慎一。無数の注射器が慎一から血液を抜き取っていく。ロックウェル博士はそこから真理阿の血を再現し、神を復活させようとしていた・・・・・・。
ロックウェル博士はひとり研究所の爆発から逃れ、ある場所へ向かう。一方、戦いを終え村に戻った慎一たちだが、そこで彼らを待ちうけていたものはなんと国防軍機甲兵士だった・・・・・・。
国防軍に単身乗り込む慎一!! しかし、凄まじい力を持った国防大臣、蝉丸に全く歯が立たなかった!! もう、終わりかと思われたその瞬間、不思議な光をまとった少年が現れる・・・・・・!!
ノアの出現により復讐は終わり、平和が訪れると思っていた慎一たち!! しかし神の本当の復活には、より真理阿の血に近いものが必要だった!!
慎一の前に新たなニューマンが現れそのゆく手を阻む。亜矢可の運命は!?亜矢可はフィッシャーマン博士のもとに連れ去られてしまう。行方がわからず苛立ちを隠せない慎一!!
愛する者を次々と奪われた慎一は、源三への復讐の炎を燃やす!!大破壊の時現れた2つのエネルギーが再び月から地球に近づいていた。それは神の復活を意味し、今まさにそのためのステージが作られようとしていた!!
愛する仲間たちにされるがままの慎一。ノアは慎一を死なせずに苦しみを与え続ける!!ノアの神の力によって、慎一と融合していた動物たちが次々と彼の体から離れ襲いかかる!!
ネオノアの力に屈することなく突っ込んでいく慎一!!亜矢可の形見の真珠に導かれ、慎一の元へ行く富三郎。そこで目にしたものとは・・・・・・!!
破壊の超魔獣へと変貌してしまった慎一!!世界はどうなってしまうのか!?慎一の行動に影響され、今まさに神が目覚めようとしていた。この暴走を止めるため、富三郎は都心に伸びた黒雲に飛び込んでいく・・・・・・!!
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