金田一少年の事件簿Ｒ

美雪似のモデルが行方不明になり、美雪は代わりに香港で行われるファッションイベントに出演する事に。はじめと美雪は香港へ行き、偶然会った後輩の佐木と行動を共にするが、美雪は何者かに誘拐されてしまう。美雪は人違いで誘拐されたのだ。この後、イベント関係者が集まったパーティーで第一の殺人事件が起きてしまう・・・。

毒殺されたチャンに続き、シンが撲殺される事件が起きる。事件関係者たちの意外な素性が次々と明らかになる中、ランが誘拐される新たな事件が発生。そして毒龍が何なのかも判明する。毒龍はワンがドラゴンアイと交換に手に入れたロシアの核爆弾。ランのタトゥーは爆発するかもしれない核爆弾の在処を示すものだった。

爆弾の爆発までは４時間。はじめは壁に書かれた数字2行の暗号を解読して爆弾の在処を特定する。この後、はじめはビデオ映像を見て、犯人がチャンを殺害したトリックを見破る。そしてシンの遺体が発見された部屋やホテルの衣装部屋を調べ、シンの殺害方法に推理を巡らせていたはじめは「謎は全て解けた！」と言い放つ。

九龍皇帝、ワン・ロンが３人の部下の裏切りによって殺害された２０年前の事件に端を発した今回の連続殺人。はじめは犯人がチャンを毒殺したトリック、シンの遺体をホテルから自宅アパートに運んだトリックを解き明かした後、ついに事件の核心へと迫る。はじめは真犯人の毒龍の正体を暴き、事件の全貌を明らかにしていく・・・。

脱獄犯の朽沼は東京湾をクルージングする豪華客船へと逃げ込む。その客船は速水玲香のファンたちが集う貸し切りパーティーの会場だった。運が悪い事にパーティーには、はじめと剣持警部も参加していた。ファンを装いながら逃走のチャンスを窺う朽沼。はじめは朽沼の様子がおかしいと感じ、それとなく探りを入れていく。

はじめは美雪、玲香たちと共に財宝探しの番組ロケで絶海の孤島、恋琴島にやってくる。この島には時価４億円の金塊が眠るという。翌朝、乗ってきたクルーザーが何者かに燃やされ、絶海の孤島に閉じ込められたはじめたち。館に設置した収録用のカメラには大きな剣を持った仮面にマント姿の錬金術師が映っていた。

蛍が自分の部屋（５０号室）で刺殺される第２の事件が起きる。部屋は内側からかんぬきが掛けられた密室状態で、蛍を殺害できたのはこの部屋で眠っていた玲香だけだった。玲香は無実を訴えるが、谷河は玲香が蛍を殺害したと疑う。そして玲香が容疑者と疑われる中、新たな事件が起きて…。

はじめと美雪は玲香にかけられた疑いを晴らすため、皆から話を聞く事に。その中で２年前に自殺したアイドル、夕凪はるかの存在が急浮上する。この後、はじめは錬金術館の秘密に気付き、蛍の部屋の密室殺人、不二森を除く３人を殺害した凶器の消失という２つの謎を解く。そして、はじめは「謎は全て解けた！」と言い放つ。

はじめは皆を大広間に集め、恐るべき連続殺人事件の真相を解き明かしていく。消えた剣と密室のトリックを解いた後、はじめはくじ引きのトリックの種明かしと同時に真犯人の錬金術師の正体を暴く。この後、皆は順番にくじを引き、ついに錬金術師の正体が明らかに。そして錬金術師の犯行の動機、事件の真相が暴かれていく・・・。

留年しそうなはじめは美雪、草太と共に厳しい指導で有名な極問塾を訪れ、相談室で絶命した茂呂井を発見する。犯人はＡクラスの生徒たちと講師２人に絞られる。この後、この事件には地獄の傀儡師、高遠が絡んでいると判明。高遠は極問塾合宿所で何かあるとはじめに予告してきたのだ。はじめはこの挑戦を受けて立つ事に・・・。

極問塾の合宿に参加したはじめと美雪。1日目、はじめは塾生から「この塾はあの人の亡霊に呪われている」と意味深な事を聞き、極問塾で茂呂井が殺害される前に誰かが死んだ事を知る。翌日、月光荘ではチョークを取りに行った近衛、太陽荘ではトイレに行った絵波がいなくなり、はじめは嫌な胸騒ぎがして・・・。

月光荘と太陽荘で次々に塾生たちの遺体が見つかる。犯行現場は授業の内容に見立てられていて、はじめはこれを犯人からの挑戦状と受け止める。授業を受けていた皆にはアリバイがあり、唯一アリバイのない霧沢も月光荘の自習室で絶命していた。皆は霧沢が塾生たちを殺害後に自殺したと考えるが・・・。

月光荘の明智は自分の正体を打ち明け、氏家たちに捜査への協力を求める。そして太陽荘の捜査ははじめに託される。はじめは月光荘のスケジュール表や見取り図と太陽荘のモノを照らし合わせて検証。そして、美雪から送られてきた月光荘の写真から全ての謎が１つに繋がる。はじめは「謎は全て解けた！」と拳を握り締めて・・・。

はじめは皆を太陽荘の食堂に集め、今回の連続殺人事件の真相を解き明かしていく。真犯人スパロウは太陽荘と月光荘に１人ずついた。近衛がロッカーに残したダイイングメッセージは犯人を示すものだった・・・。犯行に及んだ動機、悲しい事件の全貌が明らかに。はじめは犯行を計画した地獄の傀儡師、高遠も追い詰めるが・・・。