10年前、幼い工藤新一はひょんな事から海水浴に来ていた赤井秀一と弟の羽田秀吉、妹の世良真純、母親のメアリーと知り合う。この後、車が崖から海に落ちる事故が発生。秀一は海に沈む車から男を助けようとするが男は即死。秀一はこの車が事件に絡んでいると睨み、新一たちと共に海水浴客に紛れ込んだ同乗者を捜すが…。
10年前、幼い工藤新一が海水浴に来ていた赤井秀一の家族と知り合った直後、車が崖から海に落ちる事故が発生。その車は時計店に強盗に入った2人組のものと判明する。秀一は新一たちに協力してもらい、容疑者を福水繁克、北森靖絵、大網頼哉という3人に絞り込む。秀一は3人の証言から誰が強盗犯の仲間かを見破って…。
毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状になっていた。犯人は病死した絵本の作者の腹違いの兄で、爆弾製造の前科がある蛭川卓司だった。爆弾を仕掛けた場所はなぞなぞになっていて、コナンは小五郎、目暮警部、出版社編集長の朝永博之らと協力して仕掛けられた爆弾を捜索するが…
毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状だった。3つ目の爆弾を仕掛けた場所のなぞなぞは「7のまんなか」。コナンたちは7で表すものとその真ん中とは何かを考える。警察官は総動員で木、緑、ファがつく場所、会社、学校などの捜索に取り掛かるが…。
コナン、蘭は大阪から来た平次、和葉と錦座のイルミネーションを見に行く事に。蘭と和葉が夕飯の仕度をしている間、コナンと平次は喫茶ポアロで時間をつぶす。コナンたちの隣の席にやってきたのは米花大学の大積、唯、安斉、永塚。4人は唯の誕生日会をやるという。この後、ブレーカーが落ちて店内が暗くなる。
喫茶ポアロでブレーカーが落ちて店内が暗くなった間に安斉が包丁で背中を刺される事件が発生。目暮は唯、大積、永塚、和田の中に犯人がいると睨む。コナンと平次は犯人が返り血を浴びないトリックを見破るが、そのトリックを使える人物に犯行は不可能だった。この後、和田は唐突に百人一首の歌を詠みあげて…。
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