米花町の古民家に波賀昭人、波賀あかり夫婦が引っ越してくる。夫婦と意気投合したコナンたち少年探偵団は、家のDIYを手伝うことに。しかし、夫婦は脆くなっていた壁に穴を空けてしまい、そこから白骨遺体が出てきて……!? 昭人が勝手に購入した家が事故物件だったことで、夫婦は険悪なムードになってしまう。コナンたちは二人のため、事件の捜査を始めるが……。夫婦が購入した憧れの古民家には、どんな曰くがあるのか?
毛利探偵事務所に、目暮警部たちがやって来る。あるマンションで、服毒死した女性・加納亜希の遺体が発見された。第一発見者は、その日に会う約束をしていた恋人の左近夕介で、異変を感じマンションの管理人と共に部屋へ入ったところで遺体を発見。現場には、毛利探偵事務所の探偵調査結果報告書があった。直前の亜希は、自ら命を絶つと覚悟したような行動をしており……。今回の事件は、小五郎の報告書が原因なのか?
コナンと小五郎は、高木刑事と千葉刑事に依頼されて捜査に協力することになる。被害者は茶道の流派である浦沢田家の師範・駒田潤。茶室に向かう途中で襲われ、近くの森にいたカメラマンの本宮健が犯行の瞬間をカメラに収めていた。写真には、犯人が凶器を駒田の頭に振り下ろす瞬間が写っていたが、顔は見えず服装も暗くてわからない。事件当時、現場の近くにいた三人を容疑者として捜査は進むが……。写真に写った犯人の正体は?
毛利探偵事務所に、目暮警部が依頼にやってくる。内容は、不倫している部下・沢渡刑事について調べてほしいというものだった。妻が実家に帰っている中、カップルが多く訪れるカフェで別の女性と食事したり、高級ジュエリーショップに行ったり、花束を買っていたり――状況証拠は不倫が確定しているかのようだ。「動かぬ証拠を突きつけて沢渡刑事を止めたい」と頭を下げる目暮警部に、コナンたちは協力することになるが……。
歩美は夏休みの自由研究として、毛利探偵事務所のドキュメンタリー映画を撮影することにする。撮影メンバーは監督の歩美、助監督の光彦、カメラマンの元太、スクリプター兼編集兼メイクの灰原、そして製作総指揮兼照明のコナンだ。題材は、米花町商店街で発生した連続器物損壊事件。小五郎が解決済みということで危険もない。しかし事件について振り返っていく中で、コナンは違和感に気が付く。今回、歩美の絵日記が示すヒントは?
古民家宿の女将・富永京子から依頼を受けたコナン、蘭、小五郎。「お宝が狙われる」と警告メールが送られてきたため、警護を頼まれたのだ。古民家宿では改築の際に見つかった古い金庫を開けることになっており、専門家たちが集まっていた。実業家・財前一平が金庫を開けると、貴重な金貨が出てくる。興奮した様子の骨董鑑定士・川端誠司や古物商・門倉伸弥の一方、京子は不満げで……。金貨を巡る殺害事件。消えた金貨の行方は?
コナンたち少年探偵団は、小林先生、若狭先生と共に、チェスの大会に参加する白鳥警部を応援しに会場へやってくる。小林先生は、お守りとしてナイトの駒のキーホルダーを白鳥警部に渡す。その様子を見かけた大会の参加者たちは、それぞれジンクスがあると盛り上がるが……。ボウガンで狙われる大会参加者たちと、トイレから発見された遺体。現場に落ちたナイトの駒のキーホルダー。再び出会った、若狭先生と黒田管理官の因縁は?
白鳥警部と黒田管理官が参加していたチェス大会の会場で、参加者が次々とボウガンで襲われる事件が発生。その一人がトイレで遺体となって発見された。事件発生前、会場で被害者と容疑者たちの会話を聞いていたコナンは、ダイイング・メッセージの意味と、犯人が使ったトリックに気が付く。一方、コナンの推理を聞いていた黒田管理官は、17年前の未解決事件を思い出していた。それは、会場に来ていた“ある人物”も同じで……。
白鳥警部と黒田管理官が参加するチェス大会の会場で発生した事件が解決した。推理を聞いていた黒田管理官は、今回の事件と同様にチェスの駒が現場にあった事件について、コナンに助言を求めようと声をかけてくる。17年前、ホテルで棋士の羽田浩司と資産家のアマンダ・ヒューズが殺害された。当時、チェス大会を見に来ていた黒田はホテル内の異変を察知。そんな黒田にも、ある目的があり……。被害者二人に忍び寄る影の正体とは?
17年前、棋士の羽田浩司と資産家のアマンダ・ヒューズが殺害されたホテルにいた黒田管理官。事件現場にたどり着いた黒田は、羽田に匿われていた浅香を無事にホテルから出すため策を講じる。一方、ラムは居なくなった浅香を探していた。警察が羽田の遺体を発見していないと知ったラムは、再び部屋に戻ろうとする。黒田と浅香は、どのようにして黒ずくめの組織の手から逃れたのか? そして現在、ラムが狙いを定める人物はーー。
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