ある夜、ロビンとリリは謎の飛行物体を発見した。その墜落現場でロビンたちはステラという少女を保護する。彼女はトラブルを抱えているようなのだが、記憶を失っていて何ひとつ状況がつかめない。どうやらおかしな二人組に追われている様子だが…。
ロビンの父・ポルト博士が作った暗殺ロボットX、Y、Z。Xの強力スパーク光線は知覚を破壊し、Yは電磁気マシーンを搭載、Zも強力乱気流発生マシーンで武装しており、対レインボー戦隊にはこれ以上ない刺客だ。だが地球侵略に手を貸すような行為に博士は苦悩。「ロビンは殺さない」という約束を心の支えにするものの、デビル23号にその約束を守るつもりなかった。
パルタいちの生物学者ペソ。彼はクジラを操って艦隊を形成し、地球の港という港を破壊させ世界を混乱させようとする「くじら艦隊作戦」を立案する。そしてパルタ皇帝の了解を得ると、さっそくマイアミビーチに数千匹のクジラを差し向けた。
世界連邦が誇る秘密研究所では日夜、対パルタ軍兵器の開発が行われていた。その情報が研究員のひとりによって漏洩、研究所への誘導が行われ攻撃を受けてしまう。レインボー戦隊はただちに出撃し、寿命が縮むとされる緊急用の燃料「ウルトラウラン」で交戦中の秘密研究所へと急いだ。
パルタ軍のエースパイロット・ベラは、女性で唯一、攻撃隊長に任命された栄誉ある軍人。そのベラ率いる円盤部隊が、マリー珊瑚礁の連邦軍基地を襲撃した。しかしその行動にいち早く気付いたロビンたちの報告で、ベルの部隊は基地の戦闘機隊とレインボー戦隊の挟み撃ちに遭ってしまう。
惑星爆発のタイムリミットもあと3ケ月となり、パルタ軍はついに総攻撃を仕掛けてきた! 何と宇宙ロケットを使って本星から直接攻撃を展開してきたのだ! そこでレインボー戦隊はパルタ星に潜入して、惑星間ロケットミサイルの破壊作戦を開始する。だが到着したのもつかの間、レインボー戦隊は将軍に囚われてしまう。
ミッチェル博士に新発明品の視察を依頼されたロビンと教授は、彼の邸宅で何の説明も受けず謎の機械に座らされた。しかしその機械を「神が乗り移って作らせたもの」と表現し、自分を神の子だと語る偏屈な博士は、ロビンたちを騙して実験のモルモットにしようと考えていたのだった。
休暇を楽しむレインボー戦隊の目の前で突然爆発した豪華ヨット。それは3日後に戴冠式を控えたキレイネ王女の乗るヨットだった。王女が敵対国からの殺し屋に狙われていることを聞いたリリは、男子禁制の王宮に護衛役として乗り込むことを思いつく。
リリが豪華客船ミューズ号の「ミス・ミューズ」に選ばれた。しかも世界的な富豪が乗り込む世界一周のデラックス航海に出かけることになって大喜び。ロビンたちに見送られ、さっそく航海を楽しむ。そんな彼女に、鷹をデザインしたライターを持つ宝石商のサン・ゴールが接触した。
ロンドンの公園で発見された変死体。それは女優ベティ・クロフォードのものだった。スコットランド・ヤードのパーク警部は、その血液が抜き取られた変死事件の重要参考人として、行方をくらましてるクロフォードの運転手、ルゴシを手配。だが捜査を開始したロビンたちは、そのルゴシの死体を発見してしまう。
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