鉄郎の旅の理由を聞いたことで、ヤーヤボールは改めて自分にはない鉄郎の「強さ」を実感した。そして自分より優れていることを理由に殺そうと企む。一方、かつて事故で死んだはずのヤーヤボールの母が生きていることに納得いかないメーテルは、鉄郎に屋敷の中を探るよう頼んだ。陰からヤーヤボールに命令をする彼女には、どうやら秘密がありそうなのだ。
「クイマ」は、強制的な機械化を推し進めるところ「食事なら銀河鉄道指定のところに」という車掌の忠告を受けてホテルにチェックインする。この惑星には、「キャッツロイド」と呼ばれる機械化された猫と、「フライング・クロ」と呼ばれる空飛ぶ生身の猫一家がポリスを騒がせていた。そして、その両方の訪問を受けた鉄郎とメーテルは、猫たちの動きを追っていたポリスにより「反逆者」として逮捕されてしまう。
鉄郎とメーテルは、キャッツロイドを追った先でネコアという女性と出逢った。彼女は『ミャオ』というキャッツロイドの主人で、ポリスから身を隠しているという。そして鉄郎に、ポリスがこの惑星の人々にした非道を涙ながらに訴えた。強引な機械化を推し進めるポリスは、かつて寿司屋やレストランを利用して住民たちを逮捕し、次々と機械化させた。ネコアもミャオもその犠牲者で、生身の人間を救うために、生身を嗅ぎ分けるフライング・クロから人間を遠ざけていたのである。ネコアは、ミャオたちキャッツロイドに反乱を起こさせるのだが…。
停車駅「忘れられた者の星」その星は、何とこれから消滅する惑星だった。容赦なく照りつける太陽に荒廃した都市。人々は惑星から脱出するための準備に追われ、脱出資格を得るための申請書を持って役人へと押し寄せている。しかし作家のモリだけは「惑星の歴史を書きとめるんだ」と、脱出を二の次にして執筆を続けていた。鉄郎はモリと会って脱出を強く勧めるのだが…。
「底なし都市」は、ビルが地上と地下に極限まで伸びたところ。そこでホテルにチェックインした鉄郎とメーテル。だが、ホテルのエレベーターは何故か「使わない方がいい」らしい。それでもキザルーナに呼び出されたメーテルを心配した鉄郎は、彼女を探してエレベーターに乗ってしまう。だが、それは異空間に行き来するための「四次元エレベーター」だった。鉄郎がそこで見た光景…それは何とメーテルとキザルーナの結婚式だった!
「次の停車駅はルーズゾーン〜、停車時間はおおむね12時間〜」…999は車掌すら怠惰な気分にさせるルーズゾーンへと突入した。同様にルーズな気分に蝕まれた鉄郎は、999の車外へと投げ出されてしまう。車両の外で必死にしがみしていた鉄郎は、メーテルや車掌の捜索の甲斐もなく、ついに振り落とされてしまった。そして落下したのは、ゴミだらけの異空間トンネル。そこで巨大なゴミ怪物に追いかけられた鉄郎は、そのまま惑星「ルーズゾーン」に通じる異空間を転がり落ちていく。
999は「夢追い星」に到着した。そこは徹底した合理主義がなされている惑星で、職務に忠実ではない者は即刻処刑されるという・・・。そのため政府に職務を任命されると、就きたい職業に就けない。管制官の青年アロンは、職務中も書類に落書きをしてしまうほどのマンガ好き。もともとマンガ家志望だったのだが、政府に任命されて夢を諦めたはずだった。しかし未だにその夢を捨てきれず…。
停車駅「聖女王の反乱星」は「ミツバチ族」「スズメバチ族」「ジガバチ族」が共存しているのだが、複数の女王を許さない習性のせいでミツバチ族とスズメバチ族が常に対立関係にあった。市街地でも突然始まるいさかいに、ジガバチ族の青年・ダムは辟易していた。手作りカメラでその愚かな行為を記録していた彼は、出逢った鉄郎とメーテルに、内乱の歴史と、近づく戦争のことを吐き捨てるように語る。
999は「アリババ」で突然の攻撃を受け、停車駅から遠く離れた砂漠の中心に不時着。鉄郎とメーテルは街に向かうため、車掌は駅で管理局に連絡するために、砂漠越えを余儀なくされる。このアリババという星は、盗賊が多くて有名な場所だった。そのため、鉄郎たちは街に到着する前に盗賊たちの捕虜にされてしまう。服を脱ぐよう指示された一同は、姿を消してしまった車掌を除き、鉄郎とメーテルが盗賊の首領・アリババの根城に連行されてしまう…。
アリババが差し向けた刺客により、鉄郎は怪鳥ロックに襲われ、999に戻ったメーテルは謎の女性に襲撃されてしまった。しかもメーテルを追ってきた盗賊たちと謎の女性の間で争奪戦が始まってしまう。盗賊たちとの争奪戦に敗れ、メーテルを奪われたのは「本家アリババ」だった。彼女こそ鉄郎たちが会った「偽アリババ」にその地位を追われた、この星の最強の盗賊頭だったのである。自分を助けてくれた鉄郎と車掌にそのことを語った本家アリババは、偽アリババを倒そうと鉄郎と手を組むが…。
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