次のパイロットとなったモジは、戦闘が終わったら自分の心臓をある友人に移植したいとコエムシと田中に願い出る。モジは施設で育っており、ナギという男の子、ツバサという女の子の3人でよく一緒に遊んでいたという。そのナギが、中学1年の春に突発性心筋症という難病を発症していたのだ。余命1年と宣告されたナギは「ずっと3人でいたいんだ」と涙ながらに訴える。それに心打たれたモジは、自分とナギとのドナーとしての相性を診断してもらう。結果、2人は数万分の一の確率といわれるフルマッチの状態だった。モジの心臓なら、ナギに移植しても拒絶反応は起こらない。既にジアースと契約していたモジは、この時に決意を固めていたのだった。
マキは、弟がもうすぐ生まれることを心待ちにしていた。マキ自身は両親の実の子ではないのだが、それでも何ら変わることなく大切に育ててくれていた。実の子である弟が生まれることで、両親の愛情が失われるのではないかと心配していたマキ。そんな時にジアースと契約したことで、彼女の中で決意が固まる。自分がいなくなっても、弟が両親を幸せにしてくれる。だから、新しい家族を守るために自分は戦うと。しかし、幼い頃に父が自分を本気で叱ってくれたこと、その後に優しく接してくれたことなどを思い返しているうちに、マキの心境が変わっていく。「少しでもいい。お父さんとお母さんと弟と、4人で暮らしたい」――マキの願いは叶うのか?
見知らぬ戦闘機に攻撃されるジアース。違和感を覚えたマキは、コエムシに今いる場所について問いただす。コエムシによると、ここは「自分たちの地球」ではないという。この世界には無数の地球と宇宙があり、その地球同士が互いの生き残りをかけて戦っているのだ。今回は、ジアースが相手側の地球に来ているのである。ジアースが負ければ子供たちの住む地球が、勝てば相手側の地球が宇宙もろとも消滅する。信じられない事実に動揺する子供たち。マキも思うように戦えなかったが、なんとか勝利を収めることが出来た。ジアースで敵の急所を引っ張り出すも、マキはすぐに止めを刺さない。そして子供たちが止めるのも聞かず、中を見ようとする――。
子供たちが気づかないうちに、ジアースを巡る事態はさまざまな動きを見せ始めた。田中美純のもとを訪れた国防軍の佐々見と政府の桂木は、更なるデータ収集のために子供たちにハッキングチップを埋め込みたいと、田中から子供たちに伝えるよう要請する。子供たちを救うという名目を掲げつつ、彼らを実験台のごとく扱おうとする軍のやり方に田中は苛立ちを覚えるのだった。そんな中、子供たちの間でも不安は募るばかり。契約していなのは誰か?と揉めるのを見かねて、カンジは自分の母親が認知研の教授であることを明かす。それを聞いた田中は、契約を解く鍵を見つけるため、子供たちを連れて認知研を訪れることに。しかし、カンジの表情は重く……。
田中美純はコモの父・古茂田議員に、政府の作成した「ジアースリポートII」を手渡した。そこには、ジアースの技術を用いて新たな産業を興そうという、驚くべき内容が書かれていた。古茂田は事実を公表できない政府の立場を理解しつつも、国会にて政府のジアースへの対応について追求することを決意する。一方、田中にそのリポートを提供した稲穂会の佐久間会長のもとには、服役を終えたばかりの榊原保という男が舞い戻っていた。再会も束の間、保はある目的のためにウシロとカナの住むマンションを訪ねるが、部屋にはカナしかいない。その頃ウシロはキリエの家に向かっていたのだった。関の話によると、キリエは最近家から出てこなくなったらしい。
前回の戦いは敵の自滅という形であっけなく幕を閉じた。すなわち、キリエも生命力を使っておらず、とりあえずの死は免れた。しかし、ジアースはまだキリエをパイロットとして認識しており、次の戦いにも赴かなければならない。子供たちの苦闘が続く中、国会では古茂田議員がジアースリポートをもとに首相に詰め寄っていく。首相の動揺もさることながら、何より国民に衝撃を与えたのは「ジアースに子供たちが乗っている」という記述だった。アンコの父・往住キャスターの番組でもニュースとして取り上げられ、テレビに映る父を見つめるアンコの顔には不安そうな表情が浮かんでいた。はたして世論はどのように動くのか?そして、子供たちの運命は!?
アンコはニュースキャスターである父のことをとても尊敬していた。だから、父の特番が放送されればジアースの問題が解決される糸口になると信じていた。そんな矢先に、女性関係のスキャンダルが発覚したため、往住キャスターはレギュラー番組を降板することとなり、特番も中止となってしまう。アンコの家はマスコミに囲まれ、父は戻らず、母親は現実から逃げるように酒に溺れていた。どうして自分がこんな目に遭うのか?悩むアンコに保は人の上に立つ者には責任があり、往住はそれを守った上で家族も守ってきたのではないかと話す。そして、アンコは父に母を守るように伝え、自分は地球を守るために、ジアースに乗って戦う覚悟を決めるのだった。
アンコの戦いが終わり、次のパイロットにはコモが選ばれた。死を目の前にした彼女だが、その日が来るまでは家族のためにも気丈に振る舞っていた。ある朝、父である古茂田議員は、今日で辞職することをコモに話す。古茂田は辞職会見の場で国民に真実を話し、地球に迫る危機を伝えようと考えていたのだ。決意を固める古茂田は、おそらく最後になるであろう、娘のピアノ演奏をしばし楽しむのだった。そんな古茂田に、認知研の吉川教授は危険だと忠告し、桂木もまた「取り返しのつかないことになる」と美純に告げる……。やがて会見が終わり、古茂田はジアースについて知るすべてを公表した。覚悟を決めた彼と、同じく戦う決意をした娘に、今生の別れが訪れる。
古茂田議員は暗殺され、彼を護衛していた美純もまた命を落としてしまった。形見となったマフラーとワンピースを、保は打ちひしがれた気持ちのまま、ウシロとカナに届けるのだった。明くる朝、保はウシロを外に遊びに連れ出し、昔話を語って聞かせる。自分が昔世話になった親分である蓮木一郎と、彼が一目惚れをしたある少女のことを――。その少女とは、当時16歳だった田中美純その人である。京都から修学旅行で東京に来ていた美純は、ひょんなことから一郎と知り合い、結婚するまでにそう時間はかからなかった。すぐに学校を辞めて、極道の世界に身を置くことになった美純。やがて2人の間には男の子が誕生するが、その幸せも長くは続かなかった。
アンコの死ぬ瞬間に、カンジは宇宙の支配者のようなイメージを垣間見ていた。しかし、ハッキングチップにはその姿が記録されておらず、強力な干渉により削除されたのではないかと、母である吉川教授は言う。“敵”の強大さに絶望するカンジだったが、そこに、これまで沈黙を貫いていたマチが現れ、知り得るすべてを話し出す――。マチは語るのは、後にコエムシとなる兄・史郎と自分がこの星に来た経緯。史郎自身も彼らの地球で選ばれた子供であり、幼かったマチは契約をしないまま史郎に付き従っていた。戦いが進む中、自分が生き残るために史郎はその地球のコエムシになりふりかまわず媚びへつらう。そして最後の戦いを前に“新しいルール”が発表された。
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