“星の使徒”の力を知ったジェノスは手を引くようにとリンスに告げるが、彼女は一人でも“神氣湯”を探すと宣言。スヴェンたちは横領逃亡犯を確保しようとフェクタータウンへ。だが、賞金首はブラックキャットを名乗る掃除屋に確保されていた。一人、街へ出たイヴはブラックキャットだと言う男・ウドニーと遭遇。名乗るだけで賞金首を確保してきたウドニーにあきれながらも、彼のピンチを救うイヴ。だが、そこへブラックキャットを探す、星の使徒のデュラムが現れた。決死の思いでイヴを救おうとするウドニー。間一髪、そこへトレインが現れてデュラムを圧倒。“神氣湯”を探すリンスの提案で、デュラムを使って星の使徒のアジトへ案内させる事に。
星の使徒のアジトへ向かう途中、トレインが姿を消し、スヴェンはアジトである古城へ急ぐ。スヴェンたちが着いた頃、先回りしていた時の番人のジェノス、ナイザー、No.XI・ベルーガら“地獄の番犬”が、星の使徒のメンバーらと激突していた。途中、瓦礫に埋もれた星の使徒のリオンを救うイヴ。その間にスヴェンとリンスが星の使徒のドクターに捕らわれてしまった。ついにトレインとクリードが対峙!クリードは、スヴェンたちを人質に迫るが、トレインは撃たない。その時、“地獄の番犬”が捨て身でクリードを狙い、ベルーガの大砲で城が崩壊し始める。トレインに救われたスヴェンは、彼がもうクロノスの抹殺者ではないと確信する。
独断でトレインに接触したデュラムを抹殺するクリード。そのやり方に疑問を感じたシャルデンとキョウコが脱走。ドクターはナノマシンを仕込んだ特殊弾“ルシフェル”を手に、キョウコを追う。キョウコは危機も知らず、一目ボレしたトレインに想いを伝えようと特製チョコを作って彼のもとへ。チョコを渡そうとした時、他の掃除屋とトラブったキョウコは能力を使うが、「ヤツらの仲間じゃないなら、もうその力を使うんじゃねぇ」とトレインに止められる。彼女を諭し、トレインはチョコを食べるが、なんとハバネロ入りだった。その時ドクターが現れ、“ルシフェル”を発射、キョウコをかばったトレインが撃たれる。そして翌日、トレインが子供の姿に・・・!?
トレインが子供になったのはナノテクの作用と考えたスヴェン。イヴに見張りを頼み、リンスと調査開始。トレインは街で、ギャングから少年・ティムを救う。身寄りのない子供と廃工場で暮らすティムは、ギャングに立ち退きを迫られていた。トレインの銃を見て、力を貸してくれと言うティムだがトレインはそれを断る。少女・レイラから、ティムが親の仇を取ろうとしている事、姿を消した元リーダーの少年の話を聞いたイヴ。子供たちを守る決心をし、コゲコゲの玉子焼きをふるまう。その夜、ギャングが廃工場に現れるが、トレインはイヴとギャングを圧倒。銃をティムに渡す。仇を取ろうとしていたティムだが、銃の重さで我に返り、仲間を守りたい思いが力だと気づく。
クリードは世界中にクロノスの存在と暗躍をさらす。長老会は、「全ての始まりは、クリードとNo.XIIIの離脱から」と考える。星の使徒との闘いで、アッシュ、ナイザー、ベルーガを失ったセフィリアはトレインを訪ね、クロノスを離れた代償としてハーディスの返還を求める。だがトレインは、奪った命の分だけ、殺しの道具としてではなくハーディスを使いたいと考えていた。そんな二人の前にシャルデンが現れ、セフィリアを狙う。間一髪の所で、ハーディスを使い二人を止めたのはトレインだった。“誰も殺さない”彼の闘い方を知ったセフィリアは、オリハルコンの銃弾を託す。その後、時の番人に新たなNo.X・リン=シャオリーが入隊。彼はセフィリアへある提案をする・・・。
ウドニーに仕事情報を聞き、フレシアタウンに来たトレインたち。仕事はマダム・フレシアのペットのトカゲ・フローラ探しで、トレインは軽く引き受けた。スヴェンはクリードを狙う“掃除屋同盟”結成を聞き、単独で乗り込む。同盟の首謀者である情報屋・グリンがクリードの居場所を知る事を聞いたスヴェンは、情報を得るため同盟に参加。一方トレインたちは、フローラ探索で下水道へ。迷い込んだ掃除屋・リバーも加わって捜索は続くが、そこへ恐竜が”?それは巨大化したフローラだった。トレインたちが脱出した先は、掃除屋同盟の集合場所。掃除屋たちの連携で、フローラは捕獲。だが、グリンからクリードの居場所を聞いたトレインが、その夜、姿を消す。
クリードのいるクラーケン島をめざすトレインは、山へ入り霧に包まれる。翌日、目覚めたトレインの前にサヤそっくりの女・サキが。彼女が霧で迷ったトレインを救ったのだ。トレインは仲間や、家に仕掛けられた罠について聞くが、サキは大切なものを守ってきたとしか答えない。その夜、謎の木人の大群が現れ、聖域の赤ん坊を狙う。木人から姿を現した老人は、赤ん坊を“悪魔の種子”だと言い、撃てと命じる。断るトレインに「後悔するぞ」と言い、立ち去る老人。サキは自分は遠い国から来た事、赤ん坊は王の子だが“厄災をもたらす”との神託で葬られる所を救い逃げ続けていると語る。その時霧がサキを包む。気がつくとトレインは一人山道に立っていた・・・。
クラーケン島潜入前夜、トレインにより、グリンの正体が暴かれる。彼は時の番人の新たなNo.X・シャオリーだった。クロノスに利用される事が納得いかない掃除屋たちは分散。残ったスヴェンとリバーは船を借りようとするが、漁師は恐れて船を出してくれない。一方、トレインに接触したシャオリーは「掃除屋はクロノスに勝てない」と告げ、二人は一触即発。その時、怪物が現れた。掃除屋も集まり、街の人々を救うために闘う。島から来た少女・エリィの話によると、島にも怪物がいたという。ナノテクと道を融合させた技術による、星の使徒の刺客だ。掃除屋たちとシャオリーはクラーケン島へ。その時、現れた星の使徒のエキドナが一行の船を爆破する!!
クラーケン島には、時の番人たちが奇襲をかけ、セフィリア、ベルゼーらと共にクリードの根城をめざす。散り散りに上陸した掃除屋たちは、星の使徒のドクターと彼が開発した怪物達と激突。イヴの前には風使いのリオンが現れた。旅の途中で出会ったレイラの仲間であるリオンを、彼女の元へ帰そうと闘うイヴ。一方、星の使徒には、時の番人も苦戦。マロと闘ったNo.IX・デイビッドは相討ちとなる。リオンを倒し、レイラの元へ帰るように伝えたイヴはスヴェンやトレインと再会するが、そこへ現れたのは、あのプレタ=グール。スヴェンとイヴはプレタと対峙し、トレインをクリードの元へ向かわせる。その頃、クリードの元にはすでにセフィリアが・・・。
セフィリアの剣がクリードを貫くが、傷はふさがっていく。彼はナノマシンにより、超再生能力を手にしていた。彼のような者をクロノスから生み出した事に責任を感じるセフィリア。彼女に振り下ろされるクリードの剣を弾いたのは、トレインの弾丸だった。「掃除屋として確保しに来た」と言うトレインの笑みにサヤと同じものを見たクリードは逆上。幻想虎徹のレベルを上げ、トレインに迫る。撃った弾を全て粉砕され、弾切れのトレイン。打ちのめされて動けない彼の意識に、サヤの声が語りかける。トレインは、セフィリアに託されたオリハルコン弾を銃に込め、幻想虎徹を砕く。イヴの力でクリードの体内ナノマシンは破壊され、彼は人に戻るが・・・。
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