二の酉にやってきたコナン、小五郎、蘭、園子。この時、園子はバックを奪われてしまう。このひったくり犯はトリ男と呼ばれ、一の酉でも犯行に及んだという。そして三の酉に行くと、再びトリ男が現れる。トリ男は浪人生の益子を刺した後、公園のトイレに逃げ込んだところで包囲される。だが、出てきた容疑者は3人もいた・・・。
益子がトリ男に刺される事件が発生。容疑者の火野、猿川、水江にはアリバイがあり、一の酉、二の酉、三の酉とも犯行が可能な人物はいないと判明。3件とも同一犯と考えられるため、目暮は3人が帰る事を許可する。この後、コナンは他にもトリ男がいると推理する。そしてコナンは蘭、小五郎との会話から事件の謎を解くが・・・。
広島にやってきた小五郎、コナン、蘭。撮影の合間、スタッフの八川、浜田、三宅が立て続けに何者かにイタズラをされる騒動が起きる。コナンは一連のイタズラがこの地に残る弥山七不思議という伝説になぞらえている事に気付く。そして撮影終了直後、スタッフの越路の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが現場に駆け付けると・・・。
小五郎らは紳六が越路を襲い、弥山屋に放火したと疑う。コナンは越路が言い残した「かじ…」が火事の事ではないと気付く。この後、小五郎は犯人が弥山七不思議の最後の1つ、龍燈の杉に見立てて事件を起こすと推理。そんな中、上諏訪が何者かにナイフで背中を刺される事件が発生。コナンは上諏訪の携帯を見て・・・。
小五郎はコナンと蘭を連れオリオン企画を訪ねる。東山と通話中、小五郎は窓の外を落下する人影を目撃。落下した高幡は絶命していた。高幡の背広には涙滴型のゴム板が引っ掛かっていた。これは怪人の着ぐるみのウロコで、赤外線が当たると空気が抜ける仕掛けに。小五郎はこれを利用し、何者かが高幡を転落させたと推理する。
湯本温泉にやってきたコナンと少年探偵団。コナンらが宿泊する旅館には深汐、純作、厳治、雲平が宿泊していた。翌日の午前4時50分、コナンたちは湖上露天風呂へ向かう。そして女湯の浴場に入った直後に大きな悲鳴を上げる哀と歩美。女湯では絶命した厳治が倒れていた。これは事故死に見せかけた密室殺人だった・・・。
脚本家の鉄山厳治が殺害される密室殺人事件が発生。容疑者は女優の名取深汐、そのマネージャーの丹沢純作、俳優の寺堂雲平の3人。深汐は厳治と電話で話し、朝一番で女湯に来たら一緒に入ってあげるとウソをついた事を告白。3人には厳治を殺害する動機があった。コナンはある言葉をヒントに事件の真相に辿り着いて・・・。
コナンと蘭が乗車した電車の中でスリが発生。逮捕に協力した徳馬は去ってしまう。事情聴取後、巣亀駅で別の事件が起きていた。詐欺グループの1人、兼村が高架下で殺害されたのだ。徳馬が事件を目撃、警察に通報したという。この後、詐欺グループの主犯格、桐谷が発見されて容疑者に。だがコナンは徳馬を犯人と疑って・・・。
小五郎は11年前にかけられた殺人の罪の無実を証明して欲しいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に群馬県朽橋村の光羅旅館へ。11年前に殺人事件はなかったが、沼山辰彦という子供が川で溺死した事故があった事が判明。河童が犯人という話もあるらしい。翌朝、辰彦の父、伴蔵の遺体が旅館の屋根裏部屋で発見され・・・。
犯人が沼山を溺死させた水は溜め池の水と一致。蘭は昨晩、河童を見た事を山村警部に報告し、目撃談をもとに河童の絵を描く事に。コナンは犯人が溜め池の水を運んだ容器が見つからない事に頭を悩ませる。この後、河童の絵が完成。コナンはひょんな事から誰が犯人なのかに気付き、麻酔銃を発射。山村として解決劇を始める・・・。
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