地球はナノハザードにより廃墟と化した。その後の西暦２４００年、大半の人類は知能だけの電脳世界に生きていた。電脳世界に住む捜査官アンジェラは、戦闘力を誇るスーツ・アーハンを身につけ地上に初めて降り立った。そして地上調査員ディンゴと共に地上のサバイバルな世界に旅立った。
みなさんの回りで不思議で奇妙なことが起きたら、それは妖怪の仕業に違いありません。たいていの場合妖怪がやるのは人を脅かしたり、人にいたずらしたりする程度です。でも気をつけてください。妖怪は僕たちのように人間に理解がある奴らとは限りませんから。人を狙い、襲う妖怪たちも多いんです。そんなやつらにあったら大変。人間の力なんかではとてもたちうちできるものじゃありません。妖怪って凄いんです。実をいうと、人間の味方をして妖怪が絡む事件を解決できたり、悪い妖怪をやっつけることができるのは僕、ゲゲゲの鬼太郎とその仲間たちだけなんです。だから怖いことがおきてしまったら、僕の名前をよんでください！僕の父さん、ネコ娘、砂かけばばあに子泣きじじいたちとともにみんなを怖い妖怪たちから守りつづけます。今度はあなたのところに、僕、ゲゲゲの鬼太郎たちが現れます！
ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。「俺には、放っとけない！」タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた！ 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。
荒廃した世界に、ひたすら西に向かって旅を続ける少女がいた。彼女の名前はヤクモ、この地上でただ一人生き残った人間である。３００年前、隕石の衝突で都市は廃墟と化し、多くの人々が命を落とした。さらに科学によって作られた新生命体・マトリクサーが反乱を起こし、人類はついに滅亡したのである。そして３００年後、コールドスリープの深い眠りから覚めたヤクモが見たのは、マトリクサーの支配する世界だった。だが、西の地にあるという“センター”には、同じ人間の生き残りがいるかもしれない。人類はまだ滅んでいない…ヤクモはそう信じて旅に出る。お供を務めるのは、彼女の優しさに打たれて仲間になった三人のマトリクサーたち。暴れん坊のマシュラ、冷静で知的なサーゴ、大食いで力持ちのクータルだ。旅を妨害しようとするマトリクサーの将軍たちと戦いながら、ヤクモたちは遥かなる約束の場所を目指す！
阿笠博士の家のお風呂が壊れてしまったので、毛利蘭と灰原哀と一緒に銭湯へやって来た江戸川コナン。ところが、足を滑らし派手に転倒。そのまま気絶してしまう。そんなコナンを病院に連れて行くと言って車に乗せる怪しい２人の男がいた。ひとりは、人相の悪い入れ墨の男・タツ。裏の世界では『アドリブのタツ』として有名だ。もうひとりは名乗りこそしなかったものの、伝説の殺し屋・コンドウだった！ 実は、２人は極秘裏に銭湯で任務を遂行していたが、怪しむコナンに感付かれたと思って連れ去ったのだ。と、コナンが目を覚ますも、なんと頭を打ったショックで記憶喪失になっているようだ。一方、毛利探偵事務所には浮気調査の依頼人が来ていた。名前は香苗。美人に弱い毛利小五郎は香苗と共に元便利屋だったという夫の仕事場へと向かった。そこで夫の写真を見せてもらうが、その写真に写っているのはコンドウの姿だった……。記憶を無くしたコナン、世間を騒がす爆弾テロ騒ぎ、そして売れない貧乏役者桜井が再び巻き込まれる！ 最後まで油断できない事件の結末は、一体どこへ着地するのか！？
高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか？！黒ずくめの男達の正体は!!数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか?!黒ずくめの男達の正体は!!数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
真実はいつもひとつ！――高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか？！黒ずくめの男達の正体は！！数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
真実はいつもひとつ！ 高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか？！黒ずくめの男達の正体は！！数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
真実はいつもひとつ！ 高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか？！黒ずくめの男達の正体は!!数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか？！黒ずくめの男達の正体は！！数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
