「幻の汽車は、時間を過去に戻す妖力列車じゃ!」(閻魔大王)ねずみ男を騙し、主人である吸血鬼ピーを甦らせたモンロー。あわれねずみ男も血を吸われ吸血鬼になってしまう。そのねずみ男によって村中の人間を吸血鬼にされた少年から話を聞いた鬼太郎はその村へと向かう。妖怪鐘の力で吸血鬼たちの動きを封じたもののピーには効き目がなく、油断した鬼太郎は鐘で蒸し焼きにされ、その後吸血鬼に変えられてしまった!鬼太郎を救うべく、目玉の親父は閻魔大王に会うため地獄へと向かうのだが…
「今ん鬼太郎どんはおかしか…妖怪病院に連れてくバイ!」(一反木綿)妖怪:火車に奪われた母の遺体を取り返してほしいと幸吉少年から頼まれた鬼太郎は、目玉の親父の制止も聞かず一人で火車に挑む。しばらくして鬼太郎が遺体を取り戻してきたが、なぜか報酬として大金を奪い去っていった。その後「鬼太郎が暴力団の親分になった」と聞き目玉の親父が確かめに行くと、容赦ない仕打ちを受けてしまう。疑問に思った砂かけばばあが妖怪玉で調べると、火車と鬼太郎の魂が入れ替わっていることが判明した!
「人や車を、かたっぱしから呑み込んでおるぞ!」(目玉の親父)治療した腕が勝手に動くことに苦しみ、腕を切り落とそうとする少年を止めた鬼太郎。妖気を感じた鬼太郎が治療を施した医師の所に行くと、悪魔:ブエルが正体を現した。ブエルは絶望した人間たちを悪魔に変え、自分の軍団を作ろうとしたのだ。圧倒的な数の悪魔軍団に苦戦する鬼太郎は、妖怪:ヤカンズルの助けを借りて悪魔を一気に吸い込んでもらう。だが物があふれた現代社会では判断がつかず、ヤカンズルは暴走を始めてしまった!
「近頃の人間は恐ろしい…妖怪よりワル知恵が働く…」(穴ぐら入道)妖怪を捕まえて見世物にしようと考える会社社長は、ミナコら社員を派遣して冷たく暗い場所が好きな妖怪:穴ぐら入道を冷蔵庫に閉じ込めてテレビ局に連れてきた。しかし照明の明るさに驚いた穴ぐら入道は逃げ出し、地下鉄の線路へと潜ってしまう。警官隊が出動する大騒ぎの中、穴ぐら入道の優しさを知るミナコは連れてきた責任を感じて鬼太郎と共にその後を追う。そして穴ぐら入道をかばう為、銃撃の中へ飛び込んでいってしまった!
「生きたまま地獄へ流されたんだ、百目に騙されたんだよ」(鬼太郎)脱獄した凶悪犯の足取りが途絶えるという事件が多発し、犯人は妖怪かもしれないと考えた警察から鬼太郎に捜査依頼が来た。そこで鬼太郎は老人に変装して刑務所に潜入する。ほどなく熊虎という男が脱獄に成功するが、手錠で繋がっていた鬼太郎と行動を共にすることになる。逃亡中に鬼太郎に助けられて彼を信用した熊虎は、警察の手の届かない場所があると言って百目神社へと連れていく。そこに今回の黒幕である妖怪:百目が現れた!
「く〜っ!せっかくもらったキムチがメチャクチャだ〜!」(ねずみ男)鬼太郎のもとに韓国から年老いた顔を持つトラジという少年が訪ねてきた。聞けばトラジの村ではアリラン様と呼ばれる妖怪に村の人間が若さを吸い取られ困っているという。鬼太郎は事件解決のため韓国へと向かうが、魔除けの巨大像が襲ってきたり、姿の見えない巨人によって村を滅茶苦茶にされる等、正体不明の敵に対して苦戦を強いられる。さらに一瞬の隙を突かれて、アリランの魔力により鬼太郎までが若さを吸い取られてしまった!
「あの血液を僕一人のモノにする為にはどうしたら…そうだ!」(山田)ニューギニアの奥地で絶滅したはずの大海獣:ゼオクロノドンが発見された。そこで大学の教授を中心とした調査団が現地に派遣され、その中には鬼太郎の姿もあった。しかし大海獣によって調査団は山田と鬼太郎を残して全滅。鬼太郎は教授から採取した大海獣の血液を託されていたが、山田をかばって毒蛇に咬まれ、重体の身となってしまう。その時、研究成果を自分の手柄にしようと企む山田は鬼太郎を殺そうと大海獣の血液を注射した…!
「鬼太郎!言葉が話せないんだったら、うなずいてみせて!」(ネコ娘)大海獣の姿になって日本へと帰ってきた鬼太郎。しかし言葉が通じないため、誰一人自分が鬼太郎だと判ってもらえず、途方にくれていた。だが暴れずにおとなしくしている大海獣を見て、目玉の親父はもしかしたら鬼太郎では…?と考え始める。そこで仲間の妖怪の手を借りてもう一度大海獣に会い、鬼太郎であることを確認した目玉の親父。だが鬼太郎であることが世間に知られるのを恐れた山田は、鬼太郎に興奮剤を撃ちこみ暴れさせた!
「風子ちゃんは、オイラと世界中を旅するんだ!」(風の又三郎)幼い少女・風子を連れ去り道路建設を中止させようとする妖怪:風の又三郎。しかし風子は自然を愛する少女で、なんと又三郎の行動を支持し意気投合してしまう。一方、風子の両親は鬼太郎に助けを求めていた。鬼太郎との戦いで深手を受けた又三郎は、工事中止を諦めて次の目的地へと向かおうとする。それを聞いた風子は又三郎と一緒に行きたいと告げた。だがそこに現われた鬼太郎から、どれだけ両親が心配しているかを聞かされる…。
「ちょっとHでロリコンだけど…悪い妖怪さんじゃないの」(ユメコ)鏡の中に閉じ込められていた一人の少女:クモコ。救い出された彼女は、犯人は鏡じじいだと告げる。その話を信じた鬼太郎は鏡じじいを封印してしまうが、強引な展開に疑問を感じるユメコ。その後クモコの家へと招待された鬼太郎たちは、鏡の世界に閉じ込められてしまう。実はクモコの正体は妖怪:うんがい鏡で、自分の弱点を知る鏡じじいを始末するため鬼太郎を利用したのだ。この危機を救ったのはなんと鏡じじいを信じたユメコだった!
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