「夢で見たのと、同じ樹だわ…」(華子)華子のアパートに一夜に咲き乱れた花。それは本体の木がある限り咲き続ける妖花だった。この妖花の目的を探るべく本体の木がある場所へと向かう鬼太郎たちと華子。長い船旅の末、赤道近くの島で本体の木を発見する一同。すると華子の耳に「この木の下を掘れ」という声が聞こえてくる。言われた通り掘ってみると、そこには日本兵の骸骨と遺品が眠っていた。そこへ鬼太郎たちを墓荒らしと思い込んだ妖怪:がしゃどくろが襲ってきた!
「うわあああああ!あたしの髪が〜〜!!(泣)」(ネコ娘)寂れた島で、突如島民の髪が一本もなくなってしまう事件が起こった。それはこの島を守ってきた「髪様」が、最近お供え物もなく、自分を忘れてしまった島民への怒りの表れだった。そして神主の妖怪:毛目玉が、村にいるただ一人の子供・花子を生け贄として要求した。この事態を知って駆けつける鬼太郎と猫娘だったが、ねずみ男のせいでさらに事態は悪化し、島民全ての髪の毛が奪われる。そして猫娘の髪の毛も犠牲になってしまった…
「沖縄の平和は、この大妖怪シーサー様が守るんだ!!」(シーサー)巨大な鎧武者集団の横暴に困った妖怪:キジムナーが鬼太郎に助けを求めた。そこで鬼太郎は沖縄へと向かうと、代々沖縄を守ってきた一族の末裔:シーサーが現れ、鬼太郎に勝負を挑む。だが圧倒的な実力差で敗れたシーサーは、鬼太郎を先生と呼び慕い始める。村に到着し、キジムナーたちに自衛のための知恵を教える鬼太郎。それを羨ましそうに見つめるシーサーに、話をつける代わりとして沖縄の観光案内をさせるねずみ男だったが…
「さあ、お前も竹人間におなり!」(万年竹の精)鬼太郎に弟子入りしようと沖縄から出てきたシーサー。偶然竹林でねずみ男と出会うが、ねずみ男は竹人間に襲われ竹人間にされる。シーサーから話を聞いた鬼太郎が現場に向かうと、竹林付近の工事現場の人々から竹林のオーナーまで竹人間にされていた。これは妖怪:万年竹の仕業だと考えた鬼太郎は、万年竹のいる場所へとお手伝いさんに案内してもらう。だがそこには罠があり、砂かけ婆と子泣き爺までも竹人間に変えられてしまった!
「小豆の神様なんて、聞いたことがないのう?」(目玉の親父)人間の建てたダムのせいで、畑が枯れて困り果てる妖怪:小豆ばばあ、小豆はかり、小豆あらいの小豆連合軍。しかも小豆の神様から収穫を差し出すように迫られてしまう。そこでねずみ男を使って無料で小豆料理を配り、それを食べた人間の栄養を使って小豆を育てることを思いつく。しかしこの悪事も鬼太郎の知るところとなり、早々に反省することとなる。そして連合軍の話を聞いた目玉の親父は、小豆の神様の存在に疑問を感じていた…
「反物…石…いろんな危機にあったが今度のが最低じゃな」(砂かけ婆)一人の若者のバチ当たりな行いに怒った島神様は人喰い島へと変わり、島民に若い娘の生け贄を要求してきた。この事件を知った鬼太郎は島に向かうが、人喰い島を調べている最中に胃袋へと迷い込み、その胃液で溶かされてしまう。ウンコとなってかろうじて脱出した鬼太郎は、砂かけばばあの治療で再生することに成功する。しかし鬼太郎の敗北を聞いた島民はあきらめて、島神様との約束通り生け贄に奉げるため人喰い島に向かっていた!
「不老長寿の水の在処を知った者は、生かしてはおけんのだ!」(手の目)立入禁止の山で誤って封印の扉を開けてしまった少年・六助。そのため一緒にいた伯父が殺されてしまう。知らせを受けた鬼太郎が駆けつけると、村はすでに餓鬼たちに襲われていた。餓鬼を追い払った鬼太郎は、連れ去られた村民を救うべく山へと向かうが、妖怪:手の目の金縛り光線によって仲間と共に囚われてしまう。手の目は餓鬼と共に人間に封印されていたことを怨み、村民の始末が終わったら里へ降りて人間を襲うことを宣言する!
「野づち、お前が妖怪戦車の大砲だとはな〜ムフフフフ!」(一反木綿)宝探しの途中に氷付けの原始人を発見したねずみ男。だがそれは妖怪:山男だった。文明を嫌う山男は町を耕し、マンモスフラワーの種をまく。やがて芽吹いたマンモスフラワーの胞子を吸い込んだ人間は服を脱ぎ、原始の時代へと帰化してしまう。急激な変化は人間の反感を呼んで良くないと説得する鬼太郎だったが、山男は言うことを聞かない。そこで鬼太郎はマンモスフラワーをなんとかするため、妖怪発明家の夜行さんの元へ向かった!
「こいつう、ニセモノだあ」(呼子)「こいつう、本物だあ」(偽呼子)山へ行ったユメコのクラスメイトが妖怪:呼子にさらわれたという。だが、当の呼子はゲゲゲの森を一歩も出ておらず、鬼太郎は呼子とユメコを連れて事件のあった山へと向かった。そこに現れたニセ呼子を退治した鬼太郎。だが彼の持っていたダイヤモンドを不用意に触ってしまい、ダイヤの中へ吸い込まれてしまった!たどり着いたのは妖怪:やまたのおろちが支配する異次元世界で、ニセ呼子は生け贄を用意するために働かされていたのだ…。
「プロレスの技で、タンクを押さえ込まなければ…!」(鬼太郎)実力はあるのに気が弱くて勝てない女子プロレスラー・タンク松竹。しかし妖怪:吹消婆によって運命を変えられた彼女は、凶暴な性格と化してリングで暴れまわる。止めようとした鬼太郎も人間相手に妖力を使えず、敗れてしまった。これに気をよくした吹消婆は、タンクを操り銀行強盗を働かせようと考える。鬼太郎はそれを止めるために勝者の命令を絶対守らねばならない妖怪挑戦状を叩きつけ、打倒タンクのため地獄で特訓を開始した!
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