「だって一人で家にいると、あーんなことや、こーんなことが…」(テリアモン)心のすれ違いからルキの元を去っていったレナモン。コンボを決めて勝利したことで、戦いへの自信を深めていくタカト。変わっていく状況の中で、相変わらずジェンはテリアモンに戦うことを禁じていた。友達を戦わせたくないというジェンに、自分はデジモンなんだと言うテリアモン。そして新宿大ガードという人ごみの中、発生するデジタルフィールド。人々を守れるのは自分しかいない。悩みながらも意を決してジェンは戦いに臨んだ!
「レナモンはアタシがいなくても強い、アタシがいなくても勝てるんだ…」(ルキ)デジモンとテイマーの関係とは何のか?パートナーの意味とは?その答えを探すかのように戦いへと没頭するレナモン。一方、レナモンを前にしながらも気まずさから近づけないでいるルキ。そしてルキは自分がいなくてもレナモンは強いと、ふたたび背を向けてしまう。離れていてもお互いに相手のことをこんなに強く思っているのにすれ違ってしまう二つの心。だがレナモンの危機を目の前で見たとき、ルキは初めて自分の心に素直になった!
「ワイルド・ワン、野生の人工知性…すべて駆除してやる、もうすぐ…」(山木)ダークリザモンとの戦いの中、突如サーチライトの光がタカトとギルモンを照らす。そしてネットワーク管理局室長の山木が現れた。山木はダークリザモンを回収すると、タカトに危険な遊びを止めるように忠告する。その場は反発するタカトだったが、進化することで起こる暴走への恐れ、友達であるヒロカズとケンタとの離れてしまった心の距離と、多くの問題に一人悩む。そしてついに起動した山木の切り札「シャッガイ」とは一体何か?
「一歩も引けないんだ、後戻りできないんだ、僕はキミのテイマーなんだから!」(タカト)動き始めたシャッガイによって次々に消去されるデジモンたち。だが突如異変が起こった。シャッガイを利用して、何者かが現実世界とデジタルワールドをつなげたのだ。そして現れたデジモンのデータはデジヴァイスに何故か表示されない。困惑しながらも謎のデジモンに挑むテイマー。しかし圧倒的ともいえる戦闘力の差にキュウビモンもガルゴモンも倒されてしまう。悩みながらもギルモンをグラウモンに進化させてタカトは戦いに挑んだ!
「鼻の穴にティッシュ詰め込まれて喜んでるよ…ホンマモンのアホだ、アホモンだ」(インプモン)現実世界で暴れるデジモンと戦うためチームを組むことにするテイマーとデジモンたち。チームの旗を作って張り切るタカトは、朝からパトロールをしようとジェンとルキを誘うが、二人は用事があるからと断る。そしてそれぞれの用事で地下鉄に乗ったジェンとルキは、またもや正体不明のデジモンと遭遇した。地下鉄を利用する人々を守るために必死で戦う二人。一方のタカトとギルモンはそんな事態を知らずにジュリたちと遊んでいた…。
「最近戦ってばかりいるから、たまには自然の中でおもいっきり遊ばせてあげたいんだ」(ジェン)ジェンの提案でキャンプ教室にデジモンを連れて行くタカト。そしてクラスメイトの協力の下、到着した自然の中で楽しい時間を過ごす。そんなときシンドゥーラモンを見つけながら、タカトとジェンはデジモンたちを遊ばせたいからと、その場を立ち去ってしまう。翌日、ふたたび現れたシンドゥーラモンは街の電気を吸い取り大きくなっていた。このまま電気を吸えばさらに巨大化する。ジェンは判断の甘さを後悔しながらも戦いを挑んだ!
「デジモン…なのか、お前はデジモンなのか?…やっぱりデジモン」(ジャンユ)ジェンが手に入れたレアカード。その効果を確認するとそれはブルーカードへと変化した。このカードを持っていた人物を探すため、その足跡をたどるテイマーたち。しかしその途中でジェンは父ジャンユにデジモンと一緒にいるところを見られてしまう。そしてカードの持ち主を捜して秋葉原に着いたテイマーの前にまたしてもデーヴァのデジモンが現れた。その圧倒的な力の差に打つ手をなくしたジェンは意を決してブルーカードを使った!
「キュウビモン美しき者よ…逆らってはいけない、私と共に生きるのだ」(ヴァジラモン)突如目の前に現れたヴァジラモンの言葉に従って姿を消してしまったレナモン。必ず帰ると約束されたものの、残されたルキの不安は次第に強くなっていった。そんなときジェンからの電話で家を飛び出すルキ。ヴァジラモンが見つかったというのだ。その場所へと駆けつけると、そこにはレナモンとヴァジラモンの姿があった。デジモンの神に従えというヴァジラモンの言葉を拒絶するレナモン。そしてルキの手にブルーカードが現れた!
「手を出すな…頼む、これは俺の戦いなんだ、手を出すなよ!!」(インプモン)デーヴァの目的が自分たちになってきたことで、これからも厳しい戦いが続くことを予感するテイマーたち。一方、新たに現れたデーヴァのデジモン・インダラモンの言葉にプライドを傷つけられたインプモン。そのやり場のない怒りを晴らすようにインプモンは街中で大暴れをする。そこへふたたび現れたインダラモンに、無謀にも一人でインプモンは戦いを挑む。パートナーを否定して戦うインプモンの過去には一体何があったのか!?
「思い出せ、ギルモンだってタカトの描いた絵があったから生まれたんじゃないのか!」(ヒロカズ)インプモンはおろか、成熟期3体がかりでも倒せない強敵インダラモン。この危機を救ったのは山木の改良していたシャッガイだった。その攻撃でダメージを受けたインダラモンは撤退する。山木はこの新たなシャッガイ完成のためジャンユたちかつてデジモンのプロジェクトに参加していたメンバーを集める。一方、ふたたび進撃を開始したインダラモンに使えるカードも尽きて苦戦するタカトにヒロカズは手作りのブルーカードを手渡した!
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