最近、アッコたちの町に2人組のスリが出没し、お互いの腕前を競いあうように犯行を重ねている。おかげでアッコや大将たちばかりか、町中の人々が被害にあっている。大将はクラスの男子だけを集めて探偵団を結成、スリを捕まえようとやる気満々だ。大将たちに対抗するアッコとモコは、カン吉を仲間に別の探偵団を結成する。それぞれ独自にスリのゆくえを追跡する大将とアッコ。犯人を捕まえるのはどっちの探偵団?
いつも紳士的な佐藤先生は生徒たちの人気者。でもモコは最近、先生が大嫌いになっていた。授業で同じような失敗をしても大将は見逃してもらえるのに、モコは厳しく注意を受けるからだ。あの佐藤先生がそんな不公平を?モコの悩みをうち明けられたアッコは、佐藤先生がモコを厳しく指導する理由を調べることに。佐藤先生の下宿を訪ねたアッコは、大家さんのペットのスピッツに変身。こっそり先生に近づいてみると……。
アッコの同級生の三村君は、いつも快活で運動神経バツグン。近ごろその三村君に元気がないのは、母親が入院しているためだった。三村君は母の代わりに妹のぶ子の面倒を見ながら、放課後はアルバイトをして家計を支えていたのだ。アッコとモコは三村君兄妹を励ますため、2人を誘って遊園地へ遊びにやって来た。事情を聞いた大将も、三村君たちにエールを送る。ところが急遽、のぶ子が広島に住む親戚に引き取られることになった。悲しみをこらえる三村君のため、アッコたちにできることは?
アッコたちの町内で『日本ネコ・コンクール』が開催されることになり、審査員のひとりに大将の父親が選ばれた。さらに小学校からの審査員として森川先生の参加も決まる。父の審査でが然有利になったとはりきる大将は、コンクールの優勝を目指してドラの特訓に励む。一方、アッコも飼い猫シッポナを入賞させるため、気品とエレガントさに磨きをかける。しかしコンクールの前日、シッポナが突然姿を消してしまった。はたしてシッポナのゆくえは?
ブラジルで暮らす森山先生の祖父が、森山先生の妹みどりとの再会を楽しみに、はるばる日本へやって来た。しかしみどりは2年前、交通事故で亡くなっていた。森山先生がどうしてもそのことを伝えられなかったため、先生の祖父はみどりの事故死を知らないままだったのだ。先生の祖父は、森山先生と一緒にいるアッコのことを孫のみどり本人だと思いこんでしまう。事情を知ったアッコは事実を告げることもできず、みどりの身代わりを引き受けるのだが……。
猫の居場所を探して交番を訪れた不思議な老人。その老人にドラが突如誘拐されてしまった。大切な家族の一大事と大将の父は老人の家へ駆けこむが、ドラを取り戻す前にすごすごと退散してしまう。実はその老人、白川三昧衛門という名の日本一の三味線職人で、大将の父の恩人だったのだ。白川老人は三味線の家元の注文に応じるため、最高級の猫の皮を探している最中だった。恩人と家族の間で板ばさみになる大将の父。このままドラは三味線の皮にされてしまうのだろうか?
大将の趣味は意外にも、切手集めというマニアックなもの。自慢のコレクションを子分のゴマに披露して、ずいぶんと得意気になっていた。そのゴマはコレクションの価値に目がくらんだのか、高価な切手を抜き取ってネコババしてしまう。現場を目撃したのはアッコ一人、オウムに変身して偶然大将の部屋のそばにいたのだ。ゴマが反省して自分から切手を戻すよう、アッコは色々と手をつくすが……。
ある朝早く、アッコはモコからの電話で起こされる。話を聞くと、出前の配達の帰りに重大な秘密を見て以来、黒服の怪しい2人組の男たちに命を狙われているらしい。モコが嘘をついているとは思わないものの、すぐには信じられないアッコ。ところがどんな偶然か、その2人組がモコの家の寿司屋に現れた!親友のピンチを見捨ててはおけないと、大将も力を貸してくれることに。放課後、アッコたちはモコが2人組を目撃した工事中のビルを訪ねる。勇気を出して秘密の地下室へ乗りこんでいく。
アッコたちは学校新聞の取材で、房州の海岸にある灯台にやって来た。その灯台は、さまざまな渡り鳥を観察できる名所として知られている。なかでも、コブ吉という名のコブハクチョウが毎年勇少年を慕って飛んでくるというニュースは、アッコたちもよく知っていた。勇もコブ吉との再会を楽しみにしていたが、渡り鳥の季節を目の前に、重いカゼで寝込んでしまう。アッコは勇を元気づけようと、嵐をついて灯台へ向かう。
現場監督よろしくクラスメイトに指示するばかりで、教室の掃除を手伝わない大将。佐藤先生がそんなサボりを見逃すはずもなく、大将はこっぴどく叱られる。意固地になった大将は素直に謝らず、学校を飛びだしてしまう。そのうえ「先生に謝ってこい!」と父親に家を追いだされ、勢いあまって家出を宣言、秘密基地として使っていた廃工場に立てこもる。父が迎えに来るまで家に戻らないと言う大将。こんな独立運動、本当に成功するの?
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