甲州街道沿いで人間が猫のようになってしまう”猫うち症”なる奇病が発生した。被害者の少年から頼まれた鬼太郎は調査のため霊柩車で街道を走ってみた。いずれの事件にも怪トラックとの遭遇があったためだ。やがて件のトラックを発見、その後を追った。霊界高速道路を通り、行き着いた先には交通事故で死んだ猫たちの亡霊が待ち構えていた。彼らは人間たちに誠意として慰霊塔を作ってほしかったのだ。鬼太郎は街道にささやかながらも慰霊塔を作り、手を合わせるのだった。
人食い島と呼ばれる島に悩まされる漁村があった。毎月二人の生け贄を出さないと災厄が降りかかるという。金儲けとばかりねずみ男が首を突っ込み、人形の生け贄を差し出して解決しようとするが、結果は失敗。村は津波に襲われる。続いて鬼太郎が島に渡り、島が巨大な人間のような形、構造をしていることを突き止めた。鬼太郎は人食い島の体内で、なんでも溶かしてしまう自分の胃液を散布し、島を内側から溶かし去ったのだった。
妖怪が漫画を描けば金儲けができると考えたねずみ男は、妖怪ひでりがみと結託。売れない雑誌「妖怪パンチ」に本物の妖怪が描くというふれ込みで話を持ちかけた。そしてねずみ男の送った妖怪タクシーにより編集者は原稿を受け取りに行くが、そのまま戻っては来なかった。相談された鬼太郎はひでりがみの元へ。暴れたいだけのひでりがみは鬼太郎に挑戦。鬼太郎は苦戦するがのづちの力を借りてひでりがみを撃退することに成功した。
今、子供たちは妖怪貯金箱の話題でもちきりだ。そんなある日、妖怪貯金箱をくれてありがとうというお礼の手紙が、鬼太郎のもとに続々と届き始めた。全く覚えがないので不思議に思っていると、今度は貯金箱が消えたとの連絡が入った。妖怪が悪事を企んでいるのではないだろうか?鬼太郎がゲタに導かれて古寺に赴くと、正体不明の強力な敵が待ちかまえていた!
人間の顔を盗む妖怪・のっぺらぼうが、田舎の人間の顔に飽きたと、都会の人間を餌食にするために墓場から出向いてきた。のっぺらぼうの作った人魂入りの食べ物を口にすると、顔が人魂状になって抜け落ちてしまうのだ。まんまと鬼太郎の顔を奪ったのっぺらぼうは、ねずみ男を味方につけると、彼の悪知恵を利用して人々の顔を次々に採集してゆく!
ねずみ男が「うぶめ石」に封印されていた妖怪・うぶめを復活させてしまった。うぶめは赤ん坊を次々に襲い、巣へと連れ去ってゆく。鬼太郎は子泣き爺を囮にしてうぶめを誘い出すが、あと一歩のところで取り逃してしまった。だが、すかさずリモコンゲタを放って追跡に成功、カラスたちの協力で空中戦を挑む。うぶめは予想外に手強く、鬼太郎は捕まって巣に運ばれてしまった!
戦争で家族を失い、世をすねてひねくれてしまった為助爺さんは、他人の迷惑になることばかりしていた。そんなある日、爺さんは山の中に封印されていた天邪鬼を復活させ、手を組んで人間たちに嫌がらせを始める。付近の住民から相談を受けた鬼太郎が現地に赴くが、天邪鬼は強い妖力と優れた第六感をあわせ持つ難敵だった!
北海道に住むゲンという少年から、救いを求める手紙が鬼太郎のもとに届いた。姉が妖怪に魂を抜かれてしまったので助けて欲しいというのだ。北海道へ出向いて調査を始めた鬼太郎は、洞窟に捕らわれていた少女を助ける。ところが、その少女こそ事件の張本人である妖怪・雪ん子だった。雪女と雪男まで姿を現し、三体同時に鬼太郎に戦いを挑んでくる!
地下に大駐車場を建設していたところ、不思議な洞窟が発見された。どうやらそれは、妖怪狐一族の聖地への入口らしい。傍若無人に踏み込んでこようとする人間たちに、狐一族は青白い怒りの炎を燃やす。事件とあって鬼太郎が出向くが、多彩な術を駆使する狐軍団を相手に苦しい戦いを強いられる。そこに一族の長たる高位の妖怪・天狐が姿を現した…。
夏の暑さをしのごうと、鬼太郎とねずみ男は沼地へ出かけた。そこには一匹の不思議なガマがいた。ガマはねずみ男を騙してガマの姿にしてしまうと、自らは妖怪・邪魅に姿を変える。その昔、ガマ仙人に封印された凶悪な妖怪だ。鬼太郎までも邪魅の毒気に冒され、意思を奪われて言いなりになってしまう。目玉おやじはガマ仙人に助けを求めるが…。
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