ヤクザたちが妖怪たちを見せ物にして一儲けしようと、妖怪に詳しいねずみ男を味方につけた。目をつけたのは近くにいる穴ぐら入道だ。ヤクザの親分は穴ぐら入道の術をかわしながら、言葉巧みに騙して冷蔵庫に誘導し、閉じ込めて運び去ろうとする。ヤクザの裏切りに遭ったねずみ男は何とか逃げ出し、助けを求めに鬼太郎のもとへ向かう…。
小笠原の母島で数千年生きてきた吸血妖怪樹は、さすがに生命力の衰えを感じていた。回復のためには新しい血液が大量に必要だ。そこで世界の吸血妖怪を集めた吸血軍団を結成し、恐山にある妖怪血液銀行を襲撃することにした。一時は鬼太郎が倒されて血液も奪われるが、その復活と共に体勢を立て直した日本妖怪軍団は、最終決戦を挑むために母島に乗り込んでゆく!
浦島小太郎博士は人間をミイラにしてしまう煙を発見した。煙が悪用される危険を感じた博士から頼まれ、鬼太郎は煙の入った玉手箱を捨てに出かけた。しかし、途中で何者かに箱を奪われてしまう。アメリカで妖怪大統領になり損ねたこうもり猫と、賽の河原に棲む葬頭河婆の仕業だ。鬼太郎は奪還に向かうが、鉄箱に入れられて海に沈められてしまう!
ねずみ男はまたも金儲けの悪巧み。世界妖怪ラリーを開催し、これを撮影して放送局に売り込もうという算段だ。優勝賞品は何と佐渡ヶ島。そこに埋蔵されている大量の金塊をめあてに、妖怪たちは激しいデッドヒートを繰り広げる。バックベアードをはじめとする西洋妖怪たちは、賞金を山分けにするということで結託。手を組んで鬼太郎の走行妨害を始める!
山奥の村で子供たちが次々と行方不明になった。調査の依頼を受けた鬼太郎が現地に赴くと、そこには毛むくじゃらで訛りの強い妖怪・毛羽毛現がいた。人間を嫌う彼は子供たちをさらい、その魂を化石に移して恐竜を復活させることで、地上を太古の時代に戻そうとしていたのだ。毛羽毛現の術は強力で、恐竜たちまで現れて大暴れを始める!
魔の岬に妖怪・磯女が出没し、近付いてくる人間を次々にさらっていた。現地に赴いた鬼太郎が調査を始めると、磯女が姿を現した。磯女は説得に応じず、鬼太郎に襲いかかって住み処にある壺に封じ込めてしまう。からくも壺から脱出した鬼太郎は、磯女と再戦して打ち負かす。ところが、今度は磯女の息子に飲み込まれてしまった!
沖縄から来たトラジ少年は、妖怪によって若さを奪われて老人のような風貌になっていた。鬼太郎はトラジを救うために沖縄に渡るが、待ち受けていたのは姿をくらます隠形魔法を使い、巨大な石像を手足のように操る強敵だった。鬼太郎は戦いに敗れて若さを奪われ、トラジと同じような老人にされてしまう。そこで一計を案じるのだが…。
漫画家の水木しげる先生は、出かけた喫茶店で自分の描いたキャラクターである鬼太郎、ねずみ男と出会った。彼らを自宅に招待する水木先生。その直後、東京の調布市一帯が怪気象に包まれた。ぐわごぜを首相とする妖怪王国の仕業だ。膨張する怪気象の中で、人間を排除した妖怪だけの社会が確立されてゆく。もうダメかと思われたが、鬼太郎は反撃を開始するチャンスを窺っていた…。
“4”という数字のつくあらゆるものから、アングラ妖怪・だるまが次々と出現した。本来「4」という数字は「死」に通じるとして、多くの人間は積極的に使うことを避けていた。だるまはそれを利用して自分の領域としていたが、人間があまり縁起を担ぐことがなくなったため、住み処をなくして出て来てしまったらしい。鬼太郎は悪さの過ぎるだるまを退治すべく出陣する!
岩手の山奥に鬼太郎を呪う歌が流れた。その歌詞の通り、鬼太郎は突然心身に変調をきたして倒れてしまう。妖怪が妖怪を88体以上倒すと、その悪霊が取り憑いて命を奪われてしまうという。鬼太郎の病の原因は、どうやらそこにあるようだ。治すには人間と仲の良い妖怪と友達になるしかない。そこで目玉おやじたちは鬼太郎を岩手に運び、現地の妖怪・座敷わらしとの交流を図る。
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