ある山村に、伝説の妖怪もうりょうが出現した。ねずみ男が儲け話とみて事件に飛び付き、大金と引き替えに解決すると約束してしまう。その夜、もうりょうに取り憑かれたミイラが出現して村を騒がせる。ミイラは病院の研究室に運び込まれ、解剖されようとする。そこに鬼太郎が駆けつけ…。
花子という少女の家の周囲に不思議な花が生えた。鬼太郎が相談されて調査に向かうが、花の正体は一向に判然としない。鬼太郎は花子を連れ、花の種が飛んできた方向を目指して南の島へ向かう。小鬼の襲撃を受けるなどの障害を乗り越えながら、一行はジャングルの奥にたどり着き、そこで驚くべきものを見つける…。
ある日、ねずみ男は海で人魚の子を釣り上げた。だが、鬼太郎に力ずくで奪い取られてしまう。それは本物の鬼太郎ではなく、さざえ鬼という妖怪が鬼太郎そっくりに化けていたのだ!鬼太郎とねずみ男は人魚の子を救出。さざえ鬼と対決するが、鬼太郎がさざえ鬼にあっさりと食べられてしまう!
売れないバンド=ビンボーズはある日、川で聞こえてきた歌をそのまま拝借し大ヒットを飛ばした。それはカッパのさら小僧の歌で、本人がそれを知って怒り出し、ビンボーズをさらってしまう。ビンボーズのひとりジャリーの息子から頼まれ、鬼太郎はさら小僧の元へ向かった。なんとかさら小僧を撃退し、鬼太郎は隠れ里に捕らわれていたビンボーズを解放した。しかし、まったく反省の色が見えない彼らにさしもの鬼太郎も呆れ顔だった。
鬼太郎は出かけた先で足の皮を喰われたという子供たちに出会う。きのこ山で眠っていた妖怪アマメハギが目を覚ましたのだ。鬼太郎はアマメハギとこま試合をし、これに勝利した。だが、後日鬼太郎はアマメハギに逆襲されてしまう。妖気を吸う谷に誘い込まれ、妖力が仕えず苦戦する鬼太郎。しかし、からくもアマメハギを倒し、彼の体に生えたきのこを抜いた。するとアマメハギは善良な妖怪に戻り、悪さをやめることを誓うのだった。
地獄山で採石していた鉱物学者が忽然と消えた。その娘、純子から頼まれて鬼太郎は調査に乗り出す。彼は地獄に通じる洞穴でダイヤを拾ったために消えたことが分かり、鬼太郎らも洞穴に向かうが、そこには欲深い人間たちも侵入していた。やがて人をダイヤに変えてしまう妖怪、輸入道が出現。鬼太郎は輸入道が発する光線を反射して輸入道をダイヤに変えた。殆どのダイヤは屍に戻ったが、純子の父は無事に生還することができた。
信吉少年は右手が勝手に動き出し悪さをするため苦しんでいた。やがて左手も勝手に動き出し、強盗を働いてしまう。依頼を受けた鬼太郎は砂かけ婆から犯人が妖怪、手の目ではないかと告げられる。鬼太郎は手の目を発見、対峙するが相手の術にかかり右手の自由を奪われてしまう。だが、砂かけ婆やねずみ男の協力もあってその隠れ家を見つけ出すことに成功。再び対決し、手の目を捕獲すると強盗犯として警察に突き出した。
ねずみ男のにせ者が出現した。やがて本物とにせ者が鉢合わせ。聞くとにせ者はねずみ男の弟だという。弟にそそのかされたねずみ男は鬼太郎を倒す手助けをすることに。妖怪おりたたみ入道を使って鬼太郎を襲撃したものの返り討ちに遭う。それでも諦めずに鬼太郎に二度目の襲撃をかけた。だが、そこで弟の正体がムジナであることが判明。おりたたみ入道も倒された。ウソとはいえ、弟がいる喜びを味わったねずみ男の心中は複雑だった。
南方から妖怪解放軍が襲来した。人間を支配し妖怪を解放するためだという。アカマタとヤシオトシは人間と妖怪の共存を望む鬼太郎を敵視する。彼らにそそのかされたねずみ男によって誘き出された鬼太郎はアカマタと対決。敗れたアカマタはねずみ男に寄生し鬼太郎を執念深くつけ狙った。そして、鬼太郎の精気を吸い取ろうとするが、失敗して自滅。続いて現れたヤシオトシもつるべ火の加勢により倒れた。それを見た残る解放軍は尻尾を巻いて軍艦で逃げ帰ったのだった。
ねずみ男は悪さばかりする少年の姿をした妖怪と出会い、意気投合する。タッグを組んで金儲けのため養殖場の鯉を盗んだりと二人は悪行を重ねていく。しかし、これを喰い止めに鬼太郎が乗り出して来た。そこでねずみ男は寝返り、少年は捕えられた。その正体は、鬼太郎のかつての友人カワウソだった。ダム建設によって追われ、ひねくれてイタズラしていたのだ。そんな彼の鬼太郎と再会したことで改心し新しい住処を求めて去って行った。
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