「すべては消えた…すべては終わった」(ベラミス)ギューマ星爆発の影響を受け、ラセツ星にも終わりの時が近づいていた。ベラミスはクイーン・ラセツを丁重に弔うため星にとどまっていた。彼女はクイーンに亡き母の面影を見ていたのだ。やがてラセツ星も爆発、巻き込まれたベラミスは行方知れずになってしまう。クーゴたちも結局、ラセツ星の人々を救うことが出来なかった。哀しみに打ちひしがれながら大王星へと進んでいると、モンスターの襲撃を受けて全滅した宇宙船を発見する。光もレーダーも受けつけない怪物の仕業らしいが…。
「キング・ギューマの仇、このままにはしておけない」(ガイマ)ギューマ星とラセツ星が滅亡した後も、オーロラ姫の平和を願う祈りもむなしく、ギューマ軍の残党たちはなおも活動を続けていた。キング・ギューマの息子であるプリンス・ガイマは、星が滅亡したという報せを聞いて驚く。クーゴとかいう男が父を倒し、故郷を滅ぼしてしまったらしい…。プリンス・ガイマはギララ星系最強のサイボーグ戦士である誇りにかけて、コスモス号とクーゴたちに復讐を誓う!
「所詮お前もキング・ギューマの息子、宇宙の暴君に過ぎないってわけかい」(クーゴ)ベラミスは悪の軍団を葬り去ることこそ自分に課せられた使命だと悟り、単身ギューマ軍団に戦いを挑んだ。だが、プリンス・ガイマの砲撃を食らって小惑星に落とされてしまう。プリンス・ガイマは偵察に出ていたクーゴの前にも、突如として姿を現す。彼はクーゴを仇だと誤解し、弁解も聞かずに攻撃を仕掛けてくる。このままでは埒があかないと感じたクーゴは、ギララ太陽の日蝕がせまっているのを利用して、スペースシャーク号に対して奇襲に打って出る!
「今飛び出したら見つかってしまうわ…クーゴさん早く来て」(オーロラ)プリンス・ガイマの罠にはまり、オーロラ姫と引き離されてしまったクーゴたち。急いで後を追うにも、クローベルトは水素スペクトルの爆発を引き起こす恐れがあるので使うことが出来ない。小惑星へ逃れていたオーロラ姫のもとにはスペースシャーク号がせまってくる。オーロラ姫は重力が十分の一しかないことを利用して敵の目を眩ますが、プリンス・ガイマに見つかってしまう。洞窟へ逃れたオーロラ姫に、もはや逃げ場はどこにもない。どうする、クーゴたち!?
「ギャラクシー・エネルギーを出してるってことは姫が無事に生きてる証拠だ」(ジョーゴ)プリンス・ガイマによって洞窟に閉じ込められたオーロラ姫。天井や壁はいつ崩れ落ちてもおかしくない。姫の行方を突き止めたクーゴたちは救出に向かうが、入口が埋まっているため、ハッカが地中を掘り進んで救出に向かうことになる。オーロラ姫が生きていると知ったプリンス・ガイマは激怒し、再びスペースシャーク号で攻撃をしかけてくる。クーゴは決着をつけようと、スタークローで突進してゆく!
「俺は死なん!どんな地獄からも甦ってやる、俺はプリンス・ガイマだ!」(ガイマ)スペースシャーク号が航行不能となった。戦闘意欲をなくした兵士たちを怒りに任せて処刑していった結果、船内にはプリンス・ガイマただ一人が残される。彼はメカロボットヒドラで脱出し、コスモス号へと迫ってくる。クーゴたちは姫を大王星へ向かわせ、自分たちは残ってヒドラに立ち向かう。強大な力を持つヒドラにはバラバラで戦っても勝つのは不可能、三人同時に懐に飛び込む以外に勝つ方法はない。見事ヒドラを倒し、プリンス・ガイマの野望を打ち破ることができるのか!
「それにしても、いったいアレなんだったんだろうなぁ」(ハッカ)食事中のハッカが姿の見えない幽霊に殴られる。しかもエネルギーパイプが壊され、コスモス号は停電してしまう。赤外線照明に切り替えた途端、ハッカは幽霊の正体を目の当たりにする。それは燐に似た性質を持つガス状のモンスターだったのだ。一刻も早く追い出さなければならないが、船内を壊してしまう恐れがあるので存分にアストロ棒を振るうことができない。やがてモンスターは、ギャラクシー・エネルギーを求めて姫の部屋に押し寄せてくる!
「ここは大王星なのだ。お前たちの旅の終わりとなる死の大王星なのだ!」(エドラ)オーロラ姫のもとに大王星の女王からのメッセージが届く。だが、それは本当に大王星から送られてきたものだろうか?疑念を拭えないまま女王の宮殿へ向かう一行。すると、オーロラ姫がクーゴたちの目の前で姿を消してしまう。案の定、その星は大王星ではなかったのだ。女王の名はエドラ、アルゴ星を統べる者だ。ギューマ軍との戦いで国を失った彼女は、故郷の星を元に戻すため、オーロラ姫を奴隷にしてギャラクシー・エネルギーを独り占めにしようとしていたのだ!
「謀られたかな、しかし罠ならもっと上手な攻め方があるはず」(クーゴ)コスモス号にSOSを求める信号が入る。遊星に閉じ込められた船があるらしいのだ。コスモス号が向かうには軌道を修正しなくてはならないので、ひとまずクーゴがスタークローで現場に向かう。遊星の引力に引き寄せられたクーゴは、突如として見知らぬ兵士たちからの攻撃を受ける。彼は攻撃を逃れると、べラミスと再会し、マンドラゴと呼ばれる神像によってギューマ軍の外人部隊が催眠状態にされていることを聞かされる。そこでベラミスと共にマンドラゴ退治に乗り出すのだが…。
「オーロラ急いで、急いでください、地球が危ないのです」(キティ)ギャラクシー・エネルギー低下の影響を受け、太陽熱が低下を始めた。そのため世界中に異常気象が発生する。都市は突然現れた恐竜によって破壊されてゆく。異変を知ったオーロラ姫はキティ博士の身を案じ、見かねたクーゴがオーロラ姫のかわりに地球へ向かう。なんとか太陽熱の低下を押さえようと、研究所ではギャラクシー・アンテナの突貫工事が進んでいた。それを狙う恐竜が研究所を襲撃する。クーゴは人類最後の希望であるアンテナを守り切ることができるのか!?
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