「我々はアリンゴのような程度の低い生物とは一緒に暮らせません」(ルーゲン)強烈なエネルギー反応をキャッチしたコスモス号は、すでに廃墟と化している惑星に降り立った。偵察に出たハッカは、ルーゲン隊長率いるグリーク星の攻撃隊と遭遇する。ルーゲン隊長は地底都市で暮らす仲間の安全を守るために、地中に住むモンスター・アリンゴを絶滅させようとしていた。ハッカは無益な戦いを避けてほしいと頼むが、ルーゲンは地中に住む怪物を自分たちと同等だとは認めないと拒否、火炎地雷による最終絶滅作戦を開始してしまう!
「やっぱり俺の見間違いだったんだろうか…」(クーゴ)クーゴがスペース・モンスターだと思いこんで破壊した船には、帰る星を失った避難民の少女たちが満載されていた。オーロラ姫は彼女たちを保護し、船を修理してやることに。そのオーロラ姫が時限爆弾で狙われる事件が発生。クーゴは少女・マリアに化けたモンスターが犯人だと信じ、大ケガを負わせてしまう。ところがどこにもそんな証拠はない。クーゴは次第に孤立してゆき、オーロラ姫にまで非情な宣告を突きつけられてしまう!
「俺は姫を助ける、死んでも助けてみせるぜ!」(クーゴ)誰にも信じてもらえない辛さを抱え、コスモス号を後にしたクーゴ。追放を命じたオーロラ姫もまた、クーゴの行動を理解することが出来ずに苦しんでいた。事情を聞いたキティ博士は、一連の事件が超空間転移を使ったトリックであることを解き明かし、犯人が非生命体モンスター・べムラであることを見破る。だが時すでに遅く、コスモス号はべムラによって行方不明にさせられてしまった。クーゴはべムラの魔手から姫を救うことが出来るのか!
「どうせ話したって信じて貰えないんだ!」(ポンコ)クーゴは助けを求める少年・ポンコを見つけて船に拾い上げた。ところがポンコは姫を人質にしてコスモス号を乗っ取り、他の星へ連れていくことを要求する。分身を使って取り押さえるクーゴ。単なる家出少年だと思い、迎えに来た母に引き渡そうとするが、ポンコは母をモンスターだと決めつけて激しく抵抗する。ポンコが嘘をついているとは思えず、コスモス号は要求通りに愛の星と呼ばれるダンダン星へ向かうのだが…。
「ようし、あたしの美貌で虜にしてやろう」(バララン)バラの咲く星を見つけたハッカは、美しさに魅せられてこっそりと上陸した。だが、そこはギンギンマンの支配する星だった。宝物の番人であるバラランは、美しい女性に化けてハッカに接近する。バラランに夢中になってしまったハッカは、騙されているとも知らずに封印の鎖から解放してやると、使命を忘れてコスモス号から下りると約束してしまう。その頃、ギンギンマンを呑み込んだブラックホールが怪しい光を放っていた…。
「あのサイボーグたちを甘く見るな」(キンキンマン)ギンギンマンがキンキンマンの助けを借りて、ブラックホールからの脱出を果たした。争いを嫌うオーロラ姫も、宇宙を荒らし回るギンギンマンをさすがに許すことは出来ず、再び平和が戻る日まで閉じ込めておこうと行方を追う。そんな一同の目の前で、ギンギンマンは自分の欲望を満たすためだけに、コロン星の人々を無残にも全滅させてしまう。ギンギンマンと最強のモンスター・ドランゴに、怒りに燃えるクーゴが立ち向かってゆく!
「どうしても俺の力で倒したいんだ!」(ギンギンマン)捨て身の攻撃でドランゴを倒したクーゴ。その頃、コスモス号はキンキンマンが放ったモンスター軍団の襲撃を受けていた。光を吸収する星へ逃れてモンスターをやり過ごしたコスモス号だが、クーゴとは連絡が取れなくなってしまう。一方、ギンギンマンからの救援信号をキャッチしたキンキンマンは、自ら戦闘要塞・ゴルスターを指揮して出撃を開始した。どうしても自分の手でクーゴを倒したいギンギンマンは、それを知ると最後の切り札を繰り出してくる!
「どうしたら…わたしはどうしたらいいの?」(オーロラ)キンキンマンとギンギンマンは、合体ロボ・キンギンダーを繰り出してコスモス号を襲う。クーゴはキンギンダーの必殺技・ストームプラズマによって腕を負傷し、アストロ棒が使えなくなってしまう。窮地に追い込まれたクーゴたちは、自分たちの身を顧みずにオーロラ姫を逃がす。使命を果たすには迷っている時間などないのだ。一度は大王星へ向かう道を選んだオーロラ姫だったが、共に旅をしてきた仲間を見捨てることができず、コスモス号を戦場に向けてUターンさせる!
「こんな焼け爛れた星でも生まれた故郷がいいというのか」(ソルダ)キンキンマンはオーロラ姫の持つギャラクシー・エネルギーを利用して、銀河系を征服しようと企んでいた。彼がクーゴたちを抹殺せよという命を与えたのは、行動隊長のソルダ。自分の故郷を持たないソルダは、理想の国を作るためだと信じ、ペトロスを使ってクーゴたちに攻撃をしかけてくる。激戦のさなか、突然ペトロスが爆発する。ギンギンマンが味方であるソルダに構わず、ペドロスを効率の良い爆弾にしようと仕掛けを施していたのだ!
「父さんの形見のこの銃で、コスモス号のやつらをやっつけてやる!」(ポイズ弟)ついに戦うことを決意したオーロラ姫。ずるがしこいギンギンマンは、ポイズ三兄弟の父の命を奪って、自分のかわりに戦場に送り込む。三兄弟は父親の死がクーゴたちの仕業だと思い込まされていた。復讐に燃えてコスモス号に迫ってくる三兄弟の攻撃に、クーゴたちは苦戦を強いられる。ところが三兄弟は、偶然にも父親の残したカセットで全てを知り、騙されていたことに気付く。計画の失敗を知ったキンキンマンは、再び合体ロボを出撃させる!
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