「ボクもせめてミドリさんみたいな偵察機でいいから…」(ハチロー)大空魔竜の発進に間に合わず、一人取り残されてしまったハチロー。そんな彼の前に、間遠博士と名のる男が現れた。博士の巧みな話術に乗せられて、ハチローは自分専用のメカを作ってもらうことを条件に大空魔竜の秘密を話してしまう。だがこの間遠博士、正体はゼーラ星の発明家マドマットだった。自分の発明したマジックファイヤーボールを確実に命中させるため、大空魔竜の正確な位置を知ろうとしていたのだ!
「サンシロー君でも一緒に来てくれたら心強かったのに…」(ミドリ)連続怪死事件を調査するため、ミドリは単独で日本アルプスに向う。彼女の操縦する偵察機・ミニX1には、サンシローがこっそり乗り込んでいた。サンシローは誕生日のプレゼントにと、特製のペンダントをミドリに贈る。喜ぶミドリだったが、調査中に暗黒鳥人に襲われて拉致されてしまう。暗黒ホラー軍団は大空魔竜乗組員を誘拐して洗脳し、ガイキングと戦わせようと考えたのだ。心を操られたミドリは、暗黒怪獣に乗って大空魔竜のもとへ戻ってくる…。
「あの男、サコンを狙え! 大空魔竜の頭脳だ」(ダンケル)学術調査隊が幻のピラミッドを探索している途中、砂漠で遭難してしまった。それを知ったサコンは、やはり幻のピラミッドを探して亡くなった父を思い出し、徹底的な調査を提案する。調査に向かった大空魔竜の前に、伝説の巨人・砂漠の魔王が姿を現す。サコンたちは辛くもその場を切りぬけ、発見した幻のピラミッドに入る。そこは暗黒怪獣サソリンガーの工場だった。しかも現れたミイラ男にサコンが捕らえられてしまう!
「99%絶望でも、あと1%に望みを託す、それが生きるということだ」(大文字)洗脳されたサコンによって弱点を突かれ、大空魔竜は敗れ去った。暗黒ホラー軍団の捕虜となったサンシローは、怒りのあまりサコンを殴り飛ばすが、抵抗むなしく仲間と共に監獄へと入れられてしまう。一方、突然コンピューターをも越える頭脳に目覚めたサコンは、地球征服のためにと大空魔竜の改造を四天王に提案する。ゼーラ星の科学力を使って強化される大空魔竜。サコンは魂まで悪魔に売り渡してしまったのだろうか?
「奴らは本気で俺を殺す気だ…」(サンシロー)プロ野球時代に鍛えてくれた鬼コーチ・名村がサンシローを訪ねてきた。彼は厳格な指導方針が若い選手に受け入れられてもらえないので、野球界から退くつもりだという。そこへ暗黒騎士ユンカーが攻撃をしかけてくる。ユンカーは巧みな技でガイキングを追いつめながら、決着は次の機会にと余裕で撤退。今までにない強敵を倒すため、名村がサンシローの潜在能力を引きだす方法を提案する。大空魔竜によってガイキングに攻撃を仕掛けようというのだ!
「私がゼーラ星人だなんて、そんな…」(ミドリ)宇宙からの電波を受信できることから、ミドリは自分がゼーラ星人ではないかと悩んでいた。その頃、暗黒ホラー軍団は大空魔竜を絶対零度で凍らせようと、暗黒怪獣アイスキラーを目覚めさせていた。彼らは冷凍光線の実験に見知らぬ宇宙船に攻撃を仕掛けるが、その船には冷却防止熱線が装備されていて光線は通用しない。乗り込んでいるのはピジョン星人。彼らは仲間である少女グリーンことミドリを迎えにゆくために、地球へと向かう途中だったのだ!
「くそぅ、こうなったらメチャクチャに暴れてやるぜっ!」(ブンタ)ソ連極東艦隊がマリアナ諸島を航行中に行方不明になったというニュースが流れ、全世界に緊張が走る。ソ連の次はアメリカ。第七艦隊が同じ海域で消息を絶ったのだ。大文字はこの事件の裏に暗黒ホラー軍団の存在を感じるが、大空魔竜は整備中で動かせない。そこでブンタのネッサーが単独で調査に向かうことになる。その頃、マリアナ海溝に潜む暗黒怪獣アンギョラーは、第三次世界大戦を起こして地球人同士を争わせようと、最後の行動を開始していた…。
「地球人と共存できるかどうかは、彼らを助け出せるかどうかにかかっているんだ」(サン)消滅の時が近付くゼーラ星。ダリウスは侵略計画を進める一方で、ゼーラ星人を地球に移住させる「ノア計画」を進めていた。そうして宇宙船ノア号が、選抜されたゼーラ市民を乗せて地球へとやって来た。だが、彼らは山奥の村を占拠するなどして強引に住みつこうと試み、地球人との共存を望む一派であるサン博士は心を痛める。博士は事件の調査に訪れたサンシローたちを紳士的に出迎えるが、軍部がサンシローたちを逮捕してしまう…。
「情に溺れることが状況判断を狂わせ、取り返しのつかないことを招くんだ!」(ピート)ピートの弟のトムが、兄を訪ねて大空魔竜にやって来た。だがピートは必要以上にトムにつらく当たり、すぐに帰るよう言い聞かせる。そんな時、暗黒怪獣カイコーンが現れる。出撃する大空魔竜。カイコーンの吐く糸に固められて苦戦を強いられるが、なんとか脱出には成功。大空魔竜はカイコーンの強固な糸に対抗するため、新たな武器の開発に着手することになる。トムに対して厳しすぎるほどの態度をとるピートは…。
「いよいよバゾラーが飛べるぞ!これで俺はやっとみんなからバカにされないですむぜ」(ヤマガタケ)大空魔竜は遺跡で起こった調査団の怪死事件を調べるため、現地へと向かった。バゾラーを空が飛べるように改良したヤマガタケは、嫌がるサンシローとハチローを乗せて偵察に出かける。ところが洞くつに入った途端、バゾラーを謎の集団が襲う。故郷を追放され、地底人としてこの地で暮らしてきた、かつてのゼーラ星人たちだった。彼らはゼーラ星に戻れるという約束を信じて戦うが、キラーは大空魔竜ごと洞くつを破壊しようとする…。
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