「あの時に俺の涙は、血と共に出つくしてしまったんだ」(カイン)暗黒怪獣の攻撃によってアメリカ航空宇宙局が壊滅した。現地に急行した大空魔竜の前に立ちはだかったのは、かつて功を競い合ったライバル・ダブルイーグルだった。ダブルイーグルの執拗な攻撃によって、大空魔竜はやむなく撤退。大文字博士はサンシローに、ダブルイーグルの設計者であるシュタイン博士の行方を捜させる。そのシュタイン博士は妻と子を失ったことで人間の世に絶望し、暗黒ホラー軍団の騎士・カインとなっていた!
「大空魔竜は捕まえねばならん!」(ポー船長)船旅を楽しむハチローの前に、ポー船長の操る幽霊船が姿を現した。海の男に憧れるハチローは、すっかりポー船長と意気投合する。このポー船長、ダリウスにだまされて大空魔竜が地球を荒らす怪獣だと思い込んでいた。宇宙をまたにかける怪獣ハンターである彼は、大空魔竜を生け捕りにするために地球に来ていたのだ。それを知ったハチローはポー船長に真相を説明しようとするが、時すでに遅く、大空魔竜が幽霊船の前に姿を現してしまう!
「邪馬台国のヒミコ?冗談じゃないわ!」(ミドリ)暗黒魔人・ヒミラーが夜の街に姿を現した。大空魔竜が戦いを挑むが、ヒミラーは幽霊のように姿を消してしまう。大空魔竜のクルーたちはヒミラーの正体を調べるため、手分けして調査を開始。しかしその途中、ミドリが暗黒ホラー軍団に誘拐されてしまう。暗黒ホラー軍団はいつの間にか、東京の地下に邪馬台国を築き上げていた。催眠術で操られたミドリは、邪馬台国の女王・ヒミコにされてしまう!
「地球とは思った以上にいい所だな……この辺で自分の星でも持つとするか」(ワイルダー)襲撃に遭っているある星から、地球へとSOS通信が届いた。その星を襲っている者こそ、ダリウスでさえ恐れる宇宙の暴れ者・ワイルダーと、その戦闘獣・ブラッドバッファローだった。ダリウスはワイルダーと手を組み、地球にいる大空魔竜を襲わせる。大空魔竜は敗れ去り、頼みのガイキングも敗北、宇宙の墓場へと叩き落とされてしまう。しかも大空魔竜は装置を破壊され、完全なボリューションプロテクトになる手段を失ってしまった!
「彼の手首はもう魔球を投げることはできんのだ、永遠にな…」(大文字博士)サンシローの所属していたプロ野球チーム・レッドサンが、初優勝を目前にしてピンチに立たされていた。投手不足が原因だ。名村監督は、サンシローのチーム復帰を頼みに大文字博士のもとを訪れる。博士は快く承諾し、サンシローは球界に復帰。勢いを取り戻したレッドサンは、ジャイアンツとの同率首位で最終戦を迎える。ところが優勝をかけた大事な試合が始まった瞬間、暗黒怪獣・サタンアントが街に出現する!
「大地を汚す者はみんな死ぬのです!」(ユカ)たてがみが炎となる伝説の獅子・ゴールデンレオが出現したと聞き、大空魔竜はキリマンジャロへと調査に向かう。現地にはライオンと共に行動する少女・ユカがいた。サンシローはそのライオンのたてがみが炎になった瞬間を目撃する。しかし現地の部族による襲撃に遭い、ヤマガタケとハチローを除いた全員が捕虜になってしまう。ユカはその部族を統べる女王だった。彼女は呪術師の言葉を信じ、メンバーを火あぶりにしようとする!
「ハニワと銅鐸だ、ちっとも崩れていない。こいつはスゴイ発見だ!」(ピート)ハニワに襲われる悪夢を見たサンシローが、ピートの大切にしているハニワを壊してしまった。怒るピートだが、それから数日後、基地の近くの古墳から大量のハニワを見つけると一転して大喜び。大空魔竜の中に持ち込んで研究に没頭する。しかしそのハニワが動き出し、警備の手薄になった隙をついて大空魔竜を占拠してしまう。ハニワの正体は暗黒ホラー軍団によって送り込まれた尖兵だったのだ。奪われた大空魔竜は東京に向けて攻撃を開始する!
「モールを助けてやってください。あいつは僕の、たった一人の本当の友達なんです!」(ミルン)エベレストの雪山で、探検隊が雪男に遭遇した。残された血液を調べたところ、地球外生物である可能性が高いという。調査を依頼された大文字博士は、姿を消した雪男の捜索を開始する。その夜、大空魔竜の貯蔵庫から食料が奪われる。不審な足跡を追ったサンシローたちは、不時着した円盤を発見。機内にはゼーラ星人の子供・ミルンと、雪男そっくりな宇宙生物・モールがいた。一同が接触しようと試みた瞬間、突如現れた暗黒鳥人が襲いかかってくる!
「俺には大空魔竜の隊員としての資格はありません…」(ファンリー)“神の手”の異名を持つキックボクサー・チャンはファンリーの弟分である。チャンがファンリーに連勝記念のトロフィーを贈った晩、暗黒ホラー軍団が秘密基地に奇襲をかけてくる。トロフィが発信機になっていることに気付いたファンリーは、事情を聞こうとチャンのもとへ向かう。ところがチャンは、暗黒ホラー軍団に襲われてケガを負っていた。ファンリーは治療のためにチャンを大空魔竜の中へと連れてゆくが…。
「そう、俺は恋をした…」(サンシロー)サンシローはエメルダという女性と恋に落ちた。しかし、それは悲劇の始まりだった。地球に飛来したUFOと戦った大空魔竜は、敗北したうえにサンシローを連れ去られてしまう。UFOの中でサンシローはエメルダとの再会を果たす。彼女は毒ガス星雲によって滅びかけている星の住人だった。故郷を救ってくれることを条件に、ダリウスの尖兵となって大空魔竜を倒そうとしていたのだ!
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